Blaž Zupan

1. BOHANEC, Marko, RAJKOVIČ, Vladislav, ZUPAN, Blaž. Paket za demonstracijo programskega sistema DECMAK. Ljubljana: Institut Jožef Stefan, 1983. IJS delovno poročilo, 3181. [COBISS.SI-ID 7382567]

2. VIDMAR, Gaj, ZUPAN, Blaž. Predstavitev podatkov in avtomatska sinteza znanja v kemiji. Povzetki raziskovalnih nalog za leto ... str. 9. ISSN 1318-9336. [COBISS.SI-ID 291776]

3. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, RAJKOVIČ, Vladislav. Modeliranje odločitvenega znanja s sestavljenimi pravili. Ljubljana: Institut Jožef Stefan, 1988. 67 str. (loč. pag.). [COBISS.SI-ID 4978180]

4. ZUPAN, Blaž, ŠKETA, Tatjana. Modeliranje celjenja ran z metodami nelinearnih diferencialnih sistemov in samoorganizacije : delo je pripravljeno po razpisu odbora za Prešernove nagrade študentom za 1990 leto, št. teme 19, pod mentorstvom prof. dr. Vojko Valenčič, dipl. ing., prof. dr. Lojze Vodovnik, dipl. ing. in prof. dr. Vito Starc, dr. med. Ljubljana: [B. Zupan: T. Šketa], 1990. X, 75 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 4555860]

5. ZUPAN, Blaž. Matematično modeliranje dinamike celjenja ran : diplomska naloga. Ljubljana: [B. Zupan], 1991. V, 48 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 53848067]

6. ZUPAN, Blaž. Mathematica. Monitor. [Tiskana izd.]. 1, št. 2 (1991), str. 9-11. ISSN 1318-1017. [COBISS.SI-ID 56318464]

7. VALENČIČ, Vojko, ZUPAN, Blaž, ŠKETA, Tatjana, VODOVNIK, Lojze. Models of wound healing. V: ZAJC, Baldomir (ur.), SOLINA, Franc (ur.). Proceedings. 6th Mediterranean Electrotechnical Conference Melecon '91, Ljubljana, Slovenia, 22-24 May 1991. New York: IEEE, 1991. Str. 737-740, graf. prikazi. ISBN 0-87942-655-1, ISBN 0-87942-656-X, ISBN 0-87942-657-8. [COBISS.SI-ID 3717204]

8. ZUPAN, Blaž. Šolska evidenca. Maribor: II. gimnazija, 1991. 14 f., [48] f. pril. [COBISS.SI-ID 903432]

9. ŠKETA, Tatjana, ZUPAN, Blaž. Modeliranje dinamike celjenja ran. Medicinski razgledi : [medicinski pregledni, strokovni in raziskovalni članki]. [Tiskana izd.]. 32, št.1 (1993), str.3-14. ISSN 0025-8121. [COBISS.SI-ID 36328192]

10. ZUPAN, Blaž. Optimization of real-time rule-based expert systems : [master's thesis] presented to the Faculty of the Department of Computer Science, University of Huston. [Huston: B. Zupan], 1993. XII, 102 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 53953795]

11. HALTER, J. A., MICCI, Barreca D., ZUPAN, Blaž. Myelinated nerve fiber model : implementation on a MIMD parallel computer. V: Modeling and control in biomedical systems : proceedings of the IFAC symposium, Galveston, Texas, USA, 27-30 March 1994. [Galveston: University of Texas Medical Branch and Shriners Burns Institute], 1994. Str. 511-512. [COBISS.SI-ID 13677351]

12. ZUPAN, Blaž, CHENG, A. M. K. Optimization rule-based expert systems via state transition systems construction. V: The Tenth Conference on Artificial Intelligence for Applications : proceedings. Los Alamitos: IEEE Computer Society Press, cop. 1994. Str. 320-326. ISBN 0-8186-5550-X, ISBN 0-8186-5551-8. [COBISS.SI-ID 8247079]

13. ZUPAN, Blaž, CHENG, A. M. K. Response time optimization of rule-based expert systems : presented at Conference on Knowledge-Based Artificial Intelligence Systems in Aerospace and Industry, Orlando 1994. SPIE proceedings series. 1994, no. 2244, str. 240-248. ISSN 1017-2653. [COBISS.SI-ID 13677607]

14. ZUPAN, Blaž, HALTER, John A., BOHANEC, Marko. Computer assisted reasoning on principles and properties of medical physiology. V: LAVRAČ, Nada (ur.). Računalniška analiza medicinskih podatkov : zbornik [delavnice], 27. - 28. november 1995, Bled, Slovenija = Computer-aided data analysis in medicine, CADAM-95. CADAM-95 Workshop, Bled. Ljubljana; Institut "Jožef Stefan": = IJS Scientific Publishing, 1995. Str. 258-271. ISBN 86-80023-23-X. [COBISS.SI-ID 11698983]

15. LAVRAČ, Nada, MLADENIĆ, Dunja, URBANČIČ, Tanja, ZUPAN, Blaž, Člani organizacijskega odbora. Računalniška analiza medicinskih podatkov, CADAM-95, 27-28 november 1995, Bled. 1995. [COBISS.SI-ID 16606247]

16. ZUPAN, Blaž, HALTER, J. A. A simulation and optimization environment for models in computational neorobiology. V: BREITENECKER, Felix (ur.). Simulation congress EUROSIM 95 : proceedings of the 1995 Eurosim conference, EUROSIM `95, Vienna, Austria, 11-15 September 1995. Amsterdam [etc.]: Elsevier, 1995. Str. 963-968. ISBN 0-444-82241-0. [COBISS.SI-ID 10649127]

17. ZUPAN, Blaž, KIM-CHENG, Albert Mo, BOHANEC, Marko. Stability analysis of real-time systems : Porting crisp methods to fuzzy. Elektrotehniški vestnik. [Slovenska tiskana izd.]. 1995, vol. 62, str. 163-170. ISSN 0013-5852. [COBISS.SI-ID 10630439]

18. ZUPAN, Blaž, KIM, Cheng Albert Mo, BOHANEC, Marko. Static stability analysis method for fuzzy rule-chaining real-time systems. V: KOCIJAN, J. (ur.), KARBA, Rihard (ur.). International Workshop on Artificial Intelligence in Real-Time Control, Bled, Slovenia, November 29-December 1, 1995 : Preprints. [S. l.: s. n.], 1995. Str. 280-285. [COBISS.SI-ID 11703591]

19. LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida, ZUPAN, Blaž. The First International Workshop on Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology, IDAMAP-96, held in Budapest on 13 August 1996. 1996. [COBISS.SI-ID 2736406]

20. LAVRAČ, Nada (urednik, avtor dodatnega besedila), 12th European Conference on Artificial Intelligence and 1st International Workshop on IDAMAP, Budapest, 11-16 August, 1996. Inteligent data analysis in medicine and pharmacology. Budapest: ECCAI, 1996. XIII, 307 str. [COBISS.SI-ID 2727190]

21. ZUPAN, Blaž, HALTER, John A., BOHANEC, Marko. Qualitative model approach to computer assisted reasoning in physiology. V: LAVRAČ, Nada (ur.). Inteligent data analysis in medicine and pharmacology. 12th European Conference on Artificial Intelligence and 1st International Workshop on IDAMAP, Budapest, 11-16 August, 1996. Budapest: ECCAI, 1996. Str. 103-108. [COBISS.SI-ID 12096039]

22. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, CESTNIK, Bojan. A function-decomposition method for development of hierarchical multi-attribute decision models. V: Proceedings of the Fourth Conference of the International Society for Decision Support Systems : Lausanne, Switzerland July 21-22, 1997. Lausanne: Universite de Lausanne, cop. 1997. Str. 503-514. [COBISS.SI-ID 12562727]

23. ZUPAN, Blaž, DŽEROSKI, Sašo. Acquiring and validating background knowledge for machine learning using function decomposition. V: KERAVNOU, Elpida (ur.). Proceedings : Artificial intelligence in medicine. 6th Conference on Artificial Intelligence in Medicine Europe, AIME'97, Grenoble, France, March 1997. Berlin [etc.]: Springer, 1997. Str. 86-97. Lecture notes in computer science, 1211, Lecture notes in artificial intelligence. ISBN 3-540-62709-X. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 12521255]

24. LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž. Budimpešta : odkrivanje zakonitosti v medicinskih in farmakoloških podatkovnih bazah : poročilo o delavnici IDAMAP-96. Novice. 1997, let 10, str. 5-6. ISSN 1408-4864. [COBISS.SI-ID 12809511]

25. ZUPAN, Blaž, HALTER, John A., BOHANEC, Marko. Concept discovery by decision table decomposition in neurophysiology. V: LAVRAČ, Nada (ur.), KERAVNOU, Elpida (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.). Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology. Boston; Dordrecht; London: Kluwer Academic Publishers, 1997. Str. 262-278. ISBN 0-7923-8000-2. [COBISS.SI-ID 3982887]

26. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, BRATKO, Ivan. Constructing intermediate concepts by decomposition of real functions. V: SOMEREN, Maarten van (ur.), WIDMER, Gerhard (ur.). Proceedings : machine learning - ECML-97. 9th European Conference on Machine Learning, Prague, Czech Republic, April 23-25, 1997. Berlin [etc.]: Springer, 1997. Str. 93-107. Lecture notes in computer science, 1224, Lecture notes in artificial intelligence. ISBN 3-540-62858-4. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 3981863]

27. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, BRATKO, Ivan (avtor dodatnega besedila), CESTNIK, Bojan. A dataset decomposition approach to data mining and machine discovery. V: HECKERMAN, David (ur.). Proceedings of the Third International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, [Newport Beach, California, August 14-17, 1997]. Menlo Park: AAAI Press, 1997. Str. 299-302. ISBN 1-57735-027-8. [COBISS.SI-ID 12793383]

28. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž, RAJKOVIČ, Vladislav. Hierarhični odločitveni modeli in njihova uporaba v zdravstvu. V: KONONENKO, Igor (ur.), URBANČIČ, Tanja (ur.). Računalniška analiza medicinskih podatkov = Computer-aided data analysis in medicine, CADAM-97 : zbornik [delavnice], 12. november 1997, Bled, Slovenija. Ljubljana: Institut "Jožef Stefan", 1997. Str. 1-17. ISBN 86-80023-28-0. [COBISS.SI-ID 12733223]

29. LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine. V: LAVRAČ, Nada (ur.), KERAVNOU, Elpida (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.). Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacoloy. 15th International joint Conference on Artificial Intelligence IJCAI-97, Nagoya, Japan, August 23-29, 1997. Nagoya: The Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 1997. Str. 33-39. [COBISS.SI-ID 12719399]

30. LAVRAČ, Nada (urednik, avtor dodatnega besedila), KERAVNOU, Elpida (urednik, avtor dodatnega besedila), ZUPAN, Blaž (urednik, avtor dodatnega besedila). Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology. Boston; Dordrecht; London: Kluwer Academic Publishers, 1997. IX, 310 str., graf. prikaz. ISBN 0-7923-8000-2. [COBISS.SI-ID 12598055]

31. LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida T., ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : an overview. V: LAVRAČ, Nada (ur.), KERAVNOU, Elpida (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.). Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology. Boston; Dordrecht; London: Kluwer Academic Publishers, 1997. Str. 1-13. ISBN 0-7923-8000-2. [COBISS.SI-ID 12598311]

32. LAVRAČ, Nada (urednik, avtor dodatnega besedila), KERAVNOU, Elpida (urednik, avtor dodatnega besedila), ZUPAN, Blaž (urednik, avtor dodatnega besedila), 15th International joint Conference on Artificial Intelligence IJCAI-97, Nagoya, Japan, August 23-29, 1997. Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacoloy. Nagoya: The Japanese Society for Artificial Intelligence (JSAI), 1997. 67 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 12952871]

33. LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž. Izšla je knjiga "Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology". Novice. 1997, vol. 10, str. 13. ISSN 1408-4864. [COBISS.SI-ID 12954919]

34. ZUPAN, Blaž. Machine learning based on function decomposition : doctoral dissertation. Ljubljana: [B. Zupan], 1997. 160 str., ilustr., tabele. [COBISS.SI-ID 73440512]

35. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, BRATKO, Ivan, DEMŠAR, Janez. Machine learning by function decomposition. V: FISHER, Douglas H. (ur.). Machine Learning : proceedings of the Fourteenth International Conference (ICML'97), Nashville, Tennessee, July 8-12, 1997. San Francisco: Morgan Kaufmann. 1997, str. 421-429. ISBN 1-55860-486-3. [COBISS.SI-ID 3982119]

36. ZUPAN, Blaž. Poročilo s seminarja Izbrane teme iz medicinske informatike in analize medicinskih podatkov. Novice. 1997, let. 10, str. 6-7. ISSN 1408-4864. [COBISS.SI-ID 12809255]

37. SHERWOOD, Arthur M., PRIEBE, Michael M., STOKIĆ, Dobrivoje S., ZUPAN, Blaž, MCKAY, W. Barry. Quantification of surface electromyographic recordings for assessment of spasticity. V: Abstracts. Fifteenth Annual Houston Conference on Biomedical Engineering Research, February 13-14, 1997, The University Hilton Hotel, University of Houston, Houston, TX. Houston: Houston Society for Engineering in Medicine and Biology, 1997. Str. 128. [COBISS.SI-ID 12808487]

38. ZUPAN, Blaž, STOKIĆ, Dobrivoje S., BOHANEC, Marko, PRIEBE, Michael M., SHERWOOD, Arthur M. Relating clinical and neurophysiological assessment of spasticity by machine learning. V: et al. The 10th IEEE Symposium on Computer-Based Medical Systems, June, 11th - 13th 1997, Maribor, Slovenia, Europe. 1997. Str. 190-194. [COBISS.SI-ID 3979303]

39. ZUPAN, Blaž, DŽEROSKI, Sašo. Acquiring background knowledge for machine learning using function decomposition : a case stusdy in rheumatology. Artificial intelligence in medicine. [Print ed.]. 1998, vol. 14, str. 101-117. ISSN 0933-3657. [COBISS.SI-ID 13773863]

40. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko. Experimental evaluation of three partition selection criteria for decision table decomposition. Informatica : an international journal of computing and informatics. [Tiskana izd.]. 1998, vol. 22, str. 207-217. ISSN 0350-5596. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 13292327]

41. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan. Feature transformation by function decomposition. V: LIU, Huan (ur.), MOTODA, Hiroshi (ur.). Feature extraction, construction and selection : a data mining perspective. Boston; Dordrecht; London: Kluwer Academic Publishers, 1998. Str.325-340. The Kluwer international series in engineering and computer science. ISBN 0-7923-8196-3. [COBISS.SI-ID 13415975]

42. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan. Feature transformation by function decomposition. IEEE intelligent systems & their applications. 1998, vol. 13, str. 38-43. ISSN 1094-7167. [COBISS.SI-ID 13119783]

43. BELAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž, KOKOL, Peter. IDAMAP-98, Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology, A Workshop at the 13th European Conference on Artificial Intelligence. 1998. [COBISS.SI-ID 13777191]

44. LAVRAČ, Nada, KONONENKO, Igor, KERAVNOU, Elpida, KUKAR, Matjaž, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis for medical diagnosis : using machine learning and temporal abstraction. AI communications : The European journal on artificial intelligence. 1998, vol. 11, str. 191-218. ISSN 0921-7126. [COBISS.SI-ID 13995047]

45. BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : a position statement. V: Intelligent data analysis in medicine and pharmacology (IDAMAP-98) : a workshop at ECAI-98. The 13th Biennial Euroopean Conference on Artificial Intelligence, ECAI-98, August 23-28, 1998, Brighton, UK. University of Brighton: ECAI, 1998. Str. 2-5. [COBISS.SI-ID 13439527]

46. The 13th Biennial Euroopean Conference on Artificial Intelligence, ECAI-98, August 23-28, 1998, Brighton, UK. Intelligent data analysis in medicine and pharmacology (IDAMAP-98) : a workshop at ECAI-98. University of Brighton: ECAI, 1998. 95 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 13439271]

47. ZUPAN, Blaž, KOKOL, Peter. Mednarodna multi-konferenca Informacijska družba - IS'98, 8. oktober 1998, Ljubljana, Slovenija. Računalniška analiza medicinskih podatkov. 1998. [COBISS.SI-ID 4124950]

48. ZUPAN, Blaž, KIM CHENG, Albert Mo. Optimization of rule-based systems using state space graphs. IEEE transactions on knowledge and data engineering. [Print ed.]. 1998, vol. 10, str. 238-254. ISSN 1041-4347. [COBISS.SI-ID 13262887]

49. ZUPAN, Blaž (urednik), Mednarodna multi-konferenca Informacijska družba - IS'98, 6. - 9. oktober 1998, Ljubljana, Slovenija. Računalniška analiza medicinskih podatkov : zbornik delavnice = Computer-aided data analysis in medicine, CADAM '98. Maribor: Zdravstveni dom dr. Adolfa Drolca, 1998. 154 str., ilustr. Informatica medica slovenica, let. 5, št. 1/2. ISSN 1318-2129. [COBISS.SI-ID 1183828]

50. ZUPAN, Blaž, STOKIĆ, Dobrivoje S., BOHANEC, Marko, PRIEBE, Michael M., SHERWOOD, Arthur M. Relating clinical and neurophysiological assessment of spasticity by machine learning. International journal of medical informatics. [Print ed.]. 1998, vol. 49, str. 243-252. ISSN 1386-5056. [COBISS.SI-ID 14118439]

51. KRISPER, Marjan, ZUPAN, Blaž. Synthesis of hierarchical decision support models from socioeconomic data. V: BAVEC, Cene (ur.), GAMS, Matjaž (ur.). Informacijska družba : zbornik konference = Information society : proceedings of the conference. Mednarodna multi-konferenca Informacijska družba, Ljubljana, 1998. Ljubljana: Institut Jožef Stefan, 1998. Str. 60-63. ISBN 961-6303-01-5. [COBISS.SI-ID 13537063]

52. ZUPAN, Blaž (gostujoči urednik), LAVRAČ, Nada (gostujoči urednik), KERAVNOU, Elpida (gostujoči urednik). Artificial inteligence in medicine : theme issue Data mining technologies and applications in medicine. Vol. 16, no. 1. Amsterdam: Elsevier, 1999. [COBISS.SI-ID 16085031]

53. KONONENKO, Igor, ZUPAN, Blaž. Attribute mining: evaluation, discretization, subset selection and constructive induction. V: BRUHA, Ivan (ur.), BOHANEC, Marko (ur.). Proceedings of the ICML-99 Workshop on From Machine Learning to Knowledge Discovery in Databases, [Bled, 30 June 1999]. Ljubljana: J. Stefan Institute, 1999. Str. 1-15, graf. prikazi. ISBN 961-6303-15-5. [COBISS.SI-ID 1555028]

54. ZUPAN, Blaž, LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida. Data mining techniques and applications in medicine : editorial. Artificial intelligence in medicine. [Print ed.]. 1999, vol. 16, str. 1-2. ISSN 0933-3657. [COBISS.SI-ID 14022951]

55. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, AOKI, Noriaki, WALL, Matthew J., GRANCHI, Thomas H., BECK, J. Robert. Feature mining and predictive model construction from severe trauma patient's data. V: Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : a workshop at the Annual Symposium of the American Medical Informatics Association (AMIA'99), Washington, DC, Saturday, November 6, 1999. [S.l.: s.n.], 1999. Str. 32-41. [COBISS.SI-ID 1926228]

56. BOŽIKOV, Krešimir, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, STANKOVSKI, Vlado, SMRKE, Dragica. Hierarchical decision model for the patient's long term clinical status after hip arthroplasty. Medical & biological engineering & computing : journal of the International Federation for Medical & Biological Engineering. [Print ed.]. 1999, letn. 37, suppl. 2, str. 766-767. ISSN 0140-0118. [COBISS.SI-ID 10549209]

57. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž, RAJKOVIČ, Vladislav. Hierarchical multi-attribute decision models and their application in health care. V: KOKOL, Peter (ur.), et al. Medical Informatics Europe '99. Amsterdam [etc.]: IOS Press; Tokyo: Ohmsha, cop. 1999. Str. 670-675. Studies in health technology and informatics, vol. 68. ISBN 0-9673355-1-5, ISBN 4-274-90313-3. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 14275111]

58. LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : a workshop at the Annual Symposium of the American Medical Informatics Association (AMIA'99), Washington, DC, Saturday, November 6, 1999. 1999. [COBISS.SI-ID 14987047]

59. ZUPAN, Blaž, BOHANEC, Marko, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan. Learning by discovery concept hierarchies. Artificial intelligence. [Print ed.]. 1999, vol. 109, str. 211-242. ISSN 0004-3702. [COBISS.SI-ID 14228007]

60. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, KATTAN, Michael W., BECK, J. Robert, BRATKO, Ivan. Machine learning for survival analysis: a case study on recurrence of prostate cancer. V: HORN, Werner (ur.), et al. Artificial intelligence in medicine : proceedings. Joint European Conference on Artificial Intelligence in Medicine and Medical Decision Making, AIMDM'99, Aalborg, Denmark, June 20-24, 1999. Berlin [etc.]: Springer, cop. 1999. Str. 346-355, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 1620. ISBN 3-540-66162-X. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 2076500]

61. KOKOL, Peter (urednik), ZUPAN, Blaž (urednik), STARE, Janez (urednik), PREMIK, Marjan (urednik), ENGELBRECHT, Rolf (urednik). Medical Informatics Europe '99. Amsterdam [etc.]: IOS Press; Tokyo: Ohmsha, cop. 1999. XVII, 1009 str., ilustr. Studies in health technology and informatics, vol. 68. ISBN 0-9673355-1-5, ISBN 4-274-90313-3. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 1557844]

62. PREMIK, Marjan, CERKVENIK, Gregor, ALBREHT, Tit, BIGEC, Martin, ČAD, Gorazd, DOLENC, Nina, KOKOL, Peter, MAURIČ, Danilo, MERNIK, Marjan, NATEK, Srečko, OREL, Andrej, PAULIN, Mojca, PERHAVEC, Danila, PETRIČ, Darjan, PRIJATELJ, Vesna, REMS, Miran, RUDEL, Drago, SLAVEC-VONČINA, Smiljana, STARE, Janez, WELZER-DRUŽOVEC, Tatjana, ZEVNIK, Marija, ZUPAN, Blaž. MIE'99 - XV. international congress of the European federation for medical informatics, August 22-26, 1999. 1999. [COBISS.SI-ID 4953878]

63. KRISPER, Marjan, ZUPAN, Blaž. Multi-attribute hierarchical models for socioeconomic decision support. V: BAVEC, Cene (ur.), GAMS, Matjaž (ur.). Informacijska družba IS'99 : zbornik mednarodne multi-konference, 12. do 14. oktobra 1999, Ljubljana, Slovenija = Information society IS'99 : proceedings of the international multi-conference, 12 - 14 October 1999. Mednarodna multi-konferenca Informacijska družba, Ljubljana, 1999. Ljubljana: Institut Jožef Štefan, 1999. Str. 74-77, ilustr. ISBN 961-6303-18-X. [COBISS.SI-ID 2076244]

64. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, KATTAN, Michael W., BECK, J. Robert, BRATKO, Ivan. Naive Bayesian-based nomogram for prediction of prostate cancer recurrence. V: KOKOL, Peter (ur.), et al. Medical Informatics Europe '99. Amsterdam [etc.]: IOS Press; Tokyo: Ohmsha, cop. 1999. Str. 436-441, graf. prikazi. Studies in health technology and informatics, vol. 68. ISBN 0-9673355-1-5, ISBN 4-274-90313-3. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 1558100]

65. KOKOL, Peter, ZUPAN, Blaž, STARE, Janez, PREMIK, Marjan, ENGELBRECHT, Rolf. Preface. V: KOKOL, Peter (ur.), et al. Medical Informatics Europe '99. Amsterdam [etc.]: IOS Press; Tokyo: Ohmsha, cop. 1999. Str. v. Studies in health technology and informatics, vol. 68. ISBN 0-9673355-1-5, ISBN 4-274-90313-3. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 10291161]

66. LAVRAČ, Nada, FLACH, Peter, ZUPAN, Blaž. Rule evaluation measures : a unifying view. V: DŽEROSKI, Sašo (ur.). Inductive logic programming : 9th International Workshop, ILP-99, Bled, Slovenia, June 1999 : proceedings. Berlin [etc.]: Springer, 1999. Str. 174-185. Lecture notes in computer science, 1634, Lecture notes in artificial inteligence. ISBN 3-540-66109-3. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 14275879]

67. IRT, Gregor. Sistem za uprabo večparametrskih odločitvenih modelov na medmrežju : diplomska naloga. Ljubljana: [G. Irt], 1999. 124 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 2528084]

