Vladimir Smrkolj

1. SMRKOLJ, Vladimir, RAMŠAK, Klemen. Mikroklima v razredu : področje ekologija z varstvom okolja : raziskovalna naloga. Ljubljana: Osnovna šola Toneta Čufarja, 2016. 25 f., ilustr., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 15377971]
nagrada: Srebrno priznanje

2. SLADIČ, Mateja, TANESKA, Pepita, CVJETIČANIN, Branko, VELIKONJA, Mojca, SMRKOLJ, Vladimir, SMRKOLJ, Špela. Cervical intraepithelial neoplasia grade 3 in a HPV-vaccinated patient : a case report. Medicina. 2022, vol. 58, iss. 3, str. 1-7. ISSN 1648-9144. https://www.mdpi.com/1648-9144/58/3/339, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.3390/medicina58030339. [COBISS.SI-ID 98924803]

3. PIRŠ, Boštjan, ŠKOF, Erik, SMRKOLJ, Vladimir, SMRKOLJ, Špela. Immunotherapy in endometrial carcinoma. V: HAFNER, Eva (ur.), SINREIH, Maša (ur.), LANIŠNIK-RIŽNER, Tea (ur.). Translational research for better diagnosis and treatment of endometrial cancer : Final Symposium of the BioEndoCar project : 24th and 25th March 2022, Portorož, Slovenia : book of abstracts. Electronic version. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2022. Str. 27. ISBN 978-961-267-212-6. https://www.dlib.si/stream/URN:NBN:SI:doc-54LFY9CW/38437878-f9a2-4c7e-bc94-718a45103798/PDF. [COBISS.SI-ID 150628611]

4. PIRŠ, Boštjan, ŠKOF, Erik, SMRKOLJ, Vladimir, SMRKOLJ, Špela. Overview of immune checkpoint inhibitors in gynecological cancer treatment. Cancers. 2022, vol. 14, iss. 3, str. 1-24. ISSN 2072-6694. https://www.mdpi.com/2072-6694/14/3/631/htm, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.3390/cancers14030631. [COBISS.SI-ID 95979779]

5. SMRKOLJ, Špela, BANČOV, Enja, SMRKOLJ, Vladimir. The reliability and medical students’ appreciation of certainty-based marking. International journal of environmental research and public health. [Online ed.]. 2022, vol. 19, iss. 3, str. 1-11, ilustr. ISSN 1660-4601. https://www.mdpi.com/1660-4601/19/3/1706, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.3390/ijerph19031706. [COBISS.SI-ID 97876483]

6. SMRKOLJ, Vladimir (avtor, korespondenčni avtor), PREGELJC, Domen, KAVČIČ, Hana, UMEK, Nejc (avtor, korespondenčni avtor), MAVRI, Janez. Fortran code for 1D diffusion in anisotropic media using Smoluchowski equation : version v1.0. Genève: Zenodo, Aug. 2023. https://zenodo.org/records/17265115, https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0010482523008405?via%3Dihub. [COBISS.SI-ID 251791875]

7. ŠKORJANC, Aljoša, SMRKOLJ, Vladimir, UMEK, Nejc (avtor, korespondenčni avtor). GOReverseLookup : version 1.0.60.1. Genève: Zenodo, Sept. 2023. https://zenodo.org/records/17114438, DOI: 10.5281/zenodo.17114438. [COBISS.SI-ID 251604483]
projekt: University of Ljubljana: Foundation of ing. Lenarčič Milan grant
projekt: P3-0043; financer: Slovenian Research and Innovation Agency

8. LOJEVEC HARTL, Simona, ŽAKELJ, Simon, SOLLNER DOLENC, Marija, SMRKOLJ, Vladimir, MAVRI, Janez. How azide ion/hydrazoic acid passes through biological membranes : an experimental and computational study. The Protein journal. 8 Jun. 2023, vol. 42, str. 229–238, ilustr. ISSN 1875-8355. https://link.springer.com/article/10.1007/s10930-023-10127-3, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.1007/s10930-023-10127-3. [COBISS.SI-ID 155988995]
projekt: P1-0012; financer: ARRS

9. SMRKOLJ, Vladimir. In silico model difuzije lokalnih anestetikov v mielinizirana živčna vlakna : razumevanje dejavnikov, ki določajo čas do začetka in trajanja anestezije. Ljubljana: [V. Smrkolj], 2023. 50 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 164708099]
nagrada: Krkino priznanje za leto 2023