68. KALIN, Tomaž, KANDUS, Gorazd, TRČEK, Denis, ZUPAN, Blaž. Slovenian national health insurance card : the next step. V: KOKOL, Peter (ur.), et al. Medical Informatics Europe '99. Amsterdam [etc.]: IOS Press; Tokyo: Ohmsha, cop. 1999. Str. 156-160. Studies in health technology and informatics, vol. 68. ISBN 0-9673355-1-5, ISBN 4-274-90313-3. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 14446631]

69. JAKULIN, Aleks, ZUPAN, Blaž (mentor). Strojno učenje s simplicialnimi kompleksi. Sežana: [A. Jakulin], 1999. 47 f., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3734/. [COBISS.SI-ID 3645780]
nagrada: Fakultetna Prešernova nagrada

70. JAKULIN, Aleks. Strojno učenje z uporabo simplicialnih kompleksov : [diplomska naloga]. Sežana: [A. Jakulin], 1999. 55 f., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/98/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1920084]

71. DEMŠAR, Janez. Uporaba funkcijske dekompozicije za transformiranje prostora atributov : magistrsko delo. Ljubljana: [J. Demšar], 1999. 104 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 1462868]

72. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž, RAJKOVIČ, Vladislav. Applications of qualitative multi-attribute decision models in health care. International journal of medical informatics. [Print ed.]. 2000, vol. 58-59, str. 191-205. ISSN 1386-5056. [COBISS.SI-ID 15414311]

73. DŽEROSKI, Sašo, HRISTOVSKI, Dimitar, KING, Ross, SRINIVASAN, Ashwin, ZUPAN, Blaž. Data analysis in life sciences. I. Ljubljana: Jozef Stefan Institute: Center for Knowledge Transfer in Information Technogies, 2000. loč. pag., ilustr. [COBISS.SI-ID 15304743]

74. DŽEROSKI, Sašo, HRISTOVSKI, Dimitar, KING, Ross, SRINIVASAN, Ashwin, ZUPAN, Blaž. Data analysis in life sciences. II. Ljubljana: Jozef Stefan Institute: Center for Knowledge Transfer in Information Technogies, 2000. loč. pag., ilustr. [COBISS.SI-ID 15304999]

75. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad, KUSPA, Adam, BRATKO, Ivan. GenePath: računalniški program za odkrivanje genskih poti iz podatkov o mutantih. V: KOKOL, Peter (ur.). Zbornik referatov strokovnega srečanja Slovenskega društva za medicinsko informatiko MI-2000, Bled, 16.-17. november 2000. Ljubljana: [Slovensko društvo za medicinsko informatiko], 2000. Str. 19-23, ilustr. Informatica medica slovenica, Letn. 6. ISSN 1318-2129. [COBISS.SI-ID 2068308]

76. SMRKE, Dragica, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, BOŽIKOV, Krešimir, STANKOVSKI, Vlado. Hierarhični odločitveni model dolgoročnega kliničnega statusa bolnika po kolčni artroplastiki. V: Z zdravim korakom v novo tisočletje : zbi[!]rnik predavanj. Ljubljana: Društvo fizioterapevtov Slovenije, 2000. [COBISS.SI-ID 10975961]

77. ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, BOHANEC, Marko, DEMŠAR, Janez. Induction of concept hierarchies from noisy data. V: LANGLEY, Pat (ur.). Proceedings of the Seventeenth International Conference on Machine Learning, (ICML-2000) : June 29-July 2, 2000, Stanford University. Morgan Kaufmann: San Francisco, cop. 2000. Str. 1199-1206. The Morgan Kaufmann series in machine learning. ISBN 1-55860-707-2. ISSN 1049-1910. [COBISS.SI-ID 15307815]

78. LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine. V: KENT, Allen (ur.), WILLIAMS, James G. (ur.), HALL, Carolyn M. (ur.). Encyclopedia of computer science and technology. Volume 42, Supplement 27. New York; Basel: Marcel Dekker, Inc., cop. 2000. Str. 113-157. ISBN 0-8247-2295-7. [COBISS.SI-ID 15107623]

79. LAVRAČ, Nada, KERAVNOU, Elpida, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis in medicine. V: KENT, Allen (ur.), HALL, Carolyn M. (ur.). Encyclopedia of library and information science. Volume 68, Supplement 31. New York; Basel: [s. n.], 2000. Str. 209-254. ISBN 0-8247-2068-7. [COBISS.SI-ID 15406375]

80. RAJKOVIČ, Vladislav, ZUPAN, Blaž. Kako do upravljanja z znanjem v državni upravi. V: INDO 2000 : posvetovanje vseh, ki se v ministrstvih, vladnih službah, državnem zboru, sodstvu, upravnih enotah, lokalni samoupravi in javnih službah srečujejo z informatiko : zbornik referatov, Bernardin, od 11. - 13. decembra 2000. [Ljubljana: Vlada Republike Slovenije, Center Vlade za informatiko, 2000?]. Str. 261-267. [COBISS.SI-ID 2946579]

81. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, KATTAN, Michael W., BECK, J. Robert, BRATKO, Ivan. Machine learning for survival analysis: a case study on recurrence of prostate cancer. Artificial intelligence in medicine. [Print ed.]. 2000, vol. 20, str. 59-75, graf. prikazi. ISSN 0933-3657. [COBISS.SI-ID 1957204]

82. ZUPAN, Blaž, PORENTA, Aleš, VIDMAR, Gaj. Odločitve na dlani: Sistem za podporo večparametrskemu odločanju na dlančnikih. Informatica medica slovenica. 2000, letn. 6, št. 1/4, str. 35-41, ilustr. ISSN 1318-2129. [COBISS.SI-ID 2075988]

83. AOKI, Noriaki, WALL, Matthew, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, GRANCHI, Thomas, SCHREIBER, Martin, HOLCOMB, John, BYRNE, Mike, LISCUM, Kathleen R., GOODWIN, Grady, BECK, Robert J., MATTOX, Kenneth L. Predictive model for survival at the conclusion of a damage control laparotomy. The American Journal of Surgery. [Prin ed.]. 2000, vol. 180, str. 540-545. ISSN 0002-9610. [COBISS.SI-ID 2186836]

84. PORENTA, Aleš. Sistem za uporabo logističnih večparametrskih odločitvenih modelov na dlančnih računalnikih : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Porenta], 2000. 56 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 2290004]

85. ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, DEMŠAR, Janez, BECK, Robert J., KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Abductive inference of genetic networks. V: QUAGLINI, Silvana (ur.), BARAHONA, Pedro (ur.), ANDREASSEN, Steen (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. 8th Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, AIME 2001 Cascais, Portugal, July 1-4, 2001. Berlin [etc.]: Springer, cop. 2001. Str. 304-313. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 2101. ISBN 3-540-42294-3. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 2628948]

86. ARNEŽ, Zoran M., SMRKE, Dragica, BERGER, Tatjana, VEGNUTI, Miljana, KASTELEC, Matej, PLANINŠEK, Franc, ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan. Analiza zlomov in komplikacij v področju zapestja in indikacije za operativno zdravljenje : zaključno poročilo o rezultatih raziskovalnega projekta. Ljubljana: Ministrstvo za šolstvo znanost in šport, 2001. [Loč.pag.]. [COBISS.SI-ID 22459609]

87. ZUPAN, Blaž, PORENTA, A..., VIDMAR, Gaj, AOKI, N..., BRATKO, Ivan, BECK, J... R. Decisions at hand: a decision support system on handhelds. V: PATEL, V. L. (ur.), ROGERS, R. (ur.), HAUX, R. (ur.). MEDINFO 2001 : proceedings of the 10th World congress on medical informatics, London, UK, 2-5 September, 2001. Amsterdam: IOS Press: Ohmsha, cop. 2001. Letn. 10, št. 1, str. 566-700. [COBISS.SI-ID 14596057]

88. SILIČ, Marin, COLNAR, Marko, KRISPER, Marjan, GYÖRKÖS, József, AMBROŽ, Marko, BUCIK, Aleksander, DOBNIKAR, Aleš, BUTINA, Boris, BOH, Aleksander, REBERNIK, Nika, ČRNIGOJ, Marko, HAJTNIK, Tatjana, BOHANEC, Ivan, BOLE, Saša, LAH, Pavla, ŠALEHAR, Dušan, WOHINZ, Barbara, ROZMAN, Ivan, RAJKOVIČ, Vladislav, BEŠTER, Janez, SOLINA, Franc, ZUPAN, Blaž, NOVAKOVIĆ, Aleksander (urednik), TOMAŽIČ, Roman (urednik). E-commerce in public administration of the Republic of Slovenia for the period from 2001 until 2004 : (sep-2004). Version 1.0. Ljubljana: Center Vlade RS za informatiko, 2001. ISBN 961-6389-07-6. [COBISS.SI-ID 114144000]

89. SILIČ, Marin, COLNAR, Marko, KRISPER, Marjan, GYÖRKÖS, József, AMBROŽ, Marko, BUCIK, Aleksander, DOBNIKAR, Aleš, BUTINA, Boris, BOH, Aleksander, REBERNIK, Nika, ČRNIGOJ, Marko, HAJTNIK, Tatjana, BOHANEC, Ivan, BOLE, Saša, LAH, Pavla, ŠALEHAR, Dušan, WOHINZ, Barbara, ROZMAN, Ivan, RAJKOVIČ, Vladislav, BEŠTER, Janez, SOLINA, Franc, ZUPAN, Blaž, NOVAKOVIĆ, Aleksander (urednik), TOMAŽIČ, Roman (urednik). E-poslovanje v javni upravi RS za obdobje od leta 2001 do leta 2004 : (sep-2004). 1.0 verzija. Ljubljana: Center Vlade za informatiko, 2001. X, 160 str., graf. prikazi. ISBN 961-6389-04-1. [COBISS.SI-ID 111572992]

90. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, AOKI, Noriaki, WALL, Matthew J., GRANCHI, Thomas H., BECK, J. Robert. Feature mining and predictive model construction from severe trauma patient's data. International journal of medical informatics. [Print ed.]. 2001, vol. 63, str. 41-50. ISSN 1386-5056. [COBISS.SI-ID 2496596]

91. ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, BOHANEC, Marko, DEMŠAR, Janez. Function decomposition in machine learning. V: PALIOURAS, Georgios (ur.), KARKALETSIS, Vangelis (ur.), SPYROPOULOS, Constantine D. (ur.). Machine learning and its applications : advanced lectures. Berlin ... [etc.]: Springer, cop. 2001. Str. 71-101. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 2049. ISBN 3-540-42490-3. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 2737748]

92. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, KUSPA, Adam, HALTER, John A., BECK, Robert J., SHAULSKY, Gad. GenePath : a computer program for genetic pathway discovery from mutant data. V: PATEL, V. L. (ur.), ROGERS, R. (ur.), HAUX, R. (ur.). MEDINFO 2001 : proceedings of the 10th World congress on medical informatics, London, UK, 2-5 September, 2001. Amsterdam: IOS Press: Ohmsha, cop. 2001. Str. 956-959, ilustr. [COBISS.SI-ID 2377300]

93. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, KUSPA, Adam, HALTER, John A., BECK, Robert J., SHAULSKY, Gad. Genetic sequencing and expression technology III : GenePath: a computer program for abductive inference of genetic pathways. V: Abstracts. Nineteenth Annual Houston Conference on Biomedical Engineering Research [and] HSEMB 19th Annual Meeting, February 8-9, 2001, University Hilton Hotel, Houston, Texas. Houston: Houston Society for Engineering in Medicine and Biology, 2001. Str. 86. [COBISS.SI-ID 2153300]

94. SMRKE, Dragica, ZUPAN, Blaž. Handheld-based clinical information system for management of wrist fracture patients data. V: JAŠKOVÁ, Mária (ur.). ECON '01 : [selected research papers]. Ostrava: Technical University, Faculty of Economics, 2001. Str. 151-156. [Sborník vědeckých prací Vysoké školy báňské v Ostravě. Řada ekonomická, Year book of the Faculty of Economics, VŠB - Technical University Ostrava], Vol. 8. ISBN 80-248-0030-6. ISSN 0862-7908. [COBISS.SI-ID 3046996]

95. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. Integrating decision support and data mining by hierarchical multi-attribute decision models. V: GIRAUD-CARRIER, C. (ur.), et al. Integrating aspects of data mining,decision support and meta-learning : working notes. ECML/PKDD-2001, 12th European Conference on Machine Learning / 5th European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Freiburg, September 4,2001. [S.l.: s.n.], 2001. Str. 25-36. [COBISS.SI-ID 16152359]

96. BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Intelligent data analysis - special issue. Methods of information in medicine. 2001, vol. 40, no. 5, str. 362-364. ISSN 0026-1270. [COBISS.SI-ID 2649684]

97. Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : IDAMAP 2001 : a workshop at the Medinfo 2001, London, UK, September 4th, 2001. [s. l.: s. n.], 2001. 92 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 2365780]

98. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, KATTAN, Michael W., OHORI, Mak, GRAEFEN, Markus, BOHANEC, Marko, BECK, J. Robert. Orange and decisions-at hand : bridging predictive data mining and decision support. V: GIRAUD-CARRIER, C. (ur.), et al. Integrating aspects of data mining,decision support and meta-learning : working notes. ECML/PKDD-2001, 12th European Conference on Machine Learning / 5th European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases, Freiburg, September 4,2001. [S.l.: s.n.], 2001. Str. 151-162. [COBISS.SI-ID 16152871]

99. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, KATTAN, Michael W., AOKI, Noriaki, OHORI, Mak, GRAEFEN, Markus, BECK, Robert J. Orange and decisions-at-hand : bridging medical data mining and decision support. V: Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : IDAMAP 2001 : a workshop at the Medinfo 2001, London, UK, September 4th, 2001. [s. l.: s. n.], 2001. Str. 87-92. [COBISS.SI-ID 2366036]

100. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, SMRKE, Dragica, BOŽIKOV, Krešimir, STANKOVSKI, Vlado, BRATKO, Ivan, BECK, J. Robert. Predicting patient's long - term clinical status after hip arthroplasty using hierarchical decision modelling and data mining. Methods of information in medicine. 2001, vol. 40, str. 25-31. ISSN 0026-1270. [COBISS.SI-ID 2187092]

101. KAVČIČ, Marko. Sistem za vizualizacijo in optimizacijo dendrogramov iz genetskih podatkov : diplomska naloga. Ljubljana: [M. Kavčič], 2001. 74 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 2776916]

102. LENARČIČ, Blaž. Sistem za zajem kliničnih in epidemioloških podatkov z dlančniki : diplomsko delo. Ljubljana: [B. Lenarčič], 2001. 45 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 2298964]

103. JAKLIČ, Jurij, INDIHAR ŠTEMBERGER, Mojca, GROZNIK, Aleš, ZUPAN, Blaž, BAJEC, Marko, RUPNIK, Rok, ROŽANEC, Alenka. Strateški načrt informatizacije Univerze v Ljubljani. Ljubljana: Ekonomska fakulteta, Inštitut za poslovno informatiko, 2001. 1 el. optični disk (CD-ROM), graf. prikazi, tabele. [COBISS.SI-ID 16497894]

104. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan. Transformation of attribute space by function decomposition. V: DELLA RICCIA, Giacomo (ur.), LENZ, Hans-Joachim (ur.), KRUSE, Rudolf (ur.). Data fusion and perception. Wien; New York: Springer, cop. 2001. Str. 237-247. CISM Courses and Lectures, no. 431. ISBN 3-211-83683-7. [COBISS.SI-ID 2583124]

105. JUVAN, Peter, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan, HALTER, John A., KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Web-enabled knowledge-based analysis of genetic data. V: CRESPO, Jose (ur.), MAOJO, Victor (ur.), MARTIN, Fernando (ur.). Medical data analysis : Second international symposium, ISMDA 2001, Madrid, Spain, October 8-9, 2001 : proceedings. Berlin [etc.]: Springer, 2001. Str. 113-119. Lecture notes in computer science, 2199. ISBN 3-540-42734-1. ISSN 0302-9743. http://eprints.fri.uni-lj.si/112/. [COBISS.SI-ID 2499156]

106. CURK, Tomaž, BORŠTNIK, Urban. Analiza genetskih podatkov in načrtovanje genetskih poskusov z metodami umetne inteligence : delo je pripravljeno v skladu s Pravilnikom o podeljevanju Prešernovih nagrad študentom, pod mentorstvom doc. dr. Blaža Zupana. Ljubljana: [T. Curk: U. Borštnik], 2002. IV, 42 f., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3764/. [COBISS.SI-ID 3417428]
nagrada: Fakultetna Prešernova nagrada

107. KRISPER, Marjan, ZUPAN, Blaž. Construction and application of hierarchical socioeconomic decision models. Informatica : an international journal of computing and informatics. [Tiskana izd.]. 2002, vol. 26, no. 1, str. 47-56. ISSN 0350-5596. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 16861223]

108. SMRKE, Dragica, ZUPAN, Blaž, LENARČIČ, Blaž, ARNEŽ, Zoran M. Dlančniki in register bolnikov z zlomom v področju zapestja = Handhelds and registry of patients with wrist fractures. Zdravniški vestnik : glasilo Slovenskega zdravniškega društva. [Tiskana izd.]. september 2002, letn. 71, št. 9, str. 525-528. ISSN 1318-0347. [COBISS.SI-ID 15388377]

109. GROBELNIK, Marko, RAJKOVIČ, Vladislav, TODOROVSKI, Ljupčo, URBANČIČ, Tanja, ZUPAN, Blaž, Members of the program committee. ECML/PKDD-2002, IDDM-2002, 2nd International Workshop on Integration and Collaboration Aspects of Data Mining, Decision Support and Meta-Learning, Helsinki, 19 August 2002. 2002. [COBISS.SI-ID 16923687]

110. PETOVAR, Tadej. Evolucijski algoritem za optimiranje aproksimacijskih izrazov : diplomska naloga. Ljubljana: [T. Petovar], 2002. 50 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 17193767]

111. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan, JUVAN, Peter, HALTER, John A., KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. GenePath: software for genetic network exploration. Proceedings of the Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. 2002, vol. 3, str. 2196-2197. ISSN 1094-687X. [COBISS.SI-ID 23817945]

112. DEMŠAR, Janez. Konstruktivna indukcija s krčenjem prostora atributov : doktorska disertacija. Ljubljana: [J. Demšar], 2002. X, 191 str., ilustr., tabele. [COBISS.SI-ID 122974464]

113. BOŽEGLAV, Domen. Metodologija razvoja portalov in internetni portal podjetja pivovarna Union d.d. : diplomska naloga. Ljubljana: [D. Božeglav], 2002. III, 43 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 3174484]

114. HIRA, K., AOKI, Noriaki, HAYASHI, A., DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, FUKUI, Tsuguya, DUNN, K., SCHULL, William J. A prediction rule for terminally ill cancer patients on laboratory data. Journal of general internal medicine. Jan. 2002, vol. 17, suppl. 1, str. 112. ISSN 0884-8734. http://www.springerlink.com/content/215120k75w378506/fulltext.pdf. [COBISS.SI-ID 516941337]

115. CURK, Tomaž. Razvrščanje profilov izražanja genov z metodami strojnega učenja : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Curk], 2002. III, 65 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3174740]

116. REMEC, Miha. Sistem za zajem kliničnih in epidemioloških podatkov o bolnikih s poškodbami kolka na dlančnikih : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Remec], 2002. II, 42 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 2679380]

117. PREMRL, Tomaž. Spletna lupina v tehnologiji ASP.NET za podporo večparameterskega odločanja : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Premrl], 2002. IV, 69 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3304276]

118. ŠMID, Marko. Uporaba metod za odkrivanje znanj iz podatkov v bančnem trženju : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Šmid], 2002. 53 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3266388]

119. ŽNIDARŠIČ, Martin. Uporaba zveznih atributov pri strojnem učenju z metodo naivnega Bayesa : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Žnidaršič], 2002. VI, 44 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3132500]

120. RAJKOVIČ, Vladislav, ZUPAN, Blaž. Upravljanje znanja kot izziv prenovi javne uprave. Uporabna informatika. [Tiskana izd.]. 2002, letn. 10, št. 1, str. 13-17. ISSN 1318-1882. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 3323155]

121. JAKŠIČ, Jaka. Večparametrski odločitveni modeli in standard PMML : diplomsko delo. Ljubljana: [J. Jakšič], 2002. III, 58 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3331412]

122. JAKULIN, Aleks, BRATKO, Ivan, SMRKE, Dragica, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Attribute interactions in medical data analysis. V: DOJAT, Michel (ur.), KERAVNOU, Elpida (ur.), BARAHONA, Pedro (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. 9th Conference on Artificial Intelligence in Medicine in Europe, AIME 2003, Protaras, Cyprus, October 18-22, 2003. Berlin [etc.]: Springer, 2003. Letn. 2780, str. 229-238, ilustr. Lecture notes in computer science, 1211, Lecture notes in artificial intelligence. ISBN 3-540-20129-7. ISSN 0302-9743. http://eprints.fri.uni-lj.si/96/. [COBISS.SI-ID 3907924]

123. JUVAN, Peter, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad. Automated construction of genetic networks from mutant data. V: DOLINAR, Marko (ur.), KRIŽAJ, Igor (ur.), TURK, Vito (ur.). Zbornik povzetkov = Book of abstracts. 5. srečanje Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo = 5th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation, Ljubljana, 24.-28. September, 2003. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society, 2003. Str. 100. http://eprints.fri.uni-lj.si/114/. [COBISS.SI-ID 16786649]

124. SACCHI, Lucia, BELLAZZI, Riccardo, LARIZZA, Cristiana, MAGNI, Paolo, CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. Clustering and classifying gene expressions data through temporal abstractions. V: ABU-HANNA, Ameen (ur.), HUNTER, Jim (ur.). Working notes of the joint workshop on intelligent data analysis in medicine and pharmacology and knowledge-based information management in anaesthesia and intensive care 2003 : held at the ninth conference on Artificial Intelligence in Medicine Europe, Cyprus, 19 - 22 October, 2003. [S. l.: s. n.], 2003. Str. 83-85, ilustr. [COBISS.SI-ID 3917396]

125. DŽEROSKI, Sašo, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. Data mining and decision support for environmental applications : lecture notes. Ljubljana: Jožef Stefan Institute, Department of Intelligent Systems, 2003. loč. pag. [COBISS.SI-ID 17888551]

126. ŽNIDARŠIČ, Martin, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Estimating probabilities of continuous attributes in naive Bayesian classifier. V: MRVAR, Andrej (ur.), FERLIGOJ, Anuška (ur.). Program and abstracts. International Conference on Methodology and Statistics, Ljubljana, Slovenia, September 14-17, 2003. Ljubljana: Center of Methodology and Informatics, Institute of Social Sciences at Faculty of Social Sciences, 2003. Str. 81. ISBN 961-235-128-7. [COBISS.SI-ID 18443303]

127. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan, JUVAN, Peter, HALTER, John A., KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. GenePath : a system for automated construction of genetic networks from mutant data. Bioinformatics. [Print ed.]. 2003, vol. 19, no. 3, str. 383-389. ISSN 1367-4803. http://eprints.fri.uni-lj.si/213/. [COBISS.SI-ID 3415124]

128. ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, DEMŠAR, Janez, JUVAN, Peter, CURK, Tomaž, BORŠTNIK, Urban, BECK, J. Robert, HALTER, John, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. GenePath : a system for inference of genetic networks and proposal of genetic experiments. Artificial intelligence in medicine. [Print ed.]. 2003, vol. 29, str. 107-130, ilustr. ISSN 0933-3657. [COBISS.SI-ID 3794516]

129. BRATKO, Andrej. Hierarhično razvrščanje elektronske pošte z metodami strojnega učenja : diplomska naloga. Trzin: [A. Bratko], 2003. 63 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 3875924]

130. ZUPAN, Blaž, JUVAN, Peter, DEMŠAR, Janez, SHAULSKY, Gad. Inference of genetic networks from mutant data. V: GAUGES, Ralph (ur.). 3rd Workshop on Computation of Biochemical Pathways and Genetic Networks, Villa Bosch, Heidelberg, October 6-7, 2003 : [proceedings]. 3rd Workshop on Computation of Biochemical Pathways and Genetic Networks, Villa Bosch, Heidelberg, October 6-7, 2003. Berlin: Logos: European Media Lab, cop. 2003. Str. [99]-106, ilustr. ISBN 3-8325-0375-7. [COBISS.SI-ID 4010068]

131. CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš, DEMŠAR, Janez, SHAULSKY, Gad, SACCHI, Lucia, LARIZZA, Cristiana, BELLAZZI, Riccardo. Machine learning for functional genomics: some experiments with supervised learning on microarray data set. V: ABU-HANNA, Ameen (ur.), HUNTER, Jim (ur.). Working notes of the joint workshop on intelligent data analysis in medicine and pharmacology and knowledge-based information management in anaesthesia and intensive care 2003 : held at the ninth conference on Artificial Intelligence in Medicine Europe, Cyprus, 19 - 22 October, 2003. [S. l.: s. n.], 2003. Str. 47-51, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 3917908]

132. MOŽINA, Martin. Naivni Bayesov klasifikator in logistična regresija : primerjava metod, dokaz pogojne ekvivalentnosti in vizualizacija napovednih modelov : delo je pripravljeno v skladu s Pravilnikom o podeljevanju Prešernovih nagrad študentom, pod mentorstvom doc. dr. Blaža Zupana. Ljubljana: [M. Možina], 2003. IV, 40 f., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3724/. [COBISS.SI-ID 4033876]
nagrada: Fakultetna Prešernova nagrada

133. ZUPAN, Blaž. Odločitveni sistemi : študijsko gradivo. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2003. 1 optični disk (CD-ROM). http://magix.fri.uni-lj.si/predavanja. [COBISS.SI-ID 3710292]

134. ZUPAN, Blaž. Orodja in razvoj aplikacij : študijsko gradivo. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2003. 1 optični disk (CD-ROM). http://magix.fri.uni-lj.si/predavanja. [COBISS.SI-ID 3713364]

135. MOŽINA, Martin. Primerjava naivnega bayesovega [i. e. Bayesovega] klasifikatorja in logistične regresije : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Možina], 2003. [V], 51 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3610452]

136. ZUPAN, Blaž. Projekti in organizacija informacijskih sistemov : študijsko gradivo. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2003. 1 optični disk (CD-ROM). http://magix.fri.uni-lj.si/predavanja. [COBISS.SI-ID 3711316]

137. CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, VIDMAR, Gaj. Razvrščanje profilov izražanja genov z metodami strojnega učenja = Classification of gene expression profiles with machine learning : znanstveno-raziskovalni prispevek. Informatica medica slovenica. 2003, letn. 8, št. 1, str. 69-80, graf. prikazi. ISSN 1318-2129. http://ims.mf.uni-lj.si/archive/08%281%29/10.pdf, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 3881812]

138. DOVŽAN, Janez Gregor. Razvrščanje tekstovnih dokumentov z metodami strojnega učenja : diplomsko delo. Ljubljana: [J. G. Dovžan], 2003. IV, 81 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 3876692]

139. VIDMAR, Boštjan. Spletni vmesnik za indukcijo napovednih modelov z metodo naivnega Bayesa : diplomsko delo. [Ljubljana: B. Vidmar], 2003. 57 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 3933524]

140. ZUPAN, Blaž. Standardizacija in kakovost informacijskih sistemov : študijsko gradivo. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2003. 1 optični disk (CD-ROM). http://magix.fri.uni-lj.si/predavanja. [COBISS.SI-ID 3712596]

141. JENUL, Diana. Uporaba metod strojnega učenja za izdelavo napovednih modelov bolnikovega dolgoročnega kliničnega statusa po vgraditvi kolčne endoproteze : diplomsko delo. Ljubljana: [D. Jenul], 2003. 64 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 3507284]

142. SACCHI, Lucia, BELLAZZI, Riccardo, MAGNI, Paolo, CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. Clustering gene expression data with temporal abstractions. V: MedInfo 2004 : September 7-11,2004, San francisco, USA. Amsterdam: IOS Press, 2004. Str. 798-802. Studies in health technology and informatics, v. 107. ISBN 1-5860-3444-8. ISSN 0926-9630. [COBISS.SI-ID 18816551]

143. INDIHAR, Andrej. Dlančniške odločitvene lupine in standard PMML : diplomska naloga. Ljubljana: [A. Indihar], 2004. 64 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4241492]

144. PETROVIČ, Uroš, DERISI, Joseph L., CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor, GUBENŠEK, Franc. Effect of phospholipase A[sub]2 on the yeast transcriptome : presented at EURESCO Conferences, Gene Transcription in Yeast, San Feliu de Guixols, Spain. 29th-3rd June 2004. [COBISS.SI-ID 18816807]

145. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. From experimental machine learning to interactive data mining. Ljubljana: Artificial Inteligence Laboratory, Faculty of Computer and Information Science: = Laboratorij za umetno inteligenco, Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. http://www.ailab.si/orange/doc. [COBISS.SI-ID 4322900]

146. BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. A function-decomposition method for development of hierarchical multi-attribute decision models. Decision support systems. [Print ed.]. 2004, vol. 36, str. [215]-233, ilustr. ISSN 0167-9236. [COBISS.SI-ID 3978580]

147. STROHSACK, Miha. Gradnja in vizualizacija klasifikacijskih modelov z odločitvenimi tabelami : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Strohsack], 2004. II, 33 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4561236]

148. ZUPAN, Blaž, HOLMES, John Hubert. IDAMAP-2004 : intelligent data analysis in medicine and pharmacology : workshop at Stanford. V: ZUPAN, Blaž (ur.). Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : workshop notes. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. Str. 1-2, ilustr. ISBN 961-6209-47-7. [COBISS.SI-ID 4598868]

149. CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, LEBAN, Gregor, ZUPAN, Blaž. Installation for Mac OS X. Ljubljana: Artificial Inteligence Laboratory, Faculty of Computer and Information Science: = Laboratorij za umetno inteligenco, Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. http://www.ailab.si/orange/doc. [COBISS.SI-ID 4323412]

150. ZUPAN, Blaž (urednik). Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : workshop notes. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. ISBN 961-6209-47-7. [COBISS.SI-ID 215246336]

151. RAJKOVIČ, Vladislav, ZUPAN, Blaž. Knowledge management as a challenge for public administration reengineering. V: FLORJANČIČ, Jože (ur.), PÜTZ, Karl (ur.). Informatics and management : selected topics. Frankfurt am Main [etc.]: P. Lang, 2004. Str. 129-138. ISBN 3-631-51869-2, ISBN 0-8204-6535-6. [COBISS.SI-ID 4111123]

152. MOŽINA, Martin, DEMŠAR, Janez, SMRKE, Dragica, ZUPAN, Blaž. Nomograms for naive Bayesian classifiers and how can they help in medical data analysis. V: ZUPAN, Blaž (ur.). Intelligent data analysis in medicine and pharmacology : workshop notes. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. Str. 27-31. ISBN 961-6209-47-7. [COBISS.SI-ID 4597076]

153. MOŽINA, Martin, DEMŠAR, Janez, KATTAN, Michael, ZUPAN, Blaž. Nomograms for visualization of naive Bayesian classifier. V: BOULICAUT, Jean-François (ur.). Knowledge discovery in databases : PKDD 2004 : proceedings. Berlin; Heidelberg; New York: Springer, cop. 2004. Str. [337]-348, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 3202. ISBN 3-540-23108-0. ISSN 0302-9743. http://eprints.fri.uni-lj.si/154/. [COBISS.SI-ID 4412756]

154. SAJOVIC, Rok. Odločitveni model za rangiranje investicijskih projektov v javni upravi in njegova implementacija : diplomsko delo. Ljubljana: [R. Sajovic], 2004. 51 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4176980]

155. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, LEBAN, Gregor, CURK, Tomaž. Orange : from experimental machine learning to interactive data mining. V: BOULICAUT, Jean-François (ur.). Knowledge discovery in databases : PKDD 2004 : proceedings. Berlin; Heidelberg; New York: Springer, cop. 2004. Str. [537]-539, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 3202. ISBN 3-540-23108-0. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 4413268]

156. ROŽAC, Uroš. Podatkovni vmesnik med sistemom za odkrivanje znanj in podatkov Orange in mySQL podatkovnimi bazami : diplomsko delo. Ljubljana: [U. Rožac], 2004. III, 39 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4379988]

157. GRUDNIK, Janez. Vizualizacija genskih ontologij in implementacija grafične komponente v sistemu ORANGE : diplomsko delo. Ljubljana: [J. Grudnik], 2004. III, 39 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 4277844]

158. ZUPAN, Blaž, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž. Widgets and visual programming. Ljubljana: Artificial Inteligence Laboratory, Faculty of Computer and Information Science: = Laboratorij za umetno inteligenco, Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2004. http://www.ailab.si/orange/. [COBISS.SI-ID 4323156]

159. JUVAN, Peter. Artificial intelligence methods for discovery of relationships in genetic data : doctoral dissertation. Ljubljana: [P. Juvan], 2005. XII, 155 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/767/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 5114196]

160. MRAMOR, Minca, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Conquering the curse of dimensionality in gene expression cancer diagnosis : tough problem, simple models. V: MIKSCH, Silvia (ur.), HUNTER, Jim (ur.), KERAVNOU, Elpida (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. 10th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2005, Aberdeen, UK, July 23-27, 2005. Berlin; Heidelberg; New York: Springer, cop. 2005. Str. 514-523, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artifical intelligence, 3581. ISBN 3-540-27831-1. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 4892756]

161. LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž. Data mining in medicine. V: MAIMON, Oded Z. (ur.), ROKACH, Lior (ur.). Data mining and knowledge discovery handbook. New York: Springer, cop. 2005. Str. 1107-1137. ISBN 0-387-24435-2, ISBN 0-387-25465-X. [COBISS.SI-ID 19574823]

162. ŠUŠTAR, Borut. Dlančniška informacijska podpora k procesu priprave citostatikov : diplomska naloga. Ljubljana: [B. Šuštar], 2005. 31 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4560980]

163. VAN DRIESSCHE, Nancy, DEMŠAR, Janez, BOOTH, Egzi O., HILL, Paul, JUVAN, Peter, ZUPAN, Blaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Epistasis analysis with global transcriptional phenotypes. Nature genetics. May 2005, vol. 37, no. 5, str. 471-477, ilustr. ISSN 1061-4036. http://eprints.fri.uni-lj.si/894/. [COBISS.SI-ID 4712532]

164. KATOH, Mariko, CURK, Tomaž, XU, Qikai, ZUPAN, Blaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Evidence for DNA methylation in the D. discoideum genome. V: International Dictyostelium Conference 2005, August 13-18, 2005, Autrans, France. [S. l.: s. n.], 2005. Str. [1]. http://www.dictybase.org/DictyAnnualConference/dicty2005.pdf. [COBISS.SI-ID 4931924]

165. KRALJ NOVAK, Petra, LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž, GAMBERGER, Dragan. Experimental comparison of three subgroup discovery algorithms : analysing brain ischaemia data. V: MARKIČ, Olga (ur.), et al. Zbornik 8. mednarodne multikonference Informacijska družba IS 2005, 11. do 17. oktober 2005 = Proceedings of the 8th International Multiconference Information Society IS 2005, 11-17th October 2005, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Institut "Jožef Stefan", 2005. Str. 220-223. Informacijska družba. ISBN 961-6303-71-6. ISSN 1581-9973. [COBISS.SI-ID 19417639]

166. DEMŠAR, Janez, LEBAN, Gregor, ZUPAN, Blaž. Free viz - an intelligent visualization approach for class-labeled multidimensional data sets. V: IDAMAP 2005 : Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology : a one-day workshop during the 10th European Conference on Artificial Intelligence in Medicine 2005 (AIME 05) in Aberdeen, Scotland, UK, Sunday, July 24, 2005. [S. l.: s. n.], 2005. Str. 61-66, ilustr. [COBISS.SI-ID 4909652]

167. JUVAN, Peter, DEMŠAR, Janez, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. GenePath : from mutations to genetic networks and back. Nucleic acids research. 2005, vol. 33, str. 749-752, ilustr. ISSN 0305-1048. http://eprints.fri.uni-lj.si/895/. [COBISS.SI-ID 4861780]

168. BAEBLER, Špela, HREN, Matjaž, KOGOVŠEK, Polona, KREČIČ STRES, Hana, CURK, Tomaž, JUVAN, Peter, ZUPAN, Blaž, POMPE NOVAK, Maruša, GRUDEN, Kristina. Laboratory and computer practice protocols. Ljubljana: Department of Plant Physiology and Biotechnology, National Institute of Biology, 2005. 37 str., graf.prikazi. ISBN 961-90363-6-0. [COBISS.SI-ID 222712832]

169. BREZNIK, Tina. Metode izbora atributov in strojnega učenja za gradnjo napovednih modelov raka iz podatkov o izraženosti genov : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Breznik], 2005. IV, 29 f., [39] f. pril., ilustr. [COBISS.SI-ID 4697428]

170. CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, XU, Qikai, LEBAN, Gregor, PETROVIČ, Uroš, BRATKO, Ivan, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Microarray data mining with visual programming. Bioinformatics. [Print ed.]. 2005, vol. 21, no. 3, str. 396-398, ilustr. ISSN 1367-4803. http://eprints.fri.uni-lj.si/1591/. [COBISS.SI-ID 4563284]

171. CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Mutant vs. gene expression profiles for function prediction. V: IDAMAP 2005 : Intelligent Data Analysis in Medicine and Pharmacology : a one-day workshop during the 10th European Conference on Artificial Intelligence in Medicine 2005 (AIME 05) in Aberdeen, Scotland, UK, Sunday, July 24, 2005. [S. l.: s. n.], 2005. Str. 15-20, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 4909396]

172. JAKULIN, Aleks, MOŽINA, Martin, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan, ZUPAN, Blaž. Nomograms for visualing support vector machines. V: GROSSMAN, Robert L. (ur.), et al. KDD-2005 : proceedings of the Eleventh ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, August 21-24, 2005, Chicago, Illinois, USA. New York: ACM, cop. 2005. Str. 108-117. ISBN 1-59593-135-X. [COBISS.SI-ID 19254311]

173. PETROVIČ, Uroš, MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor. Od genomike k fenomiki : kaj se lahko naučimo od modelnih organizmov in kakšna orodja bioinformatike potrebujemo. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.), STARE, Janez (ur.). Zbornik. Prvo srečanje slovenskih bioinformatikov, Ljubljana, 2. december 2005. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2005. Str. 23-26. ISBN 961-6209-54-X. [COBISS.SI-ID 19485223]

174. KRALJ NOVAK, Petra. Odkrivanje podskupin v okolju Orange : diplomsko delo. Ljubljana: [P. Kralj], 2005. VIII, 57 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 4951892]

175. VUČIČ, Milan. Odločitveni model za vrednotenje programov za odstranjevanje neželene elektronske pošte : diplomska naloga. V Ljubljani: [M. Vučič], 2005. 35 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 4864084]

176. ILIĆ, Staša. Optimizacija vizualizacij odločitvenih tabel z genetskimi algoritmi : diplomsko delo. Ljubljana: [S. Ilić], 2005. III, 47 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4729172]

177. DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Orange : sodobno orodje za analizo genetskih podatkov. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.), STARE, Janez (ur.). Zbornik. Prvo srečanje slovenskih bioinformatikov, Ljubljana, 2. december 2005. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2005. Str. 5-8, ilustr. ISBN 961-6209-54-X. [COBISS.SI-ID 5235028]

178. ŠUŠTAR, Štefan. Prenova intranet portala v podjetju : diplomsko delo. Ljubljana: [Š. Šuštar], 2005. III, 29 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 5067092]

179. MRAMOR, Minca, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Preprosti in razumljivi vizualni modeli za diagnostiko raka z DNA mikromrežami. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.), STARE, Janez (ur.). Zbornik. Prvo srečanje slovenskih bioinformatikov, Ljubljana, 2. december 2005. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2005. Str. 9-12, ilustr. ISBN 961-6209-54-X. [COBISS.SI-ID 5153876]

180. RUS, Aleš. Programska oprema za pretvorbo uporabniške dokumentacije sistema Orange iz HTML v obliko HTMLHelp in JavaHelp : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Rus], 2005. 33 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4864596]

181. CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad. Računalniško odkrivanje mehanizmov uravnavanja izražanja genov. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), ZUPAN, Blaž (ur.), STARE, Janez (ur.). Zbornik. Prvo srečanje slovenskih bioinformatikov, Ljubljana, 2. december 2005. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2005. Str. 56-58. ISBN 961-6209-54-X. [COBISS.SI-ID 19486247]

182. ZALOŽNIK, Milan. Razvoj baze podatkov in spletnega vmesnika za evidentiranje vpisa in izdelavo poročil o dijakih in vajencih v srednjih šolah in zavodih : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Založnik], 2005. 36 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4654676]

183. KOČAR, Andrej. Razvoj šolskega informacijskega sistema : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Kočar], 2005. 30 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 4865364]

184. PETROVIČ, Uroš, MATTIAZZI, Mojca, KOKOŠAR, Janez, JEREB, Matej, CURK, Tomaž, JAMBHEKAR, Ashwini, SCHOLZ, Hárald, WOLINSKI, Heimo, DERISI, Joseph L., ZUPAN, Blaž, KOHLWEIN, Sepp D., KRIŽAJ, Igor. Role of pex11, an evolutionary predecessor of nuclear receptors, in fatty acid signallig in yeast S. cerevisiae. V: KOS, Janko (ur.), CIMERMAN, Nina (ur.), DROBNIČ-KOŠOROK, Marinka (ur.). 6th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation, Lipica, September 21-25, 2005. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society, 2005. ISBN 961-91651-0-1. [COBISS.SI-ID 19312167]

185. LEBAN, Gregor, MRAMOR, Minca, BRATKO, Ivan, ZUPAN, Blaž. Simple and effective visual models for gene expression cancer diagnostics. V: GROSSMAN, Robert L. (ur.), et al. KDD-2005 : proceedings of the Eleventh ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, August 21-24, 2005, Chicago, Illinois, USA. New York: ACM, cop. 2005. Str. 167-176, ilustr. ISBN 1-59593-135-X. http://eprints.fri.uni-lj.si/211/. [COBISS.SI-ID 4939604]

186. SUŠA, Primož. Storitvena podpora in programski sistemi za pomoč uporabnikom : diplomsko delo. Ljubljana: [P. Suša], 2005. [36] str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5116500]

187. KRALJ NOVAK, Petra, LAVRAČ, Nada, ZUPAN, Blaž. Subgroup visualization. V: MARKIČ, Olga (ur.), et al. Zbornik 8. mednarodne multikonference Informacijska družba IS 2005, 11. do 17. oktober 2005 = Proceedings of the 8th International Multiconference Information Society IS 2005, 11-17th October 2005, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Institut "Jožef Stefan", 2005. Str. 228-231. Informacijska družba. ISBN 961-6303-71-6. ISSN 1581-9973. [COBISS.SI-ID 19758119]

188. SACCHI, Lucia, BELLAZZI, Riccardo, LARIZZA, Cristiana, MAGNI, Paolo, CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. Ta-clustering : cluster analysis of gene expression profiles through temporal abstractions. International journal of medical informatics. [Print ed.]. 2005, vol. 74, str. 505-517. ISSN 1386-5056. [COBISS.SI-ID 19234599]

189. CURK, Tomaž, JUVAN, Peter, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Visual programming for microarray data mining in Orange. V: FREITAG, Jens (ur.). Plant genomics and bioinformatics expression micro arrays and beyond : a course book. [Postdam: s.n., 2005]. Str. 156-170, iulustr. ISBN 3-00-018316-7. [COBISS.SI-ID 5411668]

190. LEBAN, Gregor, BRATKO, Ivan, PETROVIČ, Uroš, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. VizRank : finding informative data projections in functional genomics by machine learning. Bioinformatics. [Print ed.]. 2005, vol. 21, no. 3, str. 413-414, ilustr. ISSN 1367-4803. http://eprints.fri.uni-lj.si/212/. [COBISS.SI-ID 4562772]

191. PANČUR, Matjaž. Vpliv testno vodenega razvoja na parametre agilnega razvojnega procesa : doktorska disertacija. Ljubljana: [M. Pančur], 2005. 217 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/765/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 5154388]

192. BOROVNIK, Damjan. Vrednotenje in primerjava pristopov določanja funkcij genov iz podatkov o njihovem izražanju : diplomsko delo. Ljubljana: [D. Borovnik], 2005. IX, 60 f., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 5113172]

193. ANDERLUH, Gregor (urednik, drugo), ZUPAN, Blaž (urednik), STARE, Janez (urednik), Prvo srečanje slovenskih bioinformatikov, Ljubljana, 2. december 2005. Zbornik. 1. izd. Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko, 2005. IV, 82 str., ilustr. ISBN 961-6209-54-X. [COBISS.SI-ID 223325184]

194. GOSENCA, Martin. Analiza vrednostnih papirjev s pomočjo metod strojnega učenja in odločitvenih modelov : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Gosenca], 2006. 48 str., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 5367124]

195. SLAVEC, Gregor. Biometrična metoda verifikacije ter identifikacije na osnovi strojne prepoznave ritma tipkanja : diplomsko delo. Ljubljana: [G. Slavec], 2006. 38 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5366100]

196. MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, KRIŽAJ, Igor, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Combination of mutant and expression data to predict the molecular mechanism of action of perturbations to yeast cells : [invited talk] = Kombiniranje podatkov o rasti mutant in o izražanju genov za napovedovanje molekulskih mehanizmov delovanja perturbacij na celice kvasovke : [vabljeno predavanje]. V: FILIPIČ, Metka (ur.), ZAJC, Irena (ur.). Genetika 2006 : Book of Abstracts = Knjiga povzetkov. 4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd Meeting of the Slovenian Society of Human Genetics with International Participation = IV. Kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko, z mednarodno udeležbo, September 28th-October 1st, 2006, Biološko središče, Ljubljana. Ljubljana: Slovensko genetsko društvo, 2006. Str. 52. ISBN 961-90534-4-3, ISBN 978-961-90534-4-7. [COBISS.SI-ID 20227111]

197. PETROVIČ, Uroš, MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, JAMBHEKAR, Ashwini, WOLINSKI, Heimo, CVETEK, Janez, TROŠT, Nina, KOHLWEIN, Sepp D., DERISI, Joseph L., ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor. Combination of synthetic dosage lethality and gene expression analysis to uncover the mechanisms of activity of a phospholipase ▫$A_2$▫. V: Yeast genetics and molecular biology meeting : Princeton University, July 25-30, 2006 : program and abstracts. [S. l.: s. n.], 2006. Str. 218. [COBISS.SI-ID 20011303]

198. ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, JUVAN, Peter, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad. Computational phenomics = Računska fenomika. V: FILIPIČ, Metka (ur.), ZAJC, Irena (ur.). Genetika 2006 : Book of Abstracts = Knjiga povzetkov. 4th Congress of Slovenian Genetic Society and 2nd Meeting of the Slovenian Society of Human Genetics with International Participation = IV. Kongres Slovenskega genetskega društva in II. srečanje Slovenskega društva za humano genetiko, z mednarodno udeležbo, September 28th-October 1st, 2006, Biološko središče, Ljubljana. Ljubljana: Slovensko genetsko društvo, 2006. Str. 50. ISBN 961-90534-4-3, ISBN 978-961-90534-4-7. [COBISS.SI-ID 20226855]

199. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad. Computational phenomics, with emphasis on gene expression data analysis. V: First International Conference on Computational Systems Biology, Shanghai, China, July 20th-23rd, 2006, The Center for American Studies, Fudan University : program book. Shanghai: The Center for American Studies, Fudan University, 2006. Str. 19-24, ilustr. [COBISS.SI-ID 5469012]

200. KATOH, Mariko, CURK, Tomaž, XU, Qikai, ZUPAN, Blaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Developmentally regulated DNA methylation in dictyostelium discoideum. Eukaryotic cell. [Print ed.]. 2006, vol. 5, no. 1, str. 18-25, graf. prikazi. ISSN 1535-9778. [COBISS.SI-ID 5120084]

201. MRAMOR, Minca, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Diagnostika raka z DNA mikromrežami - preprosti in razumljivi vizualni modeli = DNA microarray cancer diagnostics - simple and effective visual models. Informatica medica slovenica. 2006, letn. 11, št. 1, str. 25-33, ilustr. ISSN 1318-2129. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 5467732]

202. CURK, Tomaž, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Discovering patterns of gene regulation in dictyostelium discoideum using rule-based clustering. V: International Dictyostelium Conference 2006, Hotel La Fonda, Santa Fe, New Mexico, USA, Sept 17-22, 2006. [S. l.: s. n.], 2006. Str. 127. [COBISS.SI-ID 5493332]

203. HOHNJEC, Simon. Elektronsko izobraževanje in postavitev spletnega izobraževalnega okolja s sistemom Moodle : diplomska naloga. Ljubljana: [S. Hohnjec], 2006. 68 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5509204]

204. ŽNIDARŠIČ, Martin, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. Higher-order uncertainty approach to revision of probabilistic qualitative multi-attribute decision models. V: Creativity and innovation in decision making and decision support : papers from the IFIP WG8.3 International Conference on Creativity and Innovation in Decision Making and Decision Making and Decision Support, 28 June - 1 July, London, UK. London: Ludic Publishing, 2006. Zv. 2, str. 817-833. ISBN 1-905800-01-0, ISBN 978-1-905800-01-8. [COBISS.SI-ID 19956775]