10. SMRKOLJ, Vladimir, PREGELJC, Domen, KAVČIČ, Hana, UMEK, Nejc, MAVRI, Janez (avtor, korespondenčni avtor). Micro-pharmacokinetics of lidocaine and bupivacaine transfer across a myelinated nerve fiber. Computers in biology and medicine. Oct. 2023, vol. 165, iss. , [article no.] 107375, str. 1-9, ilustr. ISSN 1879-0534. https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0010482523008405?via%3Dihub, https://zenodo.org/records/17265115, DOI: 10.1016/j.compbiomed.2023.107375. [COBISS.SI-ID 162359043]
projekt: P1-0012 (JM), P3-0043 (NU), N3-0256 (NU); financer: Slovenian Research Agency

11. SMRKOLJ, Vladimir, PREGELJC, Domen, KAVČIČ, Hana, UMEK, Nejc, MAVRI, Janez. Mikro-farmakokinetika prehoda lidokaina in bupivakaina skozi mielinizirano živčno vlakno. V: FRAS, Zlatko (ur.), KOŠNIK, Mitja (ur.). 65. Tavčarjevi dnevi : zbornik 2023. V Ljubljani: Medicinska fakulteta, Katedra za interno medicino: Slovensko zdravniško društvo, 2023. Str. 156. ISBN 978-961-267-256-0. https://www.tavcarjevi.si/wp-content/uploads/65td-2023-zbornik.pdf. [COBISS.SI-ID 172344067]

12. MUŠIĆ, Timur (intervjuvanec), JERMAN GRAŠIČ, Janina (intervjuvanec), SMRKOLJ, Vladimir (intervjuvanec), JURIŠEVIČ, Deja (intervjuvanec). Navdušeni medicinci prvi na mednarodni fiziološki olimpijadi. Isis : glasilo Zdravniške zbornice Slovenije. [Tiskana izd.]. avg./sept. 2023, leto 32, št. 8/9, str. 31-34, ilustr. ISSN 1318-0193. [COBISS.SI-ID 196052227]

13. SMRKOLJ, Vladimir (urednik). Kirurška onkologija : 2. študentski kirurški kongres : zbornik prispevkov : Medicinska fakulteta UL, 10. februar 2024. Ljubljana: Študentski svet Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, 2024. 42 str., ilustr. ISBN 978-961-267-262-1. [COBISS.SI-ID 182791171]

14. SMRKOLJ, Vladimir. O kongresu. V: SMRKOLJ, Vladimir (ur.). Kirurška onkologija : 2. študentski kirurški kongres : zbornik prispevkov : Medicinska fakulteta UL, 10. februar 2024. Ljubljana: Študentski svet Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, 2024. Str. 4. ISBN 978-961-267-262-1. [COBISS.SI-ID 184889347]

15. SMRKOLJ, Vladimir. Uporaba kvantno-kemijskih metod za napovedovanje farmakokinetičnih lastnosti metformina in modeliranje njegove difuzije skozi biološke membrane. Ljubljana: [V. Smrkolj], 2024. 44 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 213562371]
nagrada: Krkine nagrade 54

16. SMRKOLJ, Vladimir. Uporaba kvantno-kemijskih metod za napovedovanje farmakokinetičnih lastnosti metformina in modeliranje njegove difuzije skozi biološke membrane = Application of quantum-chemical methods for predicting pharmacokinetic properties of metformin and modelling its diffusion through biological membranes. V: PLEVNIK, Miha (ur.). 54. Krkine nagrade : 34. simpozij : zbornik povzetkov = 54th Krka prizes : 34th Symposium : book of abstracts : [Novo mesto, 18. oktober 2024]. 54. Krkine nagrade, 34. simpozij = 54th Krka prizes, 34th Symposium, Novo mesto, 18. oktober 2024. Novo mesto: Krka, 2024. Str. 92. https://www.krkinenagrade.si/media/store/54-KN/FINAL_544004-2024-KN-Krka-prizes-Book-of-abstracts-SI-EN.pdf. [COBISS.SI-ID 213560579]

17. SMRKOLJ, Vladimir, KRALJ, Jakob, MAVRI, Janez, UMEK, Nejc (avtor, korespondenčni avtor). 2D ODE Diffusion model : version 1.0. Genève: Zenodo, Sept. 2025. https://zenodo.org/records/17114474, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000634952500606X. [COBISS.SI-ID 251735811]