205. PETROVIČ, Uroš, MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor. K orodjem bioinformatike za fenomiko in sistemsko biologijo = Towards the bioinformatics tools for phenomics and systems biology. Informatica medica slovenica. 2006, letn. 11, št. 1, str. 66-71. ISSN 1318-2129. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 19977511]

206. ZUPAN, Blaž, HOLMES, John Hubert, BELLAZZI, Riccardo. Knowledge-based data analysis and interpretation. Artificial intelligence in medicine. [Print ed.]. jul. 2006, vol. 37, no. 3, str. 163-165, ilustr. ISSN 0933-3657. [COBISS.SI-ID 5332564]

207. TRAMŠAK, Gregor. Mobilni programski sistem za napovedovanje prihodov avtobusov mestnega potniškega prometa na vmesna postajališča : diplomsko delo. Ljubljana: [G. Tramšak], 2006. 30 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 5384788]

208. PAPIČ, Tine. Modelna iterativna imputacija kot pristop za predpripravo podatkov v strojnem učenju : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Papič], 2006. 34 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 5232468]

209. KRISTAN, Tomaž. Načrt, zasnova in prototipi zaslonskih mask aplikacije "Delno plačilo za izgubljeni dohodek" : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Kristan], 2006. VII, 95 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5232212]

210. CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad. Odkrivanje pravil uravnavanja izražanja genov z razvrščanjem na podlagi pravil = Rule-based clustering for discovery of patterns in gene expression regulation. Informatica medica slovenica. 2006, letn. 11, št. 1, str. 52-59, ilustr. ISSN 1318-2129. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 5363540]

211. BALJA, Alen. Prepoznavanje glasbenih zvrsti z analizo zvočnih zapisov skladb in orodji strojnega učenja : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Balja], 2006. 58 f., ilustr. [COBISS.SI-ID 5667668]

212. ŽNIDARŠIČ, Martin, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. proDEX - a DSS tool for environmental decision-making. Environmental Modelling & Software. [Print ed.]. 2006, vol. 21, no. 10, str. 1514-1516. ISSN 1364-8152. [COBISS.SI-ID 20073767]

213. CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Rule-based clustering for gene regulation pattern discovery. V: IDAMAP 2006 : Intelligent Data Analysis in Biomedicine and Pharmacology, August 25-26, 2006, Department of Computer Science, University of Verona, Italy. [S. l.: s. n.], 2006. Str. 45-50, ilustr. [COBISS.SI-ID 5469780]

214. JANEŽ, Miha. Semantični pregledovalnik dokumentov : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Janež], 2006. 44 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5262164]

215. BRATKO, Andrej, CORMACK, Gordon V., FILIPIČ, Bogdan, LYNAM, Thomas R., ZUPAN, Blaž. Spam filtering using statistical data compression models. Journal of machine learning research. [Print ed.]. 2006, vol. 7, str. 2673-2698. ISSN 1532-4435. http://jmlr.csail.mit.edu/papers/volume7/bratko06a/bratko06a.pdf. [COBISS.SI-ID 20405287]

216. VESEL, Jan. Standard RSS, izdelava vira RSS in spletni prikaz RSS novic : diplomsko delo. Ljubljana: [J. Vesel], 2006. 32 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5263956]

217. MATTIAZZI, Mojca, PETROVIČ, Uroš, CURK, Tomaž, JAMBHEKAR, Ashwini, DERISI, Joseph L., ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor. Synthetic genetic array analysis a technique for functional genome profiling. V: KOS, Janko (ur.), CIMERMAN, Nina (ur.), DROBNIČ-KOŠOROK, Marinka (ur.). 6th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation, Lipica, September 21-25, 2005. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society, 2005. Str. 162. ISBN 961-91651-0-1. [COBISS.SI-ID 19849767]

218. BRATKO, Andrej, FILIPIČ, Bogdan, ZUPAN, Blaž. Towards practical PPM spam filtering : experiments for the TR TREC 2006 spam track. V: TREC 2006, 15th REtrieval Conference ; proceedings : November 14-17,2006, Gaithersbug, Mariland. [S. l.: s. n.], 2006. 7 str. NIST special publication, 500-272. [COBISS.SI-ID 21360935]

219. MARINKO, Andrej. Umestitev in vpliv sodobnega informacijskega oddelka v združbi : diplomska naloga. Ljubljana: [A. Marinko], 2006. 64 str., [7] f. pril., ilustr. [COBISS.SI-ID 5508692]

220. LEBAN, Gregor, ZUPAN, Blaž, VIDMAR, Gaj, BRATKO, Ivan. VizRank : data visualization guided by machine learning. Data mining and knowledge discovery. 2006, vol. 13, no. 2, str. [119]-136, ilustr. ISSN 1384-5810. http://eprints.fri.uni-lj.si/210/. [COBISS.SI-ID 5427284]

221. CIGOJ, Simon. Zasnova in implementacija spletnega informacijskega sistema za projektno vodenje : diplomska naloga. [Ljubljana: S. Cigoj, 2006]. 62 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5264212]

222. CURK, Tomaž. Computational approaches for gene network discovery : doctoral dissertation. Ljubljana: [T. Curk], 2007. VI, 137 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/703/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 6209876]

223. ZUPAN, Blaž, BRATKO, Ivan, DEMŠAR, Janez, JUVAN, Peter, KUSPA, Adam, HALTER, John A., SHAULSKY, Gad. Discovery of genetic networks through abduction and qualitative simulation. V: DŽEROSKI, Sašo (ur.), TODOROVSKI, Ljupčo (ur.). Computational discovery of scientific knowledge : introduction, techniques, and applications in environmental and life sciences. Berlin; Heidelberg: Springer, 2007. Vol. 4660, str. 228-247, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artifical intelligence, 4660, State-of-the-art-survey. ISBN 978-3-540-73919-7, ISBN 3-540-73919-X. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 6255700]

224. MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, KOKOŠAR, Janez, KAFERLE, Petra, JAMBHEKAR, Ashwini, KRIŽAJ, Igor, DERISI, Joseph L., ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. DNA mikromreže: mikroskop molekularne biologije. V: DEBELJAK, Nataša (ur.), ŠPANINGER, Klemen (ur.). Znanstveni seminar Raziskave na področju bio-čipov v Sloveniji, 30. maj 2007, Ljubljana : 2. obletnica Centra za funkcijsko genomiko in bio-čipe. Ljubljana: Slovensko biokemijsko društvo, 2007. Str. 58. ISBN 978-961-91651-1-9. [COBISS.SI-ID 22752473]

225. DEMŠAR, Janez, LEBAN, Gregor, ZUPAN, Blaž. FreeViz-An intelligent multivariate visualization approach to explorative analysis of biomedical data. Journal of biomedical informatics. [Print ed.]. 2007, vol. 40, no. 6, str. 661-671, ilustr. ISSN 1532-0464. [COBISS.SI-ID 6188116]

226. JUVAN, Peter, ZUPAN, Blaž. Gene regulatory networks of cytochromes P450. V: SELIŠKAR, Matej (ur.), ROZMAN, Damjana (ur.). Biochemistry, biophysics, functional genomics : book of abstracts. 15th International Conference on Cytochromes P450, Bled, Slovenia, June 17th-21st, 2007. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2007. Str. 9. ISBN 978-961-6264-89-1. [COBISS.SI-ID 23024857]

227. MATTIAZZI, Mojca, KOKOŠAR, Janez, REJA MOZETIČ, Katjuša, CURK, Tomaž, DERISI, Joseph L., ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor, PETROVIČ, Uroš. High-throughput genetics methods to decipher biological pathways in yeast cells. V: POKLAR ULRIH, Nataša (ur.), ABRAM, Veronika (ur.), CIGIĆ, Blaž (ur.). Zbornik povzetkov = Book of abstracts. 7. srečanje Slovenskega biokemijskega društva z mednarodno udeležbo, 26.-29. september 2007 = 7th Meeting of the Slovenian Biochemical Society with International Participation, Maribor, September 26th to 29th, 2007. Ljubljana: Slovensko biokemijsko društvo: = Slovenian Biochemical Society, 2007. Str. 77. ISBN 978-961-91651-3-3. [COBISS.SI-ID 21114663]

228. JURŠIČ, Matjaž. Implementacija učinkovitega sistema za gradnjo, uporabo in evaluacijo lematizatorjev tipa RDR : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Juršič], 2007. X, 85 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5965908]

229. JURŠIČ, Matjaž. Implementacija učinkovitega sistema za gradnjo, uporabo in evalvacijo lematizatorjev tipa RDR : delo je prirpravljeno v skladu s Pravilnikom o podeljevanju Prešernovih nagrad študentom, pod mentorstvom prof. dr. Blaža Zupana in somentorstvom prof. dr. Nade Lavrač. Ljubljana: [M. Juršič], 2007. VIII, 83 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3711/. [COBISS.SI-ID 6234964]
nagrada: Univerzitetna Prešernova nagrada

230. ŽNIDARŠIČ, Martin, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. Modelling impacts of cropping systems: demands and solutions for DEX methodology. European journal of operational research. [Print ed.]. 2008, vol. 189, no. 3, str. 594-608. ISSN 0377-2217. DOI: 10.1016/j.ejor.2006.09.093. [COBISS.SI-ID 21318439]

231. TOPLAK, Marko. Odkrivanje interakcij z naključnimi gozdovi : diplomska naloga. Ljubljana: [M. Toplak], 2007. X, 35 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6114132]

232. MRAMOR, Minca, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Odkrivanje zakonitosti v podatkih o raku, pridobljenih z DNA-mikromrežami. V: DEBELJAK, Nataša (ur.), ŠPANINGER, Klemen (ur.). Znanstveni seminar Raziskave na področju bio-čipov v Sloveniji, 30. maj 2007, Ljubljana : 2. obletnica Centra za funkcijsko genomiko in bio-čipe. Ljubljana: Slovensko biokemijsko društvo, 2007. Str. 65. ISBN 978-961-91651-1-9. [COBISS.SI-ID 22753497]

233. ŽUČKO, Jurica, ŠKUNCA, Nives, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, LONG, Paul F., CULLUM, John, KESSIN, Richard H., HRANUELI, Daslav. Polyketide synthase genes and the natural products potential of dictyostelium discoideum. Bioinformatics. [Print ed.]. 2007, vol. 23, no. 19, str. 2543-2549, ilustr. ISSN 1367-4803. [COBISS.SI-ID 6155348]

234. AOKI, Noriaki, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž, MOŽINA, Martin, PRETTO, Ernesto A., ODA, Jun, TANAKA, Hiroshi, SUGIMOTO, Katsuhiko, YOSHIOKA, Toshiharu, FUKUI, Tsuguya. Predictive model for estimating risk of crush syndrome : a data mining approach. The Journal of trauma. Apr. 2007, vol. 62, no. 4, str. 940-945, ilustr. ISSN 0022-5282. [COBISS.SI-ID 5925972]

235. JESENŠEK, Rok. Pristopi strojnega učenja za identifikacijo prebeglih uporabnikov iz podatkov o uporabi storitev : diplomsko delo. Ljubljana: [R. Jesenšek], 2007. 32 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6230868]

236. ŽNIDARŠIČ, Martin, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. proDEX : software for qualitative decision modelling with uncertainty. V: SIGMEA workshop 2007 : 16-19 April, NIAB, Cambridge, UK. [S. l.: s. n.], 2007. [COBISS.SI-ID 20732199]

237. KRIVEC, Aleš. Razpoznavanje projektnih podobnostnih mrež iz podatkov iz spletnega repozitorija odprtokodnih projektov : diplomska naloga. Ljubljana: [A. Krivec], 2007. 39 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6231892]

238. TOMC, Jure. Razpoznavanje socialnih mrež iz časopisnih člankov : diplomsko delo. Ljubljana: [J. Tomc], 2007. 47 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5875284]

239. VEČKO, Marko. Razvoj aplikacije za upravljanje, indeksiranje in preiskovanje zbirke tekstovnih dokumentov : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Večko], 2007. V, 39 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 5965396]

240. ŽNIDARŠIČ, Martin. Revizija verjetnostnih večparametrskih hierarhičnih modelov : doktorska disertacija. Ljubljana: [M. Žnidaršič], 2007. V, 115 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/704/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 6129236]

241. BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Towards knowledge-based gene expression data mining. Journal of biomedical informatics. [Print ed.]. 2007, vol. 40, no. 6, str. 787-802. ISSN 1532-0464. [COBISS.SI-ID 6188372]

242. MRAMOR, Minca, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Visualization-based cancer microarray data calssification analysis. Bioinformatics. [Print ed.]. 2007, vol. 23, no. 16, str. 2147-2154, ilustr. ISSN 1367-4803. http://eprints.fri.uni-lj.si/892/. [COBISS.SI-ID 6087252]

243. LEBAN, Gregor. Vizualizacija podatkov s strojnim učenjem : doktorska disertacija. Ljubljana: [G. Leban], 2007. 133 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/706/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 6128212]

244. ŽNIDARŠIČ, Martin, BOHANEC, Marko, ZUPAN, Blaž. Data-driven revision of decision models. V: WANG, John (ur.). Encyclopedia of data warehousing and mining. Volume II. 2nd ed. Hershey; New York: Information Science Reference, 2008. Str. 617-623. ISBN 978-160566-010-3, ISBN 1-60566-010-8, ISBN 978-1-60566-011-0, ISBN 1-60566-011-6. [COBISS.SI-ID 21958183]

245. ROT, Gregor, CURK, Tomaž, PARIKH, Anup, SHAULSKY, Gad, ERJAVEC, Aleš, ZUPAN, Blaž. DictyExpress : an interaction-rich web interface to gene expressions of Dictyostelium discoideum. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 3rd CFGBC Symposium, Ljubljana, June 19, 2008. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2008. Str. 43, ilustr. ISBN 978-961-6264-98-3. [COBISS.SI-ID 7225172]

246. LEBAN, Gregor, MRAMOR, Minca, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, BRATKO, Ivan. Finding patterns in class-labeled data using data visualization. V: PONCELET, Pascal (ur.), TEISSEIRE, Maguelonne (ur.), MASSEGLIA, Florent (ur.). Data mining patterns : new methods and applications. Hershey; New York: Information Science Reference, cop. 2008. Str. 106-123, ilustr. ISBN 978-1-59904-162-9, ISBN 1-59904-162-6, ISBN 978-1-59904-164-3, ISBN 1-59904-164-2. [COBISS.SI-ID 6117972]

247. MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, KAFERLE, Petra, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Genetic and gene expression interactions for inference of biological pathways in yeast Saccharomyces cerevisiae. V: Abstract book. ICSB2008, The 9th International Conference on Systems Biology, Göteborg, Sweden, 23-27 August 2008. [S. l.: s. n.], 2008. Str. 104. [COBISS.SI-ID 21940775]

248. MATTIAZZI, Mojca, KAFERLE, Petra, JAMBHEKAR, Ashwini, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, KRIŽAJ, Igor, PETROVIČ, Uroš. High-throughput genetic methods to decipher specific biological pathways in yeast cells : presented at ESF-UB Conference in Biomedicine Systems Biology, 12-17 April 2008, Sant Deliu de Guixois, Spain. 2008. [COBISS.SI-ID 21721383]

249. PETROVIČ, Uroš, CURK, Tomaž, MATTIAZZI, Mojca, ZUPAN, Blaž. Inference of the molecular mechanism of action from genetic interaction and gene expression data. V: Conference proceedings and program. 16th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, Toronto ISMB 2008, 19-23 July, Toronto, Canada. [S. l.]: International Society for Computational Biology, 208. [COBISS.SI-ID 21943079]

250. CURK, Tomaž, MRAMOR, Minca, DEMŠAR, Janez, UMEK, Lan, TOPLAK, Marko, ERJAVEC, Aleš, ROT, Gregor, LEBAN, Gregor, ZUPAN, Blaž. Integrative and interactive data mining approaches to bioinformatics and systems biology. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 3rd CFGBC Symposium, Ljubljana, June 19, 2008. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2008. Str. 16, ilustr. ISBN 978-961-6264-98-3. [COBISS.SI-ID 7244628]

251. ZLATNAR, Peter. Možnosti prenove spletnega sistema FRI s tehnologijo Ruby on Rails = [Study of reimplementation of FRI web pages using Ruby on Rails] : diplomska naloga. Ljubljana: [P. Zlatnar], 2008. XII, 55 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/265/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 6709844]

252. HORVAT, Simon, JAKOPIČ, Ana, SIMONČIČ, Matjaž, SALOBIR, Janez, ZUPAN, Blaž, ROZMAN, Damjana. Nutrigenomic analysis in the polygenic mouse model obesity. V: Food production, nutrition, healthy consumers : delegate manual. First European Food Congress, 4-9 November 2008, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: [s. n.], 2008. Str. wsi1.6. [COBISS.SI-ID 2392200]

253. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez. Open-source tools for data mining. Clinics in laboratory medicine. 2008, vol. 28, no. 1, str. 37-54, ilustr. ISSN 0272-2712. http://eprints.fri.uni-lj.si/893/. [COBISS.SI-ID 6280532]

254. BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Predictive data mining in clinical medicine : current issues and guidelines. International journal of medical informatics. [Print ed.]. 2008, vol. 77, no. 2, str. 81-97, ilustr. ISSN 1386-5056. [COBISS.SI-ID 6280788]

255. ŽAGAR, Lan. Predstavitev podatkov in odkrivanje znanj s tehniko večnivojskih mrež = [Data representation and mining using multi-layered networks] : diplomsko delo. Ljubljana: [L. Žagar], 2008. VII, 49 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/247/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 6751060]

256. ROT, Gregor. Razvoj interaktivne spletne aplikacije za prikaz in bioinformatično analizo podatkov o genskih izrazih = Development of interactive web-based application for display and bioinformatic analysis of gene expression data : diplomska naloga. Ljubljana: [G. Rot], 2008. VII, 35 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6510932]

257. POLC, Žiga. Razvoj sistema za upravljanje in urejanje osnovnih sredstev : diplomsko delo. Ljubljana: [Ž. Polc], 2008. VI, 40 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6392404]

258. CANKAR, Matija. Strojno učenje za sklepanje o toksičnosti učinkovin iz podatkov o njihovi kemijski strukturi : diplomska naloga. Ljubljana: [M. Cankar], 2008. XI, 51 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 6388564]

259. UMEK, Lan, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. Subgroup discovery in data sets with two sets of variables using a combination of clustering and classification techniques. V: LUSA, Lara (ur.), STARE, Janez (ur.). Program and abstracts. International Conference Applied Statistics 2008, September 21-24, 2008, Ribno. Ljubljana: Statistical Society of Slovenia, 2008. Str. 50. ISBN 978-961-92487-0-6. [COBISS.SI-ID 7226196]

260. MATTIAZZI, Mojca, ŠKERGET, Katja, KAFERLE, Petra, KOKOŠAR, Janez, PRELEC, Metod, JEREB, Matej, CURK, Tomaž, KRIŽAJ, Igor, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Towards understanding lipid-associated disorders and neurodegenerative diseases throygh functional genomics in yeast Saccharomyces cerevisiae. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 3rd CFGBC Symposium, Ljubljana, June 19, 2008. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2008. Str. 14. ISBN 978-961-6264-98-3. [COBISS.SI-ID 21854759]

261. MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Uporaba skupin genov pri analizi podatkov o izraženosti genov pri raku = Utility of gene-sets in the analysis of cancer gene expression data. Informatica medica slovenica. 2008, letn. 13, št. 2, str. 1-10, ilustr. ISSN 1318-2129. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 6871892]

262. BRESKVAR ŽAUCER, Lidija, ZUPAN, Blaž, GOLOBIČ, Mojca. Analiza preferenčnih kart z metodami odkrivanja znanja iz podatkov = Analysis of preference maps using data mining methods. Geodetski vestnik : glasilo Zveze geodetov Slovenije. [Tiskana izd.]. 2009, letn. 53, št. 1, str. 36-69. ISSN 0351-0271. http://www.geodetski-vestnik.com, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 5891961]

263. SIMONČIČ, Matjaž, JAKOPIČ, Ana, SALOBIR, Janez, MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, REŽEN, Tadeja, ROZMAN, Damjana, HORVAT, Simon. Beneficial obesity-resistant effect of water soluble Coenzyme Q10 in the polygenic mouse model of obesity. V: JAZBEC KRIŽMAN, Petra (ur.), ŠMIDOVNIK, Andrej (ur.), PROŠEK, Mirko (ur.). [Book of abstracts]. Mini conference on CoQ10 applications in food, human and veterinary medicine, October 16 - 18, 2009, Ljubljana. Ljubljana: National Institute on Chemistry, 2009. Str. 24-29, l4. ISBN 978-961-6104-14-2. [COBISS.SI-ID 2521224]

264. ŠTAJDOHAR, Miha, MRAMOR, Minca, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez. Cancer microarray data mining by concurrent visualization of gene networks and pathways. V: 3rd FEBS Advanced Lecture Course on Systems Biology, Alpbach, Austria, EU, March 7-13, 2009 : from molecules to function : [course book : program and abstracts]. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 175. [COBISS.SI-ID 7230292]

265. FRANCO-DUARTE, Ricardo, UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, SCHULLER, Dorit. Computational approaches for the genetic and phenotypic characterization of a Saccharomyces cerevisiae wine yeast collection. Yeast. 2009, vol. 26, no. 12, str. 675-692, ilustr. ISSN 0749-503X. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/yea.1728/abstract, http://eprints.fri.uni-lj.si/990/. [COBISS.SI-ID 7367764]

266. ŽAGAR, Lan, ŠTAJDOHAR, Miha, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Data representation and mining using multi-layer networks. V: SACCHI, Lucia (ur.), CURK, Tomaž (ur.). Intelligent data analysis in biomedicine and pharmacology : workshop notes : AIME 2009, Verona, Italy, July 19, 2009. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 29-30, ilustr. [COBISS.SI-ID 7258708]

267. FEY, Petra, GAUDET, Pascale, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, JUST, Eric M., SIDDHARTHA, Basu, MERCHANT, Sohel N., BUSHMANOVA, Yulia A., SHAULSKY, Gad, KIBBE, Warren A., CHISHOLM, Rex L. DictyBase - a Dictyostelium bioinformatics resource update. Nucleic acids research. Jan. 2009, vol. 37, str. 515-519, ilustr. ISSN 0305-1048. http://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/full/37/suppl_1/D515, http://eprints.fri.uni-lj.si/1481/. [COBISS.SI-ID 6916180]

268. ROT, Gregor, PARIKH, Anup, CURK, Tomaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. DictyExpress : an explorative web-based interface to Dictyostelium discoideum gene expression database. V: SACCHI, Lucia (ur.), CURK, Tomaž (ur.). Intelligent data analysis in biomedicine and pharmacology : workshop notes : AIME 2009, Verona, Italy, July 19, 2009. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 15, ilustr. [COBISS.SI-ID 7221588]

269. ROT, Gregor, PARIKH, Anup, CURK, Tomaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. DictyExpress : a dictyostelium discoideum gene expression database with an explorative data analysis web-based interface. BMC bioinformatics. Aug. 2009, vol. 10, str. 1-18. ISSN 1471-2105. http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-10-265.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/899/. [COBISS.SI-ID 7219028]

270. TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery?. V: SACCHI, Lucia (ur.), CURK, Tomaž (ur.). Intelligent data analysis in biomedicine and pharmacology : workshop notes : AIME 2009, Verona, Italy, July 19, 2009. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 3-8, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 7221076]

271. TOLLERVEY, James R., ROGELJ, Boris, ŽUPUNSKI, Vera, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, SHAW, Christopher E., ULE, Jernej. The evolution of functional interactions between TDP-43 and pre-mRNAs. V: GOLIČNIK, Marko (ur.), BAVEC, Aljoša (ur.). Book of abstracts. Joint Congress of the Slovenian Biochemical Society and the Genetic Society of Slovenia with International Participation, Otočec, September 20-23, 2009. Ljubljana: Slovenian Biochemical Society: Genetic Society of Slovenia, 2009. Str. 75. ISBN 978-961-91651-5-7. [COBISS.SI-ID 22962983]

272. MATTIAZZI, Mojca, KAFERLE, Petra, KOKOŠAR, Janez, PRELEC, Metod, JEREB, Matej, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Functional genomics for lipid-associated disordes : towards the reconstitution of membrane- and zinc-dependent signalling network. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 43. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 22875175]

273. PETROVIČ, Uroš, CURK, Tomaž, BOONE, Charles, ZUPAN, Blaž. Identification of biologically relevant chemical-genetic subprofiles. Yeast. 2009, vol. 26, suppl. 1, str. 50. ISSN 0749-503X. [COBISS.SI-ID 22874663]

274. HAFNER, Mateja, REŽEN, Tadeja, CONTRERAS, Juan Antonio, MONOSTORY, Katalin, PASCUSSI, Jean-Marc, JUVAN, Peter, TOPLAK, Marko, ZUPAN, Blaž, ROZMAN, Damjana. Microarray analysis of statin-treated human primary hepatocytes. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 51. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7223124]

275. ŽAGAR, Lan, ŠTAJDOHAR, Miha, DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Multi-layer networks for visualization of diverse systems biology data and knowledge sets. V: 3rd FEBS Advanced Lecture Course on Systems Biology, Alpbach, Austria, EU, March 7-13, 2009 : from molecules to function : [course book : program and abstracts]. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 133. [COBISS.SI-ID 7257940]

276. ŽAGAR, Lan, ŠTAJDOHAR, Miha, CURK, Tomaž, SHAULSKY, Gad, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Multi-layer networks for visualization of diverse systems biology data and knowledge sets. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 67, ilustr. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7271252]

277. ŠTAJDOHAR, Miha, MRAMOR, Minca, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez. Network components layout optimization - perceptive visualization of cancer genes and pathways. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 65, ilustr. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7223636]

278. MULAS, Francesca, CURK, Tomaž, BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. On quality of different annotation sources for gene expression analysis. V: COMBI, Carlo (ur.), SHAHAR, Yuval (ur.), ABU-HANNA, Ameen (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. Berlin; Heidelberg; New York: Springer, cop. 2009. Str. 421-425, graf. prikazi. Lecture notes in computer science, 5651, Lecture notes in artifical intelligence. ISBN 978-3-642-02975-2, ISBN 3-642-02975-2. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 7218516]

279. MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, LEBAN, Gregor, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. On utility of gene set signatures in gene expression-based cancer class prediction. V: DŽEROSKI, Sašo (ur.), GEURTS, Pierre (ur.), ROUSU, Juho (ur.). Machine learning in systems biology : proceedings of the Third International Workshop, September 5-6, 2009, Ljubljana, Slovenia. Helsinki: Department of Computer Science, University, 2009. Str. 65-73, ilustr. Julkaisusarja - Helsingin yliopisto. Tietojenkäsittelytieteen laitos, report B-2009-1. ISBN 978-952-10-5699-4. ISSN 1458-4786. [COBISS.SI-ID 7257172]

280. TOPLAK, Marko, ERJAVEC, Aleš, ROT, Gregor, MRAMOR, Minca, ŠTAJDOHAR, Miha, UMEK, Lan, ŽAGAR, Lan, MILUTINOVIĆ, Mitar, GORUP, Črtomir, LEBAN, Gregor, DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Orange bioinformatics : towards integrative knowledge-based biomedical data analysis. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 46, ilustr. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7224660]

281. BENABENTOS, Rocio, HIROSE, Shigenori, SUCGANG, Richard, CURK, Tomaž, KATOH, Mariko, OSTROWSKI, Elizabeth A., STRASSMANN, Joan E., QUELLER, David C., ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad, KUSPA, Adam. Polymorphic members of the lag gene family mediate kin discrimination in dictyostelium. Current biology. [Print ed.]. 2009, vol. 19, no. 7, str. 567-572, ilustr. ISSN 0960-9822. http://eprints.fri.uni-lj.si/992/. [COBISS.SI-ID 7027796]

282. MOČNIK, Peter. Programski sistem za izdelavo odločb o letni odmeri dopusta = [A software system for the calculation of employee's annual leave] : diplomsko delo. Ljubljana: [P. Močnik], 2009. 53 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/975/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 7463252]

283. GORUP, Črtomir. Računske tehnike napovedovanja vpliva učinkovin na fenotip modelnih organizmov = [Computational techniques for prediction of effects of small molecules on model organisms] : diplomska naloga. Ljubljana: [Č. Gorup], 2009. 52 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/910/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 7290196]

284. AEBERSOLD, Ruedi, ČUFER, Tanja, HACE, Nataša, SELJAK, Marija, ZUPAN, Blaž, et al. Report on EU-USA Workshop : How Systems Biology Can Advance Cancer Research (27 October 2008). Molecular oncology. 2009, vol. 3, no. 1, str. 9-17, ilustr. ISSN 1574-7891. DOI: 10.1016/j.molonc.2008.11.003. [COBISS.SI-ID 7025236]

285. CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Rule-based clustering for gene promoter structure discovery. Methods of information in medicine. 2009, vol. 48, no. 3, str. 229-235. ISSN 0026-1270. http://eprints.fri.uni-lj.si/897/. [COBISS.SI-ID 22605095]

286. TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Search heuristics for SNP-SNP interaction discovery. V: 3rd FEBS Advanced Lecture Course on Systems Biology, Alpbach, Austria, EU, March 7-13, 2009 : from molecules to function : [course book : program and abstracts]. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 177. [COBISS.SI-ID 7225684]

287. ROT, Gregor, JUVAN, Peter, MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, REŽEN, Tadeja, CURK, Tomaž, ROZMAN, Damjana, ZUPAN, Blaž. Steroltalk express : a web-based explorative microarray data analysis application. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 64, ilustr. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7222100]

288. UMEK, Lan, KAFERLE, Petra, MATTIAZZI, Mojca, ERJAVEC, Aleš, GORUP, Črtomir, CURK, Tomaž, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. A subgroup discovery approach for relating chemical structure and phenotype data in chemical genomics. V: DŽEROSKI, Sašo (ur.), GEURTS, Pierre (ur.), ROUSU, Juho (ur.). Machine learning in systems biology : proceedings of the Third International Workshop, September 5-6, 2009, Ljubljana, Slovenia. Helsinki: Department of Computer Science, University, 2009. Str. 125-132, ilustr. Julkaisusarja - Helsingin yliopisto. Tietojenkäsittelytieteen laitos, report B-2009-1. ISBN 978-952-10-5699-4. ISSN 1458-4786. [COBISS.SI-ID 7256404]

289. UMEK, Lan, MATTIAZZI, Mojca, KAFERLE, Petra, PETROVIČ, Uroš, ZUPAN, Blaž. Subgroup discovery approaches for analysis and knowledge discovery in chemical genomics. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 66. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7223892]

290. UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, TOPLAK, Marko, MORIN, Annie, CHAUCHAT, Jean-Hugues, MAKOVEC, Gregor, SMRKE, Dragica. Subgroup discovery in data sets with multi-dimensional responses : a method and a case study in traumatology. V: COMBI, Carlo (ur.), SHAHAR, Yuval (ur.), ABU-HANNA, Ameen (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. Berlin; Heidelberg; New York: Springer, cop. 2009. Str. 265-274. Lecture notes in computer science, 5651, Lecture notes in artifical intelligence. ISBN 978-3-642-02975-2, ISBN 3-642-02975-2. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 7218772]

291. PETROVIĆ, Saša, DALBELO BAŠIĆ, Bojana, MORIN, Annie, ZUPAN, Blaž, CHAUCHAT, Jean-Hugues. Textual features for corpus visualization using correspondence analysis. Intelligent data analysis. [Print ed.]. 2009, vol. 13, no. 5, str. 795-813, graf. prikazi. ISSN 1088-467X. [COBISS.SI-ID 7350868]

292. MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. The utility of gene sets for the analysis of cancer gene expression data. V: 3rd FEBS Advanced Lecture Course on Systems Biology, Alpbach, Austria, EU, March 7-13, 2009 : from molecules to function : [course book : program and abstracts]. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 96. [COBISS.SI-ID 7225940]

293. ŠTAJDOHAR, Miha, MRAMOR, Minca, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez. Visualization of fragmented networks. V: SACCHI, Lucia (ur.), CURK, Tomaž (ur.). Intelligent data analysis in biomedicine and pharmacology : workshop notes : AIME 2009, Verona, Italy, July 19, 2009. [S. l.: s. n.], 2009. Str. 17-22, ilustr. [COBISS.SI-ID 7221332]

294. SIMONČIČ, Matjaž, JAKOPIČ, Ana, SALOBIR, Janez, MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, REŽEN, Tadeja, ROZMAN, Damjana, HORVAT, Simon. Water soluble coenzyme Q10 exhibited obesity-resistant effect in polygenic mouse model of obesity. V: NuGOweek 2009. [S.l.]: European Nutrigenomics Organisation, [2009?]. Str. 123. [COBISS.SI-ID 2495112]

295. SIMONČIČ, Matjaž, JAKOPIČ, Ana, SALOBIR, Janez, MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marko, UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, REŽEN, Tadeja, ROZMAN, Damjana, HORVAT, Simon. Water soluble CoQ10 alters gene expression in liver and ameliorates metabolic syndrome in polygenic mouse model of obesity. V: BAVEC, Aljoša (ur.). From arrays to understanding diseases. 4th CFGBC Symposium, June 17, 2009, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2009. Str. 40. ISBN 978-961-267-012-2. [COBISS.SI-ID 7222868]

296. TOLLERVEY, James R., CURK, Tomaž, ROT, Gregor, ZUPAN, Blaž, ROGELJ, Boris, SHAW, Christopher, ULE, Jernej. Alternative splicing of TDP-43-target exons in neurodegeneration. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 40. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 26002215]

297. SMRKE, Dragica, BIŠĆEVIĆ, Mirza, REJEC SMRKE, Barbara Urška, ZUPAN, Blaž. Biomechanical and clinical alterations of the hip joint following femoral neck fracture and implantation of bipolar hip endoprosthesis. Collegium antropologicum. 2010, letn. 34, št. 3, str. 931-935. ISSN 0350-6134. http://eprints.fri.uni-lj.si/1479/. [COBISS.SI-ID 27472345]

298. ROZMAN, Damjana, ZUPAN, Blaž, BELIČ, Aleš, HORVAT, Simon. Cholesterol regulatory networks in the development of fatty liver. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 14. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 27098329]

299. PARIKH, Anup, MIRANDA, Edward Roshan, KATOH-KURASAWA, Mariko, FULLER, Danny, ROT, Gregor, ŽAGAR, Lan, CURK, Tomaž, SUCGANG, Richard, CHEN, Rui, ZUPAN, Blaž, LOOMIS, William F., KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. Conserved developmental transcriptomes in evolutionarily divergent species. Genome biology. [Online ed.]. 2010, vol. 11, no. 3, str. 3-12, ilustr. ISSN 1474-760X. http://genomebiology.com/2010/11/3/R35, http://eprints.fri.uni-lj.si/1057/. [COBISS.SI-ID 7648084]

300. GORUP, Črtomir, OGOREVC, Jernej, KUNEJ, Tanja, ČEH, Eva, ZUPAN, Blaž, DOVČ, Peter. DairyVis: web-based application for visualization of cattle candidate genes and genetic markers for milk production and mastitis. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 45. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 27102425]

301. ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, PETROVIČ, Uroš, ROZMAN, Damjana, JUVAN, Peter, REŽEN, Tadeja. Data and knowledge integration methods for network systems biology. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 18. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 27097049]

302. SOLINA, Franc (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). [Digitalni svetovi] : oddaja Sadovi znanja. Ljubljana: TV Pika, 23. 4. 2010. http://poptv.si/multimedia/sadovi-znanja-23-04-2010.html. [COBISS.SI-ID 7688532]

303. TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Does replication groups scoring reduce false positive rate in SNP interaction discovery?. BMC genomics. Jan. 2010, vol. 11, str. 1-6, graf. prikazi. ISSN 1471-2164. http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2164-11-58.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/1016/. [COBISS.SI-ID 7553364]

304. ROZMAN, Damjana, ZUPAN, Blaž, BELIČ, Aleš. FightingDrugFailure. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 13. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 27093465]

305. BRESKVAR ŽAUCER, Lidija, ZUPAN, Blaž, GOLOBIČ, Mojca. Formal interpretation of preference maps: a data mining approach. V: BUHMANN, Erich (ur.). Peer reviewed proceedings of Digital landscape architecture 2010 : at Anhalt University of Applied Sciences : [contributions of the tenth conference DLA 2009 held in May 2009 in Valletta, Malta and contributions from the eleventh conference held from 26 to 30 May, 2010 at the site of the State Garden Show 2010 in Aschersleben]. Berlin: Wichmann, 2010. Str. [87]-98. ISBN 978-3-87907-491-4. [COBISS.SI-ID 6352249]

306. ŠTAJDOHAR, Miha, MRAMOR, Minca, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez. FragViz : visualization of fragmented networks. BMC bioinformatics. 2010, vol. 11, str. 1-14, ilustr. ISSN 1471-2105. http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-475.pdf. [COBISS.SI-ID 7964756]

307. MRAMOR, Minca. Gradnja napovednih modelov in odkrivanje znanja iz podatkov DNA mikromrež : [doktorska disertacija]. [Ljubljana: M. Mramor], 2010. XIV, 175 str., ilustr., tabele. [COBISS.SI-ID 250775808]

308. WANG, Zhen, KAYIKCI, Melis, BRIESE, Michael, ZARNACK, Kathi, LUSCOMBE, Nicholas M., ROT, Gregor, ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, ULE, Jernej. ICLIP predicts the dual splicing effects of TIA-RNA interactions. PLoS biology. 2010, vol. 8, no. 10, str. 1-16, graf. prikazi. ISSN 1544-9173. http://www.plosbiology.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pbio.1000530, http://eprints.fri.uni-lj.si/1259/. [COBISS.SI-ID 8022356]

309. KÖNIG, Julian, ZARNACK, Kathi, ROT, Gregor, CURK, Tomaž, KAYIKCI, Melis, ZUPAN, Blaž, TURNER, Daniel J., LUSCOMBE, Nicholas M., ULE, Jernej. ICLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. Nature structural & molecular biology. Jul. 2010, vol. 17, no. 7, str. 909-916, ilustr. ISSN 1545-9993. http://www.nature.com/nsmb/journal/v17/n7/full/nsmb.1838.html. [COBISS.SI-ID 7800916]

310. ROT, Gregor, KÖNIG, Julian, GORUP, Črtomir, ZUPAN, Blaž, ULE, Jernej, CURK, Tomaž. ICount - comprehensive analysis of iCLIP data. V: ECCB10 : proceedings. [S. l.: s. n.], 2010. Str. 6. http://www.eccb10.org/documents/late_breaking_final_version.pdf. [COBISS.SI-ID 7925076]

311. MATTIAZZI, Mojca, CURK, Tomaž, KRIŽAJ, Igor, ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Inference of the molecular mechanism of action from genetic interaction and gene expression data. Omics : a journal of integrative biology. 2010, vol. 14, no. 4, 1str. 357-367. ISSN 1536-2310. DOI: 10.1089/omi.2009.0144. [COBISS.SI-ID 23789607]

312. ZUPAN, Blaž, ROT, Gregor, CURK, Tomaž. Interaktivne spletne aplikacije v biomedicini : primer dictyExpress-a = Interactive web applications in biomedicine : the dictyExpress case study. Informatica medica slovenica. 2010, letn. 15, št. 1, str. 10-17, ilustr. ISSN 1318-2129. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 7890004]

313. ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, LEBAN, Gregor, PETROVIČ, Uroš. Knowledge technology approaches in drug discovery: analysis and experiment planning in high-throughput genetics. V: JUVAN, Peter (ur.). From arrays to understanding diseases. 5th CFGBC Symposium, June 16th, 2010, Ljubljana, Slovenia. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2010. Str. 19. ISBN 978-961-267-023-8. [COBISS.SI-ID 27095001]

314. KUNEJ, Tanja, OGOREVC, Jernej, GORUP, Črtomir, ČEH, Eva, ZUPAN, Blaž, DOVČ, Peter. Komparative Genomik bei Haustieren als bioinformatischer Ansatz. V: BREM, Gottfried (ur.). Das "gläserne" Tier : Ein- und Ausblicke in Genome und Gene von Haustieren : Vorträge und Poster-Abstracts. Wien: Veterinärmedizinische Universität, [2010?]. Str. 7. [COBISS.SI-ID 2598792]

315. ŠMITRAN, Dušan. Napovedovanje branosti spletnih novic s tehniko podpornih vektorjev = [Prediction of popularity of news in web magazines using support vector machines] : diplomsko delo. Ljubljana: [D. Šmitran], 2010. 40 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1052/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 7698260]

316. PARIKH, Anup, HUANG, Eryong, DINH, Christopher, ZUPAN, Blaž, KUSPA, Adam, SUBRAMANIAN, Devika, SHAULSKY, Gad. New components of the Dictyostelium PKA pathway revealed by Bayesian analysis of expression data. BMC bioinformatics. 2010, vol. 11, str. 1-10, ilustr. ISSN 1471-2105. http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-11-163.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/1480/. [COBISS.SI-ID 7688788]

317. MLAKAR, Miha. Primerjava točnosti diagnostičnih modelov raka zgrajenih s strojnim učenjem iz podatkov o genskih izrazih = [Accuracy of cancer diagnosis models inferred by machine learning from gene expression data sets] : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Mlakar], 2010. 39 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/1074/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 7684948]

318. STARIČ, Anže. Pristopi strojnega učenja za tekmovanje UCSD Data Mining Contest = [Machine learning techniques for UCSD Data Mining Contest] : diplomsko delo na interdisciplinarnem univerzitetnem študiju. Ljubljana: [A. Starič], 2010. 36 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/1159/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 7963220]

319. DEMŠAR, Jure. Razvoj spletnega portala za zbiranje in ocenjevanje kratkih finančnih sporočil = [The development of Web portal for assembly and ranking of short finance messages] : diplomsko delo. Ljubljana: [J. Demšar], 2010. 41 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1237/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8132948]

320. NUZZO, Angelo, MULAS, Francesca, GABETTA, Matteo, ARBUSTINI, Eloisa, ZUPAN, Blaž, LARIZZA, Cristiana, BELLAZZI, Riccardo. Text mining approaches for automated literature knowledge extraction and representation. V: SAFRAN, Charles (ur.), RETI, Shane (ur.), MARIN, Heimar F. (ur.). MEDINFO 2010 : proceedings of the 13th World Congress on Medical Informatics, [Cape Town, South Africa, September 12-15, 2010]. Amsterdam: IOS Press, cop. 2010. Str. 954-958, ilustr. Studies in health technology and informatics, vol. 160. ISBN 978-1-60750-587-7, ISBN 1-60750-587-8, ISBN 978-1-60750-588-4, ISBN 1-60750-588-6. ISSN 0926-9630. http://www.booksonline.iospress.nl/Content/View.aspx?piid=17514. [COBISS.SI-ID 8021588]

321. MATIJEVIĆ, Aleš. Vizualizacija in interaktivna uporaba mreže glasbenih avtorjev na mobilni napravi iPhone : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Matijević], 2010. 46 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1201/. [COBISS.SI-ID 8092756]

322. TOLLERVEY, James R., WANG, Zhen, HORTOBÁGYI, Tibor, WITTEN, Joshua T., ZARNACK, Kathi, KAYIKCI, Melis, CLARK, Tyson, SCHWEITZER, Anthony C., ROT, Gregor, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, ROGELJ, Boris, SHAW, Christopher E., ULE, Jernej. Analysis of alternative splicing associated with aging and neurodegeneration in the human brain. Genome research. Oct. 2011, vol. 21, no. 10, str. 1572-1582, ilustr. ISSN 1088-9051. http://genome.cshlp.org/content/21/10/1572.full.pdf+html. [COBISS.SI-ID 8549204]

323. WANG, Zhen, KAYIKCI, Melis, BRIESE, Michael, ZARNACK, Kathi, LUSCOMBE, Nicholas M., ROT, Gregor, ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, ULE, Jernej. Analysis of the role of TIA1 and TIAL1 in the splicing regulation of distal exons. V: Second International EURASNET Conference on Alternative Splicing : February 28 - March 3, Granada, Spain. [S. l.: s. n., 2011]. Str. 138. [COBISS.SI-ID 8279636]

324. HUANG, Eryong, TALUKDER, Shaheynoor, HUGHES, Timothy R., CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad, KATOH, Mariko. BzpF is a CREB-like transcription factor that regulates spore maturation and stability in Dictyostelium. Developmental biology. 2011, vol. 358, no. 1, str. 137-146, ilustr. ISSN 0012-1606. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S001216061101133X. [COBISS.SI-ID 8548180]

325. TOLLERVEY, James R., CURK, Tomaž, ROGELJ, Boris, BRIESE, Michael, CEREDA, Matteo, KAYIKCI, Melis, KÖNIG, Julian, HORTOBÁGYI, Tibor, NISHIMURA, Agnes L., ŽUPUNSKI, Vera, PATANI, Rickie, CHANDRAN, Siddharthan, ROT, Gregor, ZUPAN, Blaž, SHAW, Christopher E., ULE, Jernej. Characterizing the RNA targets and position - dependent splicing regulation by TDP-43. Nature neuroscience. April 2011, vol. 14, no. 4, str. 452-459, graf. prikazi. ISSN 1097-6256. http://www.nature.com/neuro/journal/v14/n4/pdf/nn.2778.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/1478/. [COBISS.SI-ID 8278100]

326. CURK, Tomaž, KÖNIG, Julian, GORUP, Črtomir, ROT, Gregor, ULE, Jernej, ZUPAN, Blaž. Comprehensive analysis of iCLIP high-throughput sequencing data with iCount. V: JUVAN, Peter (ur.), DEBELJAK, Nataša (ur.). From arrays to understanding diseases and pharmacogenomics of individual drug therapy. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2011. Str. 51. ISBN 978-961-267-034-4. [COBISS.SI-ID 8400724]

327. ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, DEMŠAR, Janez, PETROVIČ, Uroš, ROZMAN, Damjana, JUVAN, Peter, REŽEN, Tadeja. Data and knowledge integration methods for network systems biology. V: JUVAN, Peter (ur.), DEBELJAK, Nataša (ur.). From arrays to understanding diseases and pharmacogenomics of individual drug therapy. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2011. Str. 20. ISBN 978-961-267-034-4. [COBISS.SI-ID 28533465]

328. NUZZO, Angelo, BERETTA, Riccardo, MULAS, Francesca, ROOBROUCK, Valerie, VERFAILLIE, Catherine, ZUPAN, Blaž, BELLAZZI, Riccardo. A data mining library for miRNA annotation and analysis. V: PELEG, Mor (ur.), LAVRAČ, Nada (ur.), COMBI, Carlo (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. 13th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2011, Bled, Slovenia, July 2-6, 2011. Heidelberg [etc.]: Springer, cop. 2011. Str. 80-84, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 6747. ISBN 978-3-642-22217-7, ISBN 978-3-642-22218-4. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 8548692]

329. PEROVŠEK, Matic. Enorazredni priporočilni sistemi : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Perovšek], 2011. 56 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/1547/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8690516]

330. ROZMAN, Damjana, ZUPAN, Blaž, BELIČ, Aleš. FightingDrugFailure (ITN Marrie Currie, FP7). V: JUVAN, Peter (ur.), DEBELJAK, Nataša (ur.). From arrays to understanding diseases and pharmacogenomics of individual drug therapy. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2011. Str. 15. ISBN 978-961-267-034-4. [COBISS.SI-ID 28530137]

331. ROZMAN, Damjana, HORVAT, Simon, ZUPAN, Blaž. Functional genomics of cholesterol homeostasis: the role of lanosterol 14[alpha]-demethylase in development of metabolic disorders. V: JUVAN, Peter (ur.), DEBELJAK, Nataša (ur.). From arrays to understanding diseases and pharmacogenomics of individual drug therapy. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2011. Str. 16. ISBN 978-961-267-034-4. [COBISS.SI-ID 28530393]

332. KÖNIG, Julian, ZARNACK, Kathi, ROT, Gregor, CURK, Tomaž, KAYIKCI, Melis, ZUPAN, Blaž, TURNER, Daniel J., LUSCOMBE, Nicholas M., ULE, Jernej. ICLIP - transcriptome-wide mapping of protein-RNA interactions with individual nucleotide sesolution. Journal of visualized experiments. 2011, no. 50, str. 1-7, ilustr. ISSN 1940-087X. http://www.jove.com/details.php?id=2638, http://eprints.fri.uni-lj.si/1477/, DOI: 10.3791/2638. [COBISS.SI-ID 8354132]

333. KÖNIG, Julian, ZARNACK, Kathi, ROT, Gregor, CURK, Tomaž, KAYIKCI, Melis, ZUPAN, Blaž, TURNER, Daniel J., LUSCOMBE, Nicholas M., ULE, Jernej. ICLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution. V: Second International EURASNET Conference on Alternative Splicing : February 28 - March 3, Granada, Spain. [S. l.: s. n., 2011]. Str. 95. [COBISS.SI-ID 8279380]

334. CURK, Tomaž, KÖNIG, Julian, GORUP, Črtomir, ROT, Gregor, ULE, Jernej, ZUPAN, Blaž. Icount - a web server for the analysis of iCLIP data. V: Second International EURASNET Conference on Alternative Splicing : February 28 - March 3, Granada, Spain. [S. l.: s. n., 2011]. Str. 66. [COBISS.SI-ID 8280148]