18. SMRKOLJ, Vladimir, SOČAN, Katarina (avtor, korespondenčni avtor). Acute injuries to the flexor and extensor tendons of the hand. V: ŠKORJANC, Aljoša (ur.). Conference Proceedings of the Plastic Reconstructive and Aesthetic Surgery Congress with International Participation : University of Ljubljana, Faculty of Medicine, 21st - 22nd March 2025. 1st ed. Ljubljana: UL MF Publishing, 2025. Str. 196-204, ilustr. ISBN 978-961-6454-61-2. [COBISS.SI-ID 270820611]

19. SMRKOLJ, Vladimir. Časovno in prostorsko odvisna porazdelitev lokalnih anestetikov v perifernem živcu na modelu perifernega živčnega bloka in silico = Temporospatial distribution of local anesthetics in a peripheral nerve in a model of a peripheral nerve block in silico. Ljubljana: [V. Smrkolj], 2025. 49 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 263026947]
nagrada: Fakultetna Prešernova nagrada za leto 2025

20. ZUPAN, Patricija, KRALJ, Jakob, NOLIMAL, Niko, ČEKADA, Gregor, SMRKOLJ, Vladimir, UMEK, Nejc, MAVRI, Janez, SLAPNIČAR, Miha. Farmakokinetični model kanabinoidov. Kemija v šoli in družbi. [Spletna izd.]. 2025, št. 1, 1 spletni vir (1 datoteka pdf (6 str.)), ilustr. ISSN 2385-989X. https://kemija.net/clanki, http://www.dlib.si/details/URN:NBN:SI:doc-IALCS6NF. [COBISS.SI-ID 245480963]

21. ŠKORJANC, Aljoša, SMRKOLJ, Vladimir, UMEK, Nejc (avtor, korespondenčni avtor). GOReverseLookup : a gene ontology reverse lookup tool. Computers in biology and medicine. 2025, vol. 191, iss. , [article no.] 110185, str. 1-12, ilustr. ISSN 1879-0534. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010482525005360?via%3Dihub, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.1016/j.compbiomed.2025.110185. [COBISS.SI-ID 234779907]
projekt: P3-0043; financer: Slovenian Research and Innovation Agency

22. ŠKORJANC, Aljoša, SMRKOLJ, Vladimir, UMEK, Nejc. GOReverseLookup : a novel tool for candidate gene identification from gene ontology. V: JORGAČEVSKI, Jernej (ur.), VARDJAN, Nina (ur.), HORVAT, Anemari (ur.). Regional Physiology Meeting 2025 : Advancing Physiology: Bridging Education, Research and Practice : Ljubljana, Slovenia, 24–26 September : [abstract book with programme]. Regional Physiology Meeting 2025, Advancing Physiology: Bridging Education, Research and Practice, Ljubljana, Slovenia, 24–26 September. Ljubljana: Slovenian Physiological Society, 2025. Str. 95. https://physiology25.ijs.si/wp-content/uploads/2025/09/Abstract-book_RPM2025_FINAL.pdf. [COBISS.SI-ID 251784451]

23. ŠKORJANC, Aljoša, SMRKOLJ, Vladimir, UMEK, Nejc. GOReverseLookup : phenotype-to-gene discovery via reverse gene ontology analysis. V: KRANJC BREZAR, Simona (ur.), ČEMAŽAR, Maja (ur.), MARKELC, Boštjan (ur.). 10th Colloquium of Genetics : book of abstracts : September 19th 2025, National Institute of Biology, Marine Biology Station, Piran. Ljubljana: Genetic Society of Slovenia: Slovenian Society of Human Genetics, 2025. Str. 18-19. ISBN 978-961-97126-0-3. https://sgd.si/wp-content/uploads/2025/09/SGD_Zbornik_2025_Kolokvij.pdf. [COBISS.SI-ID 251721731]

24. SMRKOLJ, Vladimir, KRALJ, Jakob, MAVRI, Janez, UMEK, Nejc. Spatiotemporal dynamics of local anesthetic diffusion in nerve revealed by a 2D computational model. Biophysical journal. 4. Nov. 2025, vol. 124, iss. 21, str. 3706-3716, ilustr. ISSN 1542-0086. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S000634952500606X, https://zenodo.org/records/17114474, DOI: 10.1016/j.bpj.2025.09.026. [COBISS.SI-ID 251732995]
projekt: J3-50106, P3-0043, P1-0012; financer: Slovenian Research and Innovation Agency
projekt: Foundation of ing. Lenarčič Milan Scholarship