335. CURK, Tomaž, GORUP, Črtomir, ROT, Gregor, ULE, Jernej, ZUPAN, Blaž. Idiscover : an intelligent assistant for integrative analysis of transcriptome data. V: ISMB ECCB 2011. [S. l.]: International Society for Computational Biology, 2011. Str. 1-2. [COBISS.SI-ID 8501076]

336. PERC, Domen. Implementacija in eksperimentalna analiza tehnike razvrščanja podatkov s konsenzom = [Implementation and experimental analysis of consensus clustering] : diplomsko delo. Ljubljana: [D. Perc], 2011. 44 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1278/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8262996]

337. GORUP, Črtomir, KUNEJ, Tanja, OGOREVC, Jernej, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, DOVČ, Peter. An interactive map viewer and its application for visualization of cattle candidate loci for milk production and mastitis. V: Vienna ISMB ECCB 2011. [S.l.]: International Society for Computational Biology, cop. 2011. Poster e27. [COBISS.SI-ID 2900872]

338. ČESNIK, Tomo. Izgradnja podatkovne baze strukturnih podobnosti proteinov : diplomsko delo. Ljubljana: [T. Česnik], 2011. 39 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1548/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8691028]

339. ZUPAN, Blaž. Knowledge-based data analysis and information retrieval. V: Progetto Progressi in biologia e medicina. Pavia: EDIMES, cop. 2011. Str. 65-70. [COBISS.SI-ID 8354900]

340. MOČNIK, Rok. Metode za oceno zanesljivosti napovedi učinkov malih molekul : diplomsko delo. Ljubljana: [R. Močnik], 2011. 42 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1502/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8608340]

341. CRIPPA, Stefania, CASSANO, Marco, MESSINA, Graziella, GALLI, Daniela, GALVEZ, Beatriz G., CURK, Tomaž, ALTOMARE, Claudia, RONZONI, Flavio, TOELEN, Jaan, GIJSBERS, Rik, DEBYSER, Zeger, JANSSENS, Stefan, ZUPAN, Blaž, ZAZA, Antonio, COSSU, Giulio, SAMPAOLESI, Maurilio. MiR669a and miR669q prevent skeletal muscle differentiation in postnatal cardiac progenitors. The Journal of cell biology. 2011, vol. 193, no. 7, str. 1197-1212, ilustr. ISSN 0021-9525. http://jcb.rupress.org/search?submit=yes&fulltext=tomaz%20curk&sortspec=date&where=fulltext&hopnum=1, http://eprints.fri.uni-lj.si/1475/. [COBISS.SI-ID 8455252]

342. CRIPPA, Stefania, CASSANO, Marco, MESSINA, Graziella, GALLI, Daniela, TOELEN, Jaan, GIJSBERS, Rik, DEBYSER, Zeger, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, JANSSENS, Stefan, COSSU, Giulio, SAMPAOLESI, Maurilio. MiRNAs regulate muscle lineage switch. V: Care mi : cardio repair European multidisciplinary initiative : first annual consortium and scientific progress meeting, Liverpool, UK, July 10th-11th, 2011. [S. l.: s. n.], 2011. Str. [1]. [COBISS.SI-ID 8487764]

343. MILUTINOVIĆ, Mitar. Nedeterministično in leno ogrodje za podatkovno pretokovno računanje : delo je pripravljeno v skladu s Pravilnikom o podeljevanju Prešernovih nagrad študentom, pod mentorstvom prof. dr. Blaža Zupana. Ljubljana: [M. Milutinović], 2011. 113 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3701/. [COBISS.SI-ID 8863060]
nagrada: Fakultetna Prešernova nagrada

344. MILUTINOVIĆ, Mitar. Nedeterministično in leno ogrodje za podatkovno pretokovno računanje : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Milutinović], 2011. 115 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1382/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8447828]

345. WEISS, Gregor. Ocenjevanje pomembnosti atributov iz uspešnosti učnih algoritmov na vzorcih atributnega prostora : diplomsko delo. Ljubljana: [G. Weiss], 2011. 78 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1319/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8300628]

346. UMEK, Lan. Odkrivanje podskupin v podatkih z več odvisnimi spremenljivkami : doktorska disertacija. Ljubljana: [L. Umek], 2011. XV, 177 str., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 8313684]

347. HAFNER, Gašper. Podobnostne mreže receptov in spletna aplikacija za priporočanje sestavin jedi = [Recipe networks and web application for recommendation of ingredients] : diplomsko delo. Ljubljana: [G. Hafner], 2011. 30 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1320/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8297044]

348. PINTER, Ernest. Priprava razdeljevalnih postopkov s pomočjo sistema za upravljanje različic : diplomsko delo. Ljubljana: [E. Pinter], 2011. 55 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1589/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 8861012]

349. ŽAGAR, Lan, MULAS, Francesca, BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Ranking and 1-dimensional projection of cell development transcription profiles. V: PELEG, Mor (ur.), LAVRAČ, Nada (ur.), COMBI, Carlo (ur.). Artificial intelligence in medicine : proceedings. 13th Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2011, Bled, Slovenia, July 2-6, 2011. Heidelberg [etc.]: Springer, cop. 2011. Str. 85-89, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 6747. ISBN 978-3-642-22217-7, ISBN 978-3-642-22218-4. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 8548948]

350. TOPLAK, Marko, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Similarity of transcription profiles for genes in gene sets. V: DOBNIKAR, Andrej (ur.), LOTRIČ, Uroš (ur.), ŠTER, Branko (ur.). Adaptive and natural computing algorithms : 10th international conference, ICANNGA 2011, Ljubljana, Slovenia, April 14-16, 2011 : proceedings. Heidelberg [etc.]: Springer, cop. 2011. Part 2, str. 393-399, graf. prikazi. Lecture notes in computer science, 6593; 6594. ISBN 978-3-642-20281-0, ISBN 3-642-20281-0, ISBN 978-3-642-20266-7, ISBN 978-3-642-20267-4. ISSN 0302-9743. http://www.springerlink.com/content/t17873n050052150/fulltext.pdf. [COBISS.SI-ID 9071444]

351. ROT, Gregor, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. SNP-SNP synergy discovery with SNPsyn. V: ISMB ECCB 2011. [S. l.]: International Society for Computational Biology, 2011. Str. 1-2. [COBISS.SI-ID 8500820]

352. CURK, Tomaž, ROT, Gregor, ZUPAN, Blaž. SNPsyn : detection and exploration of SNP-SNP interactions. Nucleic acids research. 2011, vol. 39, suppl. 2, str. 444-449, ilustr. ISSN 0305-1048. http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_2/W444.full.pdf+html, http://eprints.fri.uni-lj.si/1476/. [COBISS.SI-ID 8352596]

353. ŽAGAR, Lan, MULAS, Francesca, GARAGNA, Silvia, ZUCCOTTI, Maurizio, BELLAZZI, Riccardo, ZUPAN, Blaž. Stage prediction of embryonic stem cell differentiation from genome-wide expression data. Bioinformatics. [Print ed.]. 2011, vol. 27, no. 18, str. 2546-2553, ilustr. ISSN 1367-4803. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/18/2546.full.pdf+html, http://eprints.fri.uni-lj.si/1495/. [COBISS.SI-ID 8578900]

354. UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž. Subgroup discovery in data sets with multi-dimensional responses. Intelligent data analysis. [Print ed.]. 2011, vol. 15, no. 4, str. 533-549, ilustr. ISSN 1088-467X. http://eprints.fri.uni-lj.si/1484/. [COBISS.SI-ID 8548436]

355. SLUGA, Davor, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, LOTRIČ, Uroš. Acceleration of information-theoretic data analysis with graphics processing units. Przeglęad Elektrotechniczny. 2012, no. 2, str. 136-139, ilustr. ISSN 0033-2097. http://pe.org.pl/articles/2012/2/38.pdf. [COBISS.SI-ID 8952148]

356. SUGIMOTO, Yoichiro, KÖNIG, Julian, HUSSAIN, Shobbir, ZUPAN, Blaž, CURK, Tomaž, FRYE, Michaela, ULE, Jernej. Analysis of CLIP and iCLIP methods for nucleotide-resolution studies of protein-RNA interactions. Genome biology. [Online ed.]. 2012, vol. 13, no. 8, str. 1-33. ISSN 1474-760X. http://genomebiology.com/content/pdf/gb-2012-13-8-r67.pdf. [COBISS.SI-ID 9319764]

357. BOHANEC, Marko, RAJKOVIČ, Vladislav, BRATKO, Ivan, ZUPAN, Blaž, ŽNIDARŠIČ, Martin. DEX methodology : thirty three years of qualitative multi-attribute modeling. V: BOHANEC, Marko (ur.), et al. Zbornik 15. mednarodne multikonference Informacijska družba - IS 2012, 8.-12. oktober 2012, Ljubljana, Slovenia : zvezek A = Proceedings of the 15th International Multiconference Information Society - IS 2012, October 8th-12th, 2012, [Ljubljana, Slovenia] : volume A. Ljubljana: Institut Jožef Stefan, 2012. Str. 31-34. Informacijska družba. ISBN 978-961-264-046-0. ISSN 1581-9973. [COBISS.SI-ID 26184231]

358. KÖNIG, Julian, ZARNACK, Kathi, LUSCOMBE, Nicholas M., TOLLERVEY, James R., EASTON, Laura, TAJNIK, Mojca, ROT, Gregor, GORUP, Črtomir, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, ROGELJ, Boris, SHAW, Christopher E., ULE, Jernej. How does defective regulation of RNA processing lead to neurologic diseases?. V: HUDLER, Petra (ur.), VIDETIČ PASKA, Alja (ur.), JUVAN, Peter (ur.). Molekularna medicina in biotehnologija = Molecular medicine and biotechnology : book of abstracts. Simpozij z mednarodno udele bo ob 40. obletnici In tituta za biokemijo in 20. obletnici Medicinskega centra za molekularno biologijo = International Symposium at 40th Anniversary of Institute of Biochemistry and_ 20th Anniversary of Medical Centre for Molecular Biology, Ljubljana, 27-29 June 2012. Ljubljana: Inštitut za biokemijo, Medicinska fakulteta: = Institute of Biochemistry, Faculty of Medicine, 2012. Str. 28. ISBN 978-961-267-050-4. [COBISS.SI-ID 30050521]

359. PETROVČIČ, Klemen. Interoperabilnost v zdravstvenih sistemih, standard OpenEHR in primer uporabe arhetipov za določitev podatkovnega modela klinične študije : diplomsko delo. Ljubljana: [K. Petrovčič], 2012. 49 f., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1817/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9399892]

360. MULAS, Francesca, SACCHI, Lucia, ŽAGAR, Lan, GARAGNA, Silvia, ZUCCOTTI, Maurizio, ZUPAN, Blaž, BELLAZZI, Riccardo. Knowledge-based bioinformatics for the study of mammalian oocytes. The international journal of developmental biology. [Printed ed.]. 2012, vol. 56, nos. 10/11/12, str. 859-866, ilustr. ISSN 0214-6282. http://eprints.fri.uni-lj.si/2262/, DOI: 10.1387/ijdb.120138fm. [COBISS.SI-ID 9723988]

361. KUNEJ, Tanja, OGOREVC, Jernej, GORUP, Črtomir, ČEH, Eva, ZUPAN, Blaž, DOVČ, Peter. Komparative Genomik bei Haustieren als bioinformatischer Ansatz. V: BREM, Gottfried (ur.). Das "gläserne" Tier : Ein- und Ausblicke in Genome und Gene von Haustieren. Halle (Saale): Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina - Nationale Akademie der Wissenschaften; Stuttgart: Wissenschaftliche Verlagsgesellschaft, cop. 2012. Str. 61-72. Nova Acta Leopoldina, Neue Folge, Nummer 338, Band 113. ISBN 978-3-8047-3028-1. ISSN 0369-5034. [COBISS.SI-ID 3055240]

362. SLAK, Tomaž (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Magični inkubator idej : oddaja Frekvenca X, Radio Slovenija, 2. program, Val 202, 29. 11. 2012. Ljubljana: Radio Slovenija, Val 202, 2012. 14 min, 35 sek. http://tvslo.si/predvajaj/magicni-inkubator-idej-arhitekt-dr-tomaz-slak-in-bioinformatik-dr-blaz-zupan/ava2.151802392/. [COBISS.SI-ID 2787972]

363. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. NIMFA : a Python library for nonnegative matrix factorization. Journal of machine learning research. [Print ed.]. Mar. 2012, vol. 13, str. 849-853. ISSN 1532-4435. http://jmlr.csail.mit.edu/papers/volume13/zitnik12a/zitnik12a.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/1706/. [COBISS.SI-ID 9067604]

364. ZUCCOTTI, Maurizio, ZUPAN, Blaž, et al. OCT4 and the acquisition of oocyte developmental competence during folliculogenesis. The international journal of developmental biology. [Printed ed.]. 2012, vol. 56, nos. 10/11/12, str. 853-858, ilustr. ISSN 0214-6282. DOI: 10.1387/ijdb.120174mz. [COBISS.SI-ID 9652052]

365. MRAK, Aleš. Okolja za odkrivanje znanj iz podatkov v programskem jeziku Python : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Mrak], 2012. 96 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1819/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9400660]

366. LEVAR, Miran. Pregled in primerjava tehnik sočasnega uvrščanja v več razrednih spremenljivk : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Levar], 2012. 74 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1820/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9482836]

367. ŽITNIK, Marinka. Pristop matrične faktorizacije za gradnjo napovednih modelov iz heterogenih podatkovnih virov : delo je pripravljeno v skladu s Pravilnikom o podeljevanju Prešernovih nagrad študentom, pod mentorstvom prof. dr. Blaža Zupana. Ljubljana: [M. Žitnik], 2012. 99 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3697/. [COBISS.SI-ID 9562452]
nagrada: Univerzitetna Prešernova nagrada

368. ŽITNIK, Marinka. Pristop matrične faktorizacije za gradnjo napovednih modelov iz heterogenih podatkovnih virov : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Žitnik], 2012. 98 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/1775/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9341780]

369. RUPAR, Simon. Razvoj povezave med programoma gretl in Excel : diplomsko delo. Ljubljana: [S. Rupar], 2012. 55 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1654/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9078100]

370. PETROVIČ, Uroš, MATTIAZZI, Mojca, KAFERLE, Petra, KOKOŠAR, Janez, KRIŽAJ, Igor, PETAN, Toni, KOCJAN, Tina, BAVDEK, Andrej, CURK, Tomaž, ANDERLUH, Gregor, ZUPAN, Blaž, STAGLJAR, Igor, et al. Saccharomyces cerevisiae cell - a molecular biologist's test tube. V: HUDLER, Petra (ur.), VIDETIČ PASKA, Alja (ur.), JUVAN, Peter (ur.). Molekularna medicina in biotehnologija = Molecular medicine and biotechnology : book of abstracts. Simpozij z mednarodno udele bo ob 40. obletnici In tituta za biokemijo in 20. obletnici Medicinskega centra za molekularno biologijo = International Symposium at 40th Anniversary of Institute of Biochemistry and_ 20th Anniversary of Medical Centre for Molecular Biology, Ljubljana, 27-29 June 2012. Ljubljana: Inštitut za biokemijo, Medicinska fakulteta: = Institute of Biochemistry, Faculty of Medicine, 2012. Str. 50. ISBN 978-961-267-050-4. [COBISS.SI-ID 26056487]

371. LAMPRET, Luka. Skladišče EMG podatkov s sprotnim analitičnim prikazom v okolju Excel 2010 : diplomsko delo. Ljubljana: [L. Lampret], 2012. 41 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1652/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9077076]

372. BRVAR, Anže. Strojno učenje in razvoj sistema za avtomatsko trgovanje na valutnem trgu : diplomsko delo. Ljubljana: [A. Brvar], 2012. 62 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1816/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9482324]

373. MATTIAZZI, Mojca, USAJ, Matej, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž, DRUBIN, David, ANDREWS, Brenda J., BOONE, Charles. Studying yeast endocytosis with high-throughput multi-channel fluorescence microscopy : a tale of cortical actin patches, endosomes and vacuoles. V: ICSB. The 13th International Conference on System Biology, August 19-23, 2012, Toronto, Canada. [S. l.: s. n.], 2012. Str. 208. [COBISS.SI-ID 26051879]

374. MULAS, Francesca, ŽAGAR, Lan, ZUPAN, Blaž, BELLAZZI, Riccardo. Supporting regenerative medicine by integrative dimensionality reduction. Methods of information in medicine. 2012, vol. 51, no. 4, str. 341-347, ilustr. ISSN 0026-1270. http://www.schattauer.de/en/magazine/subject-areas/journals-a-z/methods/contents/current-issue/issue/special/manuscript/17845/show.html. [COBISS.SI-ID 9350484]

375. ŽBONTAR, Jure, ŽITNIK, Marinka, ZIDAR, Miha, MAJCEN, Gregor, POTOČNIK, Matic, ZUPAN, Blaž. Team ULjubljana's solution to the JRS 2012 Data Mining Competition. V: YAO, JingTao (ur.). Rough sets and current trends in computing : proceedings. Berlin; Heidelberg: Springer, cop. 2012. Str. 471-478. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 7413. ISBN 978-3-642-32114-6. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 9385044]

376. BRATKO, Andrej. Text mining using data compression models : doctoral thesis. Ljubljana: [A. Bratko], 2012. XII, 196 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/1925/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 9535572]

377. TVRDI, Barbara. Uporaba dejavnikov optimizacije spletnih strani za napovedovanje uvrstitev v iskalniku Google : diplomsko delo. Ljubljana: [B. Tvrdi], 2012. 39 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1767/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9344340]

378. SIMONČIČ, Matjaž, JAKOPIČ, Ana, SALOBIR, Janez, MRAMOR, Minca, TOPLAK, Marija, UMEK, Lan, ZUPAN, Blaž, REŽEN, Tadeja, ROZMAN, Damjana, HORVAT, Simon. Water soluble coenzyme Q10 supplemented to high fat diet exhibited obesity resistant effect in the polygenic mouse model of obesity. V: POTOČNIK, Uroš (ur.). Genetika 2012 : book of abstracts = zbornik povzetkov. Ljubljana: Genetic Society of Slovenia, 2012. Str. 169. ISBN 978-961-90534-7-8. [COBISS.SI-ID 30151641]

379. ROGELJ, Boris, ROT, Gregor, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, MODIC, Miha, HABERMAN, Nejc, ULE, Jernej, et al. Widespread binding of FUS along nascent RNA regulates alternative splicing in the brain. Scientific reports. 2012, vol. 2, str. 603-1-603-10. ISSN 2045-2322. http://www.nature.com/srep/2012/120828/srep00603/pdf/srep00603.pdf, DOI: 10.1038/srep00603. [COBISS.SI-ID 26042663]

380. ERŽEN, Darja. Zasnova priporočilnega sistema za podporo izbora študijskih predmetov : diplomsko delo. Ljubljana: [D. Eržen], 2012. 59 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/1716/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9258580]

381. MIRANDA, Edward Roshan, ZHUCHENKO, Olga, TOPLAK, Marko, SANTHANAM, Balaji, ZUPAN, Blaž, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad. ABC transporters in Dictyostelium discoideum development. PloS one. Aug. 2013, vol. 8, no. 8, str. 1-11, ilustr. ISSN 1932-6203. http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0070040&representation=PDF, http://eprints.fri.uni-lj.si/2260/, DOI: 10.1371/journal.pone.0070040. [COBISS.SI-ID 10035284]

382. NASSER, Waleed, SANTHANAM, Balaji, MIRANDA, Edward Roshan, PARIKH, Anup, JUNEJA, Kavina, ROT, Gregor, DINH, Christopher, CHEN, Rui, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad, KUSPA, Adam. Bacterial discrimination by Dictyostelid amoebae reveals the complexity of ancient interspecies interactions. Current biology. [Print ed.]. 2013, vol. 23, no. 10, str. 862-872, ilustr. ISSN 0960-9822. http://eprints.fri.uni-lj.si/2261/, DOI: 10.1016/j.cub.2013.04.034. [COBISS.SI-ID 9921108]

383. JAKŠE, Jernej, ROT, Gregor, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, MANDELC, Stanislav, MAJER, Aljaž, ZUPAN, Blaž, JAVORNIK, Branka. Comparative genomics of Verticillium albo-atrum strains reveals strain specific regions. V: BIRGER, Koopmann (ur.), TIEDEMANN, Andreas von (ur.). 11th International Verticillium symposium, Göttingen, Germany, 5-8 May 2013. Braunschweig: DPG Verlag, 2013. Str. 34. DPG Spectrum Phytomedizin. ISBN 978-3-941261-12-9. [COBISS.SI-ID 7593337]

384. MENDES, Inês, FRANCO-DUARTE, Ricardo, UMEK, Lan, FONSECA, Elza, DRUMONDE-NEVES, João, DEQUIN, Sylvie, ZUPAN, Blaž, SCHULLER, Dorit. Computational models for prediction of yeast strain potential for winemaking from phenotypic profiles. PloS one. Jul. 2013, vol. 8, no. 7, str. 1-10, ilustr. ISSN 1932-6203. http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0066523&representation=PDF, http://eprints.fri.uni-lj.si/2259/, DOI: 10.1371/journal.pone.0066523. [COBISS.SI-ID 10005844]

385. ŽITNIK, Marinka, NAM, Edward, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Data fusion for Dictyostelium bacterial response gene prioritization. V: AČIMOVIČ, Jure (ur.), PROSENC ZMRZLJAK, Uršula (ur.), JUVAN, Peter (ur.). Book of abstracts. Casym Training Event Systems Medicine of Multifactorial Disorders Workshop & Tutorial and 8th CFGBC Symposium, Ljubljana, 12-15 June 2013. Ljubljana: Faculty of Medicine, 2013. Str. 5. ISBN 978-961-267-060-3. [COBISS.SI-ID 10143572]

386. BOHANEC, Marko, ŽNIDARŠIČ, Martin, RAJKOVIČ, Vladislav, BRATKO, Ivan, ZUPAN, Blaž. DEX methodology : three decades of qualitative multi-attribute modeling. Informatica : an international journal of computing and informatics. [Tiskana izd.]. mar. 2013, vol. 37, no. 1, str. 49-54. ISSN 0350-5596. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 26664999]

387. ŽITNIK, Marinka, JANJIĆ, Vuk, LARMINIE, Chris, ZUPAN, Blaž, PRŽULJ, Nataša. Discovering disease-disease associations by fusing systems-level molecular data. Scientific reports. 2013, str. 1-9, ilustr. ISSN 2045-2322. http://www.nature.com/srep/2013/131115/srep03202/full/srep03202.html, http://eprints.fri.uni-lj.si/2285/. [COBISS.SI-ID 10253396]

388. ŽITNIK, Slavko, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž, BAJEC, Marko. Extracting gene regulation networks using linear-chain conditional random fields and rules. V: BioNLP shared task 2013 : ACL 2013 : proceedings of the workshop : August 9, 2013, Sofia, Bulgaria. Stroudsburg (PA): Association for Computational Linguistics, 2013. Str. 178-187, ilustr. ISBN 978-1-937284-55-8. [COBISS.SI-ID 10036052]

389. JAKŠE, Jernej, ROT, Gregor, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, MANDELC, Stanislav, MAJER, Aljaž, ZUPAN, Blaž, JAVORNIK, Branka. Genome sequencing of Verticillium albo-atrum pathotypes in order to understand wilt disease in hop production. V: 27th Fungal genetics conference, Asilomar [California], March 12-17, 2013. [S. l.: s. n., 2013]. Str. 176. Fungal Genetics Reports, Vol. 60 - Supplement. [COBISS.SI-ID 7527033]

390. JAKŠE, Jernej, ROT, Gregor, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, MANDELC, Stanislav, MAJER, Aljaž, ZUPAN, Blaž, JAVORNIK, Branka. Genomic analysis of fungal pathogen Verticillium albo-atrum. V: SEIGNER, Elisabeth (ur.). Proceedings of the Scientific Commission [of the] CICH - IHB - IHGC, International Hop Growers` Convention, Kiev, Ukraine, 4-9 June 2013. Wolnzach: Scientific Comission, I.H.G.C., 2013. Str. 57. Proceedings of the Scientific Commission, 2013. ISSN 1814-2192. [COBISS.SI-ID 7617657]

391. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Matrix factorization-based data fusion for drug-induced liver injury prediction. V: CAMDA 2013. 12th Annual International Conference on Critical Assessment of Massive Data Analysis, Berlin, July 19-20, 2013. [S. l.: s. n.], 2013. Str. 1-5, ilustr. http://dokuwiki.bioinf.jku.at/lib/exe/fetch.php/zitnik.pdf. [COBISS.SI-ID 10142804]

392. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Matrix factorization-based data fusion for gene function prediction in baker's yeast and slime mold. V: PSB 2014 online proceedings [January 3-7, 2014, Kohala Coast (Hawaii)]. [S. l.: s. n.], 2013. [12] str., ilustr. http://psb.stanford.edu/psb-online/proceedings/psb14/zitnik.pdf. [COBISS.SI-ID 10216020]

393. ZUPAN, Lara. Miši v labirintu : učenje prostorske orientacije : področje biologija : raziskovalna naloga. [Ljubljana]: Osnovna šola Prule, 2013. 35 f., ilustr., graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 14134579]
nagrada: Zlato priznanje

394. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Orange : data mining fruitful and fun : a historical perspective. Informatica : an international journal of computing and informatics. [Tiskana izd.]. mar. 2013, vol. 37, no. 1, str. 55-60. ISSN 0350-5596. Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 9747028]

395. DEMŠAR, Janez, CURK, Tomaž, ERJAVEC, Aleš, GORUP, Črtomir, HOČEVAR, Tomaž, MILUTINOVIĆ, Mitar, MOŽINA, Martin, POLAJNAR, Matija, TOPLAK, Marko, STARIČ, Anže, ŠTAJDOHAR, Miha, UMEK, Lan, ŽAGAR, Lan, ŽBONTAR, Jure, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Orange : data mining toolbox in Python. Journal of machine learning research. [Print ed.]. Aug. 2013, vol. 14, str. 2349-2353. ISSN 1532-4435. http://jmlr.org/papers/volume14/demsar13a/demsar13a.pdf, http://eprints.fri.uni-lj.si/2267/. [COBISS.SI-ID 10118740]

396. SVALINA, Miha. Razvoj podatkovne baze za poskuse z DNA-mikromrežami : diplomsko delo. Ljubljana: [M. Svalina], 2013. 55 str., graf. prikazi. http://eprints.fri.uni-lj.si/2044, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 9912148]

397. JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej, MAJER, Aljaž, MANDELC, Stanislav, RADIŠEK, Sebastjan, ČERENAK, Andreja, ŠTAJNER, Nataša, ROT, Gregor, JELEN, Vid, FLAJŠMAN, Marko, ŠATOVIĆ, Zlatko, ZUPAN, Blaž. Studies of Verticillium-hop pathosystem. V: BIRGER, Koopmann (ur.), TIEDEMANN, Andreas von (ur.). 11th International Verticillium symposium, Göttingen, Germany, 5-8 May 2013. Braunschweig: DPG Verlag, 2013. Str. 42. DPG Spectrum Phytomedizin. ISBN 978-3-941261-12-9. [COBISS.SI-ID 7593593]

398. MIRANDA, Edward Roshan, ROT, Gregor, TOPLAK, Marko, SANTHANAM, Balaji, CURK, Tomaž, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Transcriptional profiling of dictyostelium with RNA sequencing. V: EICHINGER, Ludwig (ur.), RIVERO-CRESPO, Francisco (ur.). Dictyostelium discoideum protocols. 2nd ed. New York [etc.]: Humana Press, 2013. Str. 139-171. Methods in molecular biology, 983. ISBN 978-1-62703-301-5, ISBN 1-62703-301-7. ISSN 1064-3745. [COBISS.SI-ID 9735252]

399. TOPLAK, Marko, MOČNIK, Rok, POLAJNAR, Matija, BOSNIĆ, Zoran, CARLSSON, Lars, HASSELGREN, Catrin, DEMŠAR, Janez, BOYER, Scott, ZUPAN, Blaž, STÅLRING, Jonna. Assessment of machine learning reliability methods for quantifying the applicability domain of QSAR regression models. Journal of chemical information and modeling. [Print ed.]. Feb. 2014, vol. 54, no. 2, str. 431-441, graf. prikazi. ISSN 1549-9596. http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ci4006595. [COBISS.SI-ID 10466388]

400. ZUPAN, Blaž. Biomedical data fusion : lecture at CIBR Seminar, Baylor College of Medicine, May 7, 2014. [COBISS.SI-ID 1536235459]

401. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Biomedical data fusion by simultaneous matrix tri-factorization. V: RECOMB 2014 : book of abstracts. [S. l.: s. n.], 2014. Str. 89. [COBISS.SI-ID 10561108]

402. FRANCO-DUARTE, Ricardo, MENDES, Inês, UMEK, Lan, DRUMONDE-NEVES, João, ZUPAN, Blaž, SCHULLER, Dorit. Computational models reveal genotype - phenotype associations in Saccharomyces cerevisiae. Yeast. 2014, vol. 31, iss. 7, str. 265-277, ilustr. ISSN 0749-503X. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/yea.3016/pdf, DOI: 10.1002/yea.3016. [COBISS.SI-ID 4362414]

403. ROSSBACH, Oliver, HUNG, Lee-Hsueh, KHRAMEEVA, Ekaterina, SCHREINER, Silke, KÖNIG, Julian, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, ULE, Jernej, GELFAND, Mikhail S, BINDEREIF, Albrecht. Crosslinking-immunoprecipitation (iCLIP) analysis reveals global regulatory roles of hnRNP L. RNA biology. 2014, vol. 11, no. 2, str. 146-155, ilustr. ISSN 1547-6286. DOI: 10.4161/rna.27991. [COBISS.SI-ID 10490452]

404. ŽITNIK, Marinka, NAM, Edward, DINH, Christopher, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Data fusion for gene prioritization. V: ISMB 2014. La Jolla (CA): International Society for Computational Biology. https://www.iscb.org/cms_addon/conferences/ismb2014/posterlist.php?cat=F. [COBISS.SI-ID 10684500]

405. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, ŽITNIK, Marinka, SANTHANAM, Balaji. Data mining w/o programming : a computational and integrative biomedical research (CIBR) workshop at Baylor College of Medicine. [Ljubljana: Fakulteta za računalništvo in informatiko], 2014. 18 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 1536234691]

406. ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, ŽITNIK, Marinka. Data mining without programming : lecture at Baylor College of Medicine, 21.-22. May 2014. [COBISS.SI-ID 1536236227]

407. MATTIAZZI, Mojca, UŠAJ, Matej, ŽITNIK, Marinka, KABLAWI, Dana, ZUPAN, Blaž, ANDREWS, Brenda J., BOONE, Charles. Exploring the yeast endocytic pathway by combining high-throughput genetics and high-content miscroscopy. V: PIŠKUR, Jure (ur.), et al. Book of abstracts. 31st International Specialised Symposium on Yeast, Nova Gorica, Vipava, Slovenia, October 9 -12, 2014. Farum: Jubi kinase, 2014. Str. 67. [COBISS.SI-ID 28045863]

408. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Gene network inference by probabilistic scoring of relationships from a factorized model of interactions. Bioinformatics. [Print ed.]. Jun. 2014, vol. 30, no. 12, str. 246-254, ilustr. ISSN 1367-4803. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/12/i246.full.pdf+html. [COBISS.SI-ID 10624852]

409. SLUGA, Davor, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, LOTRIČ, Uroš. Heterogeneous computing architecture for fast detection of SNP-SNP interactions. BMC bioinformatics. Jun. 2014, vol. 15, str. 1-16, ilustr. ISSN 1471-2105. http://www.biomedcentral.com/content/pdf/1471-2105-15-216.pdf, DOI: 10.1186/1471-2105-15-216. [COBISS.SI-ID 10646356]

410. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Imputation of quantitative genetic interactions in epistatic MAPs by interaction propagation matrix completion. V: SHARAN, Roded (ur.). Research in computational molecular biology : 18th Annual International Conference, RECOMB 2014, Pittsburgh, PA, USA, April 2-5, 2014 : proceedings. Heidelberg [etc.]: Springer, cop. 2014. Str. 448-462, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in bioinformatics, 8394. ISBN 978-3-319-05268-7, ISBN 3-319-05268-3. ISSN 0302-9743. [COBISS.SI-ID 10478164]

411. VESELICA, Mateja (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Kako preživeti generacijski prehod v družinskem podjetju?. Podjetnik : prvi medij podjetništva. [Tiskana izd.]. jun. 2014, letn. 23, št. 6, str. 32-35, fotografije. ISSN 1318-1025. [COBISS.SI-ID 22083302]

412. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Matrix factorization-based data fusion for drug-induced liver injury prediction. Systems biomedicine. [Online ed.]. May 2014, vol. 2, str. 1-7, ilustr. ISSN 2162-8149. [COBISS.SI-ID 10569556]

413. KOSEC, Urška. Napovedovanje čustvene naravnanosti avtorjev v spletnih komentarjih : diplomsko delo. Ljubljana: [U. Kosec], 2014. 90 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/2568/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 10634324]

414. MURN, Luka. Paralelna implementacija novih pristopov učenja z nevronskimi mrežami in njihovo vrednotenje na biomedicinskih podatkih : diplomsko delo. Ljubljana: [L. Murn], 2014. 64 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/2332/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 10431828]

415. ŽAGAR, Lan. Ranking by multitask learning : doctoral dissertation. Ljubljana: [L. Žagar], 2014. VIII, 137 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/2486/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 10538836]

416. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Survival regression by data fusion. Systems biomedicine. [Print ed.]. 2014, vol. 2, no. 3, str. 49-55, ilustr. ISSN 2162-8130. http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/21628130.2015.1016702#.VWVnELdWG70, DOI: 10.1080/21628130.2015.1016702. [COBISS.SI-ID 1536315331]

417. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Survival regression by data fusion. V: CAMDA. 13th Annual International Conference on Critical Assessment of Massive Data Analysis, Boston, United States, July 11-12, 2014. [S. l.: s. n.], 2014. Str. 38-42, ilustr. [COBISS.SI-ID 1536042947]

418. STARIČ, Anže, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Concurrent software architectures for exploratory data analysis. Wiley interdisciplinary reviews. Data mining and knowledge discovery. [Online ed.]. 2015, vol. 5, no. 4, str. 165-180, ilustr. ISSN 1942-4795. http://wires.wiley.com/WileyCDA/WiresArticle/wisId-WIDM1155.html, DOI: 10.1002/widm.1155. [COBISS.SI-ID 1536356035]

419. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Data fusion by matrix factorization. IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence. Jan. 2015, vol. 37, no. 1, str. 41-53, ilustr. ISSN 0162-8828. http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=6867358&sortType%3Dasc_p_Sequence%26filter%3DAND%28p_IS_Number%3A6978008%29. [COBISS.SI-ID 1536103875]

420. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Data fusion of everything. V: 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Milan, Italy, August 25-29 2015. [S. l.: IEEE], 2015. Str. 1-3, ilustr. http://embc.embs.org/2015/t-hd-3/. [COBISS.SI-ID 1536434883]

421. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Data imputation in epistatic MAPs by network-guided matrix completion. Journal of computational biology. [Print ed.]. 2015, vol. 22, no. 6, str. 595-608, graf. prikazi. ISSN 1066-5277. http://online.liebertpub.com/doi/abs/10.1089/cmb.2014.0158, DOI: 10.1089/cmb.2014.0158. [COBISS.SI-ID 1536321987]

422. CURK, Tomaž, STRAŽAR, Martin, ZUPAN, Blaž, ULE, Jernej. Detekcija interakcij protein-RNA z metodo iCLIP. V: ANDERLUH, Gregor (ur.), KRAŠEVEC, Nada (ur.). Proteinske pore, sekvenciranje in bioinformatika : mini simpozij 2015, [5. 11. 2015 Ljubljana]. Ljubljana: Laboratorij za molekularno biologijo in nanobiotehnologijo, Kemijski inštitut, 2015. Str. 23, ilustr. ISBN 978-961-6104-29-6. [COBISS.SI-ID 1536635075]

423. BRVAR, Anže. Elektronsko trgovanje na valutnem trgu s pomočjo Twitterja : magistrsko delo. Ljubljana: [A. Brvar], 2015. 82 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3217/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1536667331]

424. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Gene network inference by fusing data from diverse distributions. Bioinformatics. [Print ed.]. Jun. 2015, vol. 31, no. 12, str. 230-239, ilustr. ISSN 1367-4803. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/31/12/i230.abstract, DOI: 10.1093/bioinformatics/btv258. [COBISS.SI-ID 1536334275]

425. ŽITNIK, Marinka, NAM, Edward Adam, DINH, Christopher, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Gene prioritization by compressive data fusion and chaining. PLoS computational biology. [Print ed.]. Oct. 2015, vol. 11, no. 10, str. 1-18, ilustr. ISSN 1553-734X. http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004552, DOI: 10.1371/journal.pcbi.1004552. [COBISS.SI-ID 1536572355]

426. ŽITNIK, Marinka, NAM, Edward Adam, DINH, Christopher, KUSPA, Adam, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Gene prioritization by compressive data fusion and chaining. V: [BC] [sup] 2 Basel Computational Biology Conference, 7-10 June 2015. [S. l.: s. n.]. 2015, str. 1. http://www.bc2.ch/2015/program/posters/. [COBISS.SI-ID 1536336067]

427. MATTIAZZI, Mojca, BRLOŽNIK, Mojca, KAFERLE, Petra, ŽITNIK, Marinka, WOLINSKI, Heimo, LEITNER, F., KOHLWEIN, Sepp D., ZUPAN, Blaž, PETROVIČ, Uroš. Genome-wide localization study of yeast Pex11 identifies peroxisome-mitochondria interactions through the ERMES complex. Journal of molecular biology. Jun. 2015, vol. 427, no. 11, str. 2072-2087, ilustr. ISSN 0022-2836. http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S002228361500176X#, DOI: 10.1016/j.jmb.2015.03.004. [COBISS.SI-ID 28442663]

428. DOLENC, Blaž. Geografska segmentacija uporabnikov za uporabo v oglaševanju : diplomsko delo. Ljubljana: [B. Dolenc], 2015. 42 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3074/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1536527811]

429. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Integrate everything but the kitchen sink : data set selection and sensitivity estimation in collective factor models. V: ISMB, ECCB. [La Jolla (CA): International Society for Computational Biology], 2015. Str. 1. https://www.iscb.org/cms_addon/conferences/ismbeccb2015/posterlist.php?cat=O. [COBISS.SI-ID 1536369603]

430. BRDAR, Sanja, CRNOJEVIĆ, Vladimir, ZUPAN, Blaž. Integrative clustering by nonnegative matrix factorization can reveal coherent functional groups from gene profile data. IEEE journal of biomedical and health informatics. [Print ed.]. Mar. 2015, vol. 19, no. 2, str. 698-708, ilustr. ISSN 2168-2194. http://ieeexplore.ieee.org/xpl/articleDetails.jsp?arnumber=6786303&punumber%3D6221020%26filter%3DAND%28p_IS_Number%3A7053969%29%26pageNumber%3D2. [COBISS.SI-ID 1536239299]

431. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Large-scale data fusion by collective matrix factorization. V: [BC] [sup] 2 Basel Computational Biology Conference, 7-10 June 2015. [S. l.: s. n.]. 2015, str. 1-4, ilustr. http://www.bc2.ch/2015/program/tutorials/t3/. [COBISS.SI-ID 1536432323]

432. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Large-scale data fusion. V: 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Milan, Italy, August 25-29 2015. [S. l.: IEEE], 2015. Str. 1, ilustr. http://emb.citengine.com/event/embc-2015/details. [COBISS.SI-ID 1536434627]

433. ROSENGARTEN, Rafael David, SANTHANAM, Balaji, FULLER, Danny, KATOH-KURASAWA, Mariko, LOOMIS, William F., ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad. Leaps and lulls in the developmental transcriptome of Dictyostelium discoideum. BMC genomics. Apr. 2015, vol. 16, str. 1-16, ilustr. ISSN 1471-2164. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/294. [COBISS.SI-ID 1536281539]

434. ŽITNIK, Marinka. Learning by fusing heterogeneous data : a dissertation. Ljubljana: [M. Žitnik], 2015. XIII, 337 str., ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 282050816]

435. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Machine learning in Python : lecture at University of Pavia, 18.-20. February 2015. [COBISS.SI-ID 1536235971]

436. ŽITNIK, Slavko, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž, BAJEC, Marko. Sieve-based relation extraction of gene regulatory networks from biological literature. BMC bioinformatics. Oct. 2015, vol. 16, str. 1-16, ilustr. ISSN 1471-2105. http://www.biomedcentral.com/1471-2105/16/S16/S1, DOI: 10.1186/1471-2105-16-S16-S1. [COBISS.SI-ID 1536614851]

437. ZUPAN, Nikola, BULIĆ, Blaž. Tortice si kar stiskam : področje: računalništvo in informatika : projektna naloga. Ljubljana: Osnovna šola Prule; Moravče: Osnovna šola Jurija Vege, 2015. 43 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 1024445275]

438. JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej, MANDELC, Stanislav, RADIŠEK, Sebastjan, ČERENAK, Andreja, ŠTAJNER, Nataša, ROT, Gregor, JELEN, Vid, FLAJŠMAN, Marko, MAJER, Aljaž, ŠATOVIĆ, Zlatko, ZUPAN, Blaž. Understanding Verticillium wilt disease in hop. V: IV International Humulus Symposium of the International Society for Horticultural Science, Yakima, WA, USA, 6th - 8th August 2015. [S. l.: International Society for Horticultural Science, 2015]. Str. [49]. http://ihs.hopsteiner.us/Bulletin%20IV%20International%20Humulus%20Symposium%20Yakima%202015%20draft.pdf. [COBISS.SI-ID 8338553]

439. LEVAR, Miran. Web-based platform for dataflow processing : master's thesis. Ljubljana: [M. Levar], 2015. 77 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3208/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1536640963]

440. VOUK, Paula. Analiza spletnih novic s tehnikami prikaza pojavitev besed in besednih zvez : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in matematika. Ljubljana: [P. Vouk], 2016. 41 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3426/. [COBISS.SI-ID 1537107907]

441. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Collective pairwise classification for multi-way analysis of disease and drug data. V: ALTMAN, Russ B. (ur.). Pacific Symposium on Biocomputing 2016, Kohala Coast, Hawaii, USA, 4-8 January 2016. New Jersey [etc.]: World Scientific, 2016. Str. 81-92, ilustr. http://psb.stanford.edu/conference-materials/proceedings.pdf. [COBISS.SI-ID 1536696515]

442. ZIDAR, Miha. Dostop do podatkov Svetovne banke v orodju Orange : diplomsko delo : univerzitetni študijski program Računalništvo in informatika. Ljubljana: [M. Zidar], 2016. 43 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3556/. [COBISS.SI-ID 1537135811]

443. JAVORNIK, Branka, JAKŠE, Jernej, FLAJŠMAN, Marko, ROT, Gregor, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, PROGAR, Vasja, ZUPAN, Blaž. Evolution of virulence in the vascular wilt pathogen Verticillium nonalfalfae. V: BERNE, Sabina (ur.), JAVORNIK, Branka (ur.). Book of abstracts. 12th International Verticillium Symposium, Ljubljana, Slovenia, October 6, 2016. Ljubljana: Biotechnical Faculty, University of Ljubljana, 2016. Str. 21. ISBN 978-961-6379-38-0. [COBISS.SI-ID 8496761]

444. LI, Cheng-Lin Frank, SANTHANAM, Balaji, WEBB, Amanda Nicole, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad. Gene discovery by chemical mutagenesis and whole-genome sequencing in Dictyostelium. Genome research. Sep. 2016, vol. 26, no. 9, str. 1268-1276, ilustr. ISSN 1088-9051. http://genome.cshlp.org/content/26/9/1268.full.pdf+html, DOI: 10.1101/gr.205682.116. [COBISS.SI-ID 1537373635]

445. MRZELJ, Nina. Globoko učenje na genomskih in filogenetskih podatkih : diplomsko delo : interdisciplinarni univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in matematika. Ljubljana: [N. Mrzelj], 2016. 35 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3573/. [COBISS.SI-ID 1537217987]

446. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Jumping across biomedical contexts using compressive data fusion. Bioinformatics. [Print ed.]. Jun. 2016, vol. 32, no. 12, str. 90-100, ilustr. ISSN 1367-4803. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/12/i90.short, DOI: 10.1093/bioinformatics/btw247. [COBISS.SI-ID 1537026243]

447. ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Jumping across biomedical contexts using compressive data fusion. V: Pacific Symposium on Biocomputing 2016 : abstract book. [New Jersey [etc.]: World Scientific, 2016]. Str. 118. http://psb.stanford.edu/conference-materials/abstractbook.pdf. [COBISS.SI-ID 1536741059]

448. NOVAK, Benjamin. Kako uspeti na Kickstarter-ju? : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [B. Novak], 2016. 46 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3429/. [COBISS.SI-ID 1537073603]

449. NOVAK, David. Knjižnica za tekstovno analitiko v programskem okolju Orange : magistrsko delo : študijski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [D. Novak], 2016. 87 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3374/. [COBISS.SI-ID 1537041091]

450. ČUFAR, Matija. Modeliranje kinetike vezave monoklonskih protiteles na receptor Fc▫$\gamma$▫RIIIa. Ljubljana: [M. Čufar], 2016. 37 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3555/. [COBISS.SI-ID 1537216451]

451. VIDONI, Marko. Napovedovanje obsega komentiranja spletnih novic z modeli strojnega učenja : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [M. Vidoni], 2016. 51 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3372/. [COBISS.SI-ID 1537022147]

452. KERNC, Jernej. Orodje za interaktivno analizo časovnih vrst : diplomsko delo na univerzitetnem študiju. Ljubljana: [J. Kernc], 2016. 40 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3400/. [COBISS.SI-ID 1537060035]

453. STRAŽAR, Martin, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž, ULE, Jernej, CURK, Tomaž. Orthogonal matrix factorization enables integrative analysis of multiple RNA binding proteins. Bioinformatics. [Print ed.]. May 2016, vol. 32, no. 10, str. 1527-1535, ilustr. ISSN 1367-4803. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/32/10/1527.full.pdf+html, DOI: 10.1093/bioinformatics/btw003. [COBISS.SI-ID 1537001923]

454. POLIČAR, Pavlin Gregor. Pitagorejska drevesa za vizualizacijo klasifikacijskih in regresijskih dreves : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [P. G. Poličar], 2016. 44 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3431/. [COBISS.SI-ID 1537073859]

455. JANEŽIČ, Simon. Pristopi strojnega učenja za analizo igre League of legends : diplomsko delo : visokošolski strokovni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [S. Janežič], 2016. 50 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3427/. [COBISS.SI-ID 1537070787]

456. SAFTIĆ, Saša. Prototip sistema za zajem in klasifikacijo dojenčkovega joka : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [S. Saftić], 2016. 80 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3785/. [COBISS.SI-ID 1537412803]

457. JAKLJEVIČ, Sašo. Sklop video predstavitev problemov v podatkovnem rudarjenju : diplomsko delo : visokošolski strokovni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [S. Jakljevič], 2016. 42 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3786/. [COBISS.SI-ID 1537363907]

458. ĐURĐEVIČ, Marija. Topološki pristopi k analizi bioloških podatkov : magistrsko delo : študijski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [M. Đurđević], 2016. 60 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3422/. [COBISS.SI-ID 1537279939]

459. TOPLAK, Marko. Uporaba predznanja o povezanosti značilk pri gradnji napovednih modelov : doktorska disertacija. Ljubljana: [M. Toplak], 2016. X, 95 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3419/, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 1537065667]

460. GODEC, Primož. Barvanje črnobelih slik z globokimi modeli : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [P. Godec], 2017. 81 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3888/. [COBISS.SI-ID 1537497539]

461. ILENIČ, Nejc. Deep models of painting authorship : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [N. Ilenič], 2017. XV, 62 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3976/. [COBISS.SI-ID 1537581763]

462. ŠTAJDOHAR, Miha, ROSENGARTEN, Rafael David, KOKOŠAR, Janez, JERAN, Luka, BLENKUŠ, Domen, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. DictyExpress : a web-based platform for sequence data management and analytics in Dictyostelium and beyond. BMC bioinformatics. Jun. 2017, vol. 18, str. 1-10, ilustr. ISSN 1471-2105. https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1706-9, DOI: 10.1186/s12859-017-1706-9. [COBISS.SI-ID 1537465027]

463. ZEMAN, Marko. Gradnik okolja Orange za dostop do podatkov iz baz UN Comtrade : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [M. Zeman], 2017. 43 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3898/. [COBISS.SI-ID 1537531075]

464. Informatica medica slovenica. ZUPAN, Blaž (urednik 2005-2017). Maribor: Zdravstveni dom dr. Adolfa Drolca, 1994-Maribor: Zdravstveni dom dr. Adolfa Drolca, 1994-1999Ljubljana: Slovensko društvo za medicinsko informatiko, 2000-. ISSN 1318-2129. http://ims.mf.uni-lj.si/archive, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 37756160]

465. ZUPAN, Blaž, PRETNAR ŽAGAR, Ajda. Kratek primer iz napovedne analitike v HR-u. HR&M : strokovna revija za področje razvoja organizacij in vodenja ljudi pri delu. [Tiskana izd.]. feb./mar. 2017, letn. 3, št. 8, str. 32-34, ilustr. ISSN 2463-9443. http://www.hrm-revija.si/iz-revije/hrm-revija-februar-marec-2017/kratek-primer-iz-napovedane-analitike-v-hr-u. [COBISS.SI-ID 1537350083]

466. ŠTEBLAJ, Jurij. Metoda razvrščanja z združevanjem najbližjih sosedov v programu Orange : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [J. Šteblaj], 2017. 39 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3899/. [COBISS.SI-ID 1537531587]

467. MIHELJ, Matjaž (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), OMLADIČ, Luka (intervjuvanec), KOVAČIČ, Gorazd (intervjuvanec). Nam bodo roboti ukradli delovna mesta?. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija, 2017. Studio ob 17h. http://4d.rtvslo.si/arhiv/studio-ob-17h/174469060. [COBISS.SI-ID 1537750211]

468. JERAN, Luka. Okolje za razvoj interaktivnih spletnih aplikacij za podatkovno analitiko : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [L. Jeran], 2017. 54 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/3787/. [COBISS.SI-ID 1537361859]

469. ČOPAR, Andrej, ŽITNIK, Marinka, ZUPAN, Blaž. Scalable non-negative matrix tri-factorization. Biodata mining. 2017, vol. 10, no. 41, str. 1-16, ilustr. ISSN 1756-0381. https://biodatamining.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13040-017-0160-6, DOI: 10.1186/s13040-017-0160-6. [COBISS.SI-ID 1537708995]

470. FRÖHLICH, Holger, BALLING, Rudi, BEERENWINKEL, Niko, KOHLBACHER, Oliver, KUMAR, Santosh, LENGAUER, Thomas, MAATHUIS, Marloes H., MOREAU, Yves, MURPHY, Susan A., PRZYTYCKA, Teresa M., REBHAN, Michael, RÖST, Hannes, SCHUPPERT, Andreas, SCHWAB, Matthias, SPANG, Rainer, STEKHOVEN, Daniel, SUN, Jimeng, WEBER, Andreas, ZIEMEK, Daniel, ZUPAN, Blaž. From hype to reality : data science enabling personalized medicine. BMC medicine. Online ed. 2018, vol. 16, str. 1-15, ilustr. ISSN 1741-7015. https://bmcmedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12916-018-1122-7, DOI: 10.1186/s12916-018-1122-7. [COBISS.SI-ID 1537871555]

471. JAKŠE, Jernej, JELEN, Vid, RADIŠEK, Sebastjan, DE JONGE, Ronnie, MANDELC, Stanislav, MAJER, Aljaž, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž, THOMMA, Bart P. H. J., JAVORNIK, Branka. Genome sequence of a lethal strain of xylem-invading Verticillium nonalfalfae. Genome announcements. 2018, vol. 6, iss. 2, str. 1-2, e01458-17. ISSN 2169-8287. http://genomea.asm.org/content/6/2/e01458-17.full, DOI: 10.1128/genomeA.01458-17. [COBISS.SI-ID 8903033]

472. KOLAR, Luka. Implementacija in razširitve metode SCITE za bayesovsko modeliranje mutacijskih dreves : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [L. Kolar], 2018. 39 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4182/. [COBISS.SI-ID 1537945283]

473. KOKOŠAR, Jaka. Interaktivna podatkovna analitika v oblaku s programsko knjižnico Resolwe in programom Orange : diplomsko delo : visokošolski strokovni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [J. Kokošar], 2018. 32 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4153/. [COBISS.SI-ID 1537882563]

474. SLIJEPČEVIĆ, Tomislav. Klasifikacija biomedicinskih člankov z globokimi modeli : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [T. Slijepčević], 2018. 54 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4080/. [COBISS.SI-ID 1537792707]

475. OMANOVIĆ, Amra. Knowledge-constrained projection of high-dimensional data : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [A. Omanović], 2018. IV, 55 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4221/. [COBISS.SI-ID 1537930947]

476. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Najprej bi v šolah prepovedal PowerPoint. Večer. [Spletna izd.]. 13. jan. 2018, fotogr. ISSN 1580-2639. https://www.vecer.com/najprej-bi-v-solah-prepovedal-powerpoint-6382491. [COBISS.SI-ID 1537749443]

477. HARTMAN, Jan. Podobnostna mreža slik : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [J. Hartman], 2018. 48 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4154/. [COBISS.SI-ID 1537879235]

478. PRETNAR ŽAGAR, Ajda, ŽAGAR, Lan, ZUPAN, Blaž, PODJED, Dan. Power of algorithms for cultural heritage classification : the case of Slovenian hayracks. V: AIUCD 2018 : patrimoni culturali nell'era digitale : memorie, culture umanistiche e technologie : settimo convegno annuale, Università di Bari Aldo Moro, 31 gennaio-2 febbraio, 2018. Str. 212-215, ilustr. http://www.aiucd2018.uniba.it/content/AIUCD2018-BoA.pdf. [COBISS.SI-ID 42572333]

479. FURLAN, Aneja. Računski postopki za odkrivanje celičnih tipov v vizualizacijah podatkov scRNA : diplomsko delo : interdisciplinarni univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in matematika. Ljubljana: [A. Furlan], 2018. 37 str., ilustr. http://eprints.fri.uni-lj.si/4147/. [COBISS.SI-ID 1537859779]

480. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), KOVAČIČ, Gorazd (intervjuvanec). Svet, ki ga ustvarja umetna inteligenca. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija, 2018. Intelekta. http://4d.rtvslo.si/arhiv/intelekta/174511590. [COBISS.SI-ID 1537750467]

481. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), PETROVČIČ, Andraž (intervjuvanec), SKOČAJ, Danijel (intervjuvanec). Umetna inteligenca : oddaja Akcent, TV Slovenija 2, 27. 2. 2018. [COBISS.SI-ID 35486557]

482. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Za sodobno družbo je demokratizacija analize velikih podatkov nujna. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija, 2018. Podobe znanja. http://ars.rtvslo.si/2018/03/podobe-znanja-90/. [COBISS.SI-ID 1537750979]

483. GODEC, Primož, PANČUR, Matjaž, ILENIČ, Nejc, ČOPAR, Andrej, STRAŽAR, Martin, ERJAVEC, Aleš, PRETNAR ŽAGAR, Ajda, DEMŠAR, Janez, STARIČ, Anže, TOPLAK, Marko, ŽAGAR, Lan, HARTMAN, Jan, HAMILTON, Wang, BELLAZZI, Riccardo, PETROVIČ, Uroš, GARAGNA, Silvia, ZUCCOTTI, Maurizio, PARK, Dongsu, SHAULSKY, Gad, ZUPAN, Blaž. Democratized image analytics by visual programming through integration of deep models and small-scale machine learning. Nature communications. 2019, vol. 10, str. 4551-1-4551-7. ISSN 2041-1723. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.1038/s41467-019-12397-x. [COBISS.SI-ID 32755751]

484. POLIČAR, Pavlin Gregor. Embedding to reference t-SNE space addresses batch effects in single-cell classification. Ljubljana: [Pavlin G. Poličar], 2019. VII, 68 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=109337&lang=slv. [COBISS.SI-ID 1538476739]
nagrada: Univerzitetna Prešernova nagrada

485. POLIČAR, Pavlin Gregor. Embedding to reference t-SNE space addresses batch effects in single-cell classification : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [Pavlin G. Poličar], 2019. VII, 68 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=109337&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1538306243]

486. POLIČAR, Pavlin Gregor, STRAŽAR, Martin, ZUPAN, Blaž. Embedding to reference t-SNE space addresses batch effects in single-cell classification. V: KRALJ NOVAK, Petra (ur.), ŠMUC, Tomislav (ur.), DŽEROSKI, Sašo (ur.). Discovery Science : 22nd International Conference, DS 2019, Split, Croatia, October 28-30, 2019, : proceedings. Cham: Springer, 2019. Str. 246-260, ilustr. Lecture notes in computer science, Lecture notes in artificial intelligence, 11828. ISBN 978-3-030-33778-0, ISBN 978-3-030-33778-0. ISSN 0302-9743. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-030-33778-0_20, DOI: 10.1007/978-3-030-33778-0_20. [COBISS.SI-ID 178782723]

487. ČOPAR, Andrej, ZUPAN, Blaž, ŽITNIK, Marinka. Fast optimization of non-negative matrix tri-factorization. PloS one. Jun. 2019, vol. 14, no. 6, str. 1-15, graf. prikazi. ISSN 1932-6203. https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0217994, DOI: 10.1371/journal.pone.0217994. [COBISS.SI-ID 1538247875]

488. TOPLAK, Marko, BIRARDA, Giovanni, READ, Stuart, SANDT, Christophe, ROSENDAHL, Scott M., VACCARI, Lisa, BORONDICS, Ferenc, DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Friendly data analysis with Orange/Quasar : from raw spectral data to predictions. V: BioSpecMLC 2019 : a Workshop on Machine Learning and Chemometrics in Biospectroscopy : Minsk, 18-21 August 2019 : Abstracts. Str. [1], ilustr. [COBISS.SI-ID 20170243]

489. JANEŽIČ, Simon. Označevanje skupin primerov v točkovnih prikazih podatkov : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [S. Janežič], 2019. 52 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=111856&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1538419395]

490. ČOPAR, Andrej. Scalable matrix factorization for data fusion. Ljubljana: [A. Čopar], 2019. XVI, 129 str., graf. prikazi. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=112894&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, Digitalna knjižnica Slovenije - dLib.si. [COBISS.SI-ID 1538450627]

491. STRAŽAR, Martin, ŽAGAR, Lan, KOKOŠAR, Jaka, TANKO, Vesna, ERJAVEC, Aleš, POLIČAR, Pavlin Gregor, STARIČ, Anže, DEMŠAR, Janez, SHAULSKY, Gad, MENON, Vilas, LEMIRE, Andrew, PARIKH, Anup, ZUPAN, Blaž. ScOrange-a tool for hands-on training of concepts from single-cell data analytics. Bioinformatics. [Print ed.]. Jul. 2019, vol. 35, no. 14, str. 4-12, ilustr. ISSN 1367-4803. https://academic.oup.com/bioinformatics/article/35/14/i4/5529249?searchresult=1, DOI: 10.1093/bioinformatics/btz348. [COBISS.SI-ID 1538307523]

492. GOLOBIČ, Bogdan. Vektorske vložitve kemijskih struktur : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [B. Golobič], 2019. 48 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=111797&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 1538418883]

493. HENIGMAN, Urška (oseba, ki intervjuva), KANJUO-MRČELA, Aleksandra (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), KUČIĆ, Lenart J. (intervjuvanec), KEPIC, Sebastjan (intervjuvanec), SOBOČAN, Ana Marija (intervjuvanec). Algoritmizacija dela med teorijo in prakso : s podatkovno ekonomijo tlakujemo pot v novo obliko kapitalizma. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2020. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (44 min, 4 sek)). Intelekta. https://radioprvi.rtvslo.si/2020/05/intelekta-189/, https://4d.rtvslo.si/arhiv/intelekta/174698889. [COBISS.SI-ID 19128579]

494. DEBEVEC, Nejc. Hierarhično gručenje na velikih podatkih : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [N. Debevec], 2020. 60 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=124149&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 51746051]

495. MAVER VODIČAR, Polona, OŠTRBENK VALENČAK, Anja, ZUPAN, Blaž, AVŠIČ-ŽUPANC, Tatjana, KURDIJA, Slavko, KORVA, Miša, PETROVEC, Miroslav, DEMŠAR, Janez, KNAP, Nataša, ŠTRUMBELJ, Erik, VEHOVAR, Vasja, POLJAK, Mario. Low prevalence of active COVID-19 in Slovenia : a nationwide population study on a probability-based sample. Clinical microbiology and infection : the official publication of the European society of clinical microbiology and infectious dieseases. Nov. 2020, vol. 26, iss. 11, str. 1514-1519, ilustr. ISSN 1198-743X. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X20304195?via%3Dihub, DOI: 10.1016/j.cmi.2020.07.013. [COBISS.SI-ID 23262211]
projekt: financer: Government of the Republic of Slovenia; Institute of Microbiology and Immunology, Faculty of Medicine, University of Ljubljana,; Slovenian Research Agency

496. ĐUKIĆ, Nikola. Označevanje skupin dokumentov z uporabo vložitev besed : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [N. Đukić], 2020. 45 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=119839&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 31040003]

497. ZUPAN, Blaž, KERSTEIN, Maša, TANKO, Vesna, KOVAČIČ, Andreja, ŠTEBE, Janez, BOČKAJ, Brigita, LOVEC, Marko. Poročilo delovnega sklopa 1 (tehnični pregled zbirk), delovnega sklopa 2 (metodologija izgradnje analitičnih zbirk), delovnega sklopa 4 (demonstracijski primeri) in delovnega sklopa 5 (zbirka podatkov). Ljubljana: Fakulteta za družbene vede, 2020. 48 str., ilustr. [COBISS.SI-ID 47233283]

498. CRADDOCK, Peronel (intervjuvanec), KONVALINKA, Matjaž (intervjuvanec), TORKAR, Blaž (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Prezrti junak druge svetovne vojne : Alan Turing, pionir računalništva in umetne inteligence, je razbil šifro nemške Enigme : 3. program Radia Slovenija - program Ars, sreda, 13. 05. 2020. Glasovi časa. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (41 min, 2 sek)). https://ars.rtvslo.si/2020/04/glasovi-svetov-alan-turing/. [COBISS.SI-ID 15562243]

499. PEJOVIĆ, Veljko, MAJHEN, Ivan, JANEŽ, Miha, ZUPAN, Blaž. RICERCANDO : data mining toolkit for mobile broadband measurements. Computer networks : the international journal of computer and telecommunications networking. [Print ed.]. Aug. 2020, vol. 177, str. 1-15, ilustr. ISSN 1389-1286. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1389128620301535, DOI: 10.1016/j.comnet.2020.107294. [COBISS.SI-ID 17175043]

500. TURANJANIN, Aleksandra. Stability of hierarchical clustering : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [A. Turanjanin], 2020. VI, 49 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=121038&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 32934403]

501. LONGAR, Mark D. Umetna inteligenca v biologiji : Globoki modeli za napovedovanje celičnih tipov iz podatkov o genskih izrazih : Računalništvo in informatika : Raziskovalna naloga. Ljubljana: Gimnazija Poljane, 2020. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (V, 60 str.)), ilustr., graf. prikazi. https://zbirke.zotks.si/resources/Srebrno_SS_Racunalnistvo_ali_telekomunikacije_584626.pdf. [COBISS.SI-ID 64606979]
nagrada: Srebrno priznanje

502. KOVAČIČ, Andreja. Analiza napovedljivosti opuščanja kmetijskih površin v Sloveniji : magistrsko delo : magistrski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [A. Kovačič], 2021. 49 str., ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 80940035]

503. HOČEVAR, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Conformal prediction and its integration within visual analytics toolbox. V: CARLSSON, Lars (ur.). Conformal and probabilistic prediction and applications, 8-10 September 2021, virtual. [S. l.: s. n.], cop. 2021. Str. 1-8, ilustr. Proceedings of Machine Learning Research, vol. 152. ISSN 2640-3498. https://proceedings.mlr.press/v152/hocevar21a/hocevar21a.pdf. [COBISS.SI-ID 82529027]

504. HOČEVAR, Tomaž, ZUPAN, Blaž, STÅLRING, Jonna. Conformal prediction with Orange. Journal of statistical software. May 2021, vol. 98, no. 7, str. 1-22, ilustr. ISSN 1548-7660. https://www.jstatsoft.org/article/view/v098i07, DOI: 10.18637/jss.v098.i07. [COBISS.SI-ID 66423811]

505. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Hands-on training about overfitting. PLoS computational biology. [Print ed.]. Mar. 2021, vol. 17, no. 3, str. 1-19, ilustr. ISSN 1553-734X. https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008671, DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008671. [COBISS.SI-ID 54159875]

506. ZUPAN, Blaž (urednik). Inženirska akademija Slovenije : predstavitev članic in članov = Slovenian Academy of Engineering : introducing our members. Ljubljana: Inženirska akademija Slovenije, 2021. 172 str., ilustr. ISBN 978-961-6724-35-7. https://file.biolab.si/ias/ias-2021-clani.pdf. [COBISS.SI-ID 48446979]

507. PRETNAR ŽAGAR, Ajda. Metodološki pristopi in praktični vidiki podatkovnega rudarjenja v antropologiji : doktorska disertacija. Ljubljana: [A. Pretnar], 2021. 157 str., tabele, grafi. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 64481027]

508. NOVAK, Andraž. Porazdeljeni sistem za analizo hrupa urbanih okolij : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [A. Novak], 2021. 68 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/IzpisGradiva.php?id=125161&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 54226179]

509. KOKOŠAR, Jaka. Računske metode za odkrivanje napovednih markerskih genov v analizi preživetja : magistrsko delo : magistrski študijski program druge stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [J. Kokošar], 2021. 58 str., ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 76890627]

510. POLJAK, Mario, OŠTRBENK VALENČAK, Anja, ŠTRUMBELJ, Erik, MAVER VODIČAR, Polona, VEHOVAR, Vasja, RESMAN RUS, Katarina, KORVA, Miša, KNAP, Nataša, SEME, Katja, PETROVEC, Miroslav, ZUPAN, Blaž, DEMŠAR, Janez, KURDIJA, Slavko, AVŠIČ-ŽUPANC, Tatjana. Seroprevalence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in Slovenia : results of two rounds of a nationwide population study on a probability-based sample, challenges and lessons learned. Clinical microbiology and infection : the official publication of the European society of clinical microbiology and infectious dieseases. Jul. 2021, vol. 27, iss. 7, str. 1039.e1-1039.e7, ilustr. ISSN 1198-743X. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X21001440?via%3Dihub, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.1016/j.cmi.2021.03.009. [COBISS.SI-ID 62248195]
projekt: financer: Slovenian Research Agency

511. KATOH-KURASAWA, Mariko, HROVATIN, Karin, HIROSE, Shigenori, WEBB, Amanda Nicole, HO, Hsing-I, ZUPAN, Blaž, SHAULSKY, Gad. Transcriptional milestones in Dictyostelium development. Genome research. Aug. 2021, vol. 31, no. 8, str. 1498-1511, ilustr. ISSN 1088-9051. https://genome.cshlp.org/content/31/8/1498.full.pdf+html?sid=4a9cf889-a6e3-41cf-9adb-fefbfae6bdd1, DOI: 10.1101/gr.275496.121. [COBISS.SI-ID 100098819]

512. GODEC, Primož, ZUPAN, Blaž, TANKO, Vesna, STRAŽAR, Martin. Efficient matching of single cells and cell types. V: 2022 IEEE 10th International Conference on Healthcare Informatics : proceedings : Rochester, Minnesota, USA 11-14 June 2022. Piscataway: IEEE = The Institute of Electrical and Electronics Engineers, cop. 2022. Str. 633-638, ilustr. Proceedings (IEEE International Conference on Healthcare Informatics. Online). ISBN 978-1-6654-6845-9. ISSN 2575-2634. https://ieeexplore.ieee.org/document/9874562, DOI: 10.1109/ICHI54592.2022.00128. [COBISS.SI-ID 141114371]

513. REDEK, Tjaša (avtor, vodja projekta), DOMADENIK MUREN, Polona, KOMAN, Matjaž, KOSTEVC, Črt, MRAMOR, Dušan, ZUPAN, Blaž. Poročilo o dinamiki vlaganja v nove tehnologije industrije 4.0, digitalizacijo in 5G : primerjalna analiza z EU in poglobljena analiza Slovenije : vmesno poročilo 6. Ljubljana: Ekonomska fakulteta, 2022. 28 str., tabele, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 109594115]
projekt: Ciljni raziskovalni projekt V5-2121 (Digitalna preobrazba, Industrija 4.0 in struktura slovenskega gospodarstva ter vpliv digitalizacije in uvajanja novih tehnologij na dolgoročno gospodarsko rast in vzdržnost javnih financ v Sloveniji)

514. REDEK, Tjaša (avtor, vodja projekta), DOMADENIK MUREN, Polona, ERJAVEC, Eva, KOMAN, Matjaž, KOSTEVC, Črt, MRAMOR, Dušan, ZUPAN, Blaž. Poročilo o rezultatih analize mikropodatkov na ravni podjetja ter analiza strukture in dejavnikov investicij v nove tehnologije na ravni podjetja ; Poročilo o investicijah v nove tehnologije, učinkih na zaposlovanje, dodano vrednost ; Analiza značilnosti in dinamike investicij in uporabe novih tehnologij in investicij v IKT v podjetjih ter zaposlovanja ikt specialistov ; Poročilo o uvajanju novih tehnologij, motivih, ovirah ter učinkih s pomočjo ankete in poglobljenega intervjuja s predstavitvijo metodologije : združena vmesna poročila 7, 8, 9, 10. Ljubljana: Ekonomska fakulteta, 2022. 55 str., tabele, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 133486595]
projekt: Ciljni raziskovalni projekt V5-2121 (Digitalna preobrazba, Industrija 4.0 in struktura slovenskega gospodarstva ter vpliv digitalizacije in uvajanja novih tehnologij na dolgoročno gospodarsko rast in vzdržnost javnih financ v Sloveniji)

515. JESENKO, Miha, LOZEJ, Miroslav, KERN PIPAN, Karmen, GODEC, Primož, TANKO, Vesna, ŽAGAR, Lan, PRETNAR ŽAGAR, Ajda, ĐUKIĆ, Nikola, ZUPAN, Blaž. Semantični analizator – razvoj programskega okolja za algoritmično obdelavo slovenskih besedil. Uporabna informatika. [Tiskana izd.]. 2022, letn. 30, št. 2, str. 127-138, ilustr. ISSN 1318-1882. https://uporabna-informatika.si/ui/article/view/156/141, DOI: 10.31449/upinf.156. [COBISS.SI-ID 164860675]

516. REDEK, Tjaša (avtor, vodja projekta), DOMADENIK MUREN, Polona, KOMAN, Matjaž, KOSTEVC, Črt, MRAMOR, Dušan, ZUPAN, Blaž. Združeno vmesno poročilo. P1, Dejavniki investicij v nove tehnologije : pregled teoretične in empirične literature. P2, Vpliv uvajanja novih tehnologij z javno-finančnega vidika in širših družbenih vplivov spregledom ukrepov s področja novih tehnologij iz drugih držav. P3 in P4, Poročilo o aktivnostih za pridobivanje mikro-podatkov. P6 (prvi del), Poročilo o dinamiki vlaganja v nove tehnologije industrije 4.0, digitalizacijo in 5G : primerjalna analiza z EU in poglobljena analiza Slovenije. Ljubljana: Ekonomska fakulteta, 2022. 75 str., tabele, graf. prikazi. [COBISS.SI-ID 109613827]
projekt: Ciljni raziskovalni projekt V5-2121 (Digitalna preobrazba, Industrija 4.0 in struktura slovenskega gospodarstva ter vpliv digitalizacije in uvajanja novih tehnologij na dolgoročno gospodarsko rast in vzdržnost javnih financ v Sloveniji)

517. ŠKOF, Lenart (intervjuvanec), LIKOZAR, Blaž (intervjuvanec), ŽITKO, Rok (intervjuvanec), PRAPROTNIK, Matej (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), LANIŠNIK-RIŽNER, Tea (intervjuvanec), HEATH, Ester (intervjuvanec), RAVNIKAR, Maja (intervjuvanec). Znanstveno leto 2022 skozi pogled Zoisovih in Puhovih nagrajencev. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2022. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (33 min, 12 sek)). Frekvenca X. https://val202.rtvslo.si/podkast/frekvenca-x/31057643/174925082. [COBISS.SI-ID 137475331]

518. KOVAČIČ, Nace. Časovne vrste in razvrščanje z zavrnitvijo : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [N. Kovačič], 2023. 35 str., ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 169130755]

519. POLIČAR, Pavlin Gregor, STRAŽAR, Martin, ZUPAN, Blaž. Embedding to reference t-SNE space addresses batch effects in single-cell classification. Machine learning. [Print ed.]. Feb. 2023, vol. 112, iss. 2, str. 721-740, ilustr. ISSN 0885-6125. https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10994-021-06043-1, DOI: 10.1007/s10994-021-06043-1. [COBISS.SI-ID 76932867]

520. KOKOŠAR, Jaka, ŠPENDL, Martin, ZUPAN, Blaž. Gene interactions in survival data analysis : a data-driven approach using restricted mean survival time and literature mining. V: BIFET, Albert (ur.). Discovery science : 26th international conference, DS 2023, Porto, Portugal, October 9-11, 2023 : proceedings. Cham: Springer, cop. 2023. Str. 293-307, ilustr. Lecture notes in computer science (Internet), Lecture notes in artificial intelligence, 14276. ISBN 978-3-031-45275-8. ISSN 1611-3349. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-45275-8_20, DOI: 10.1007/978-3-031-45275-8_20. [COBISS.SI-ID 177821443]

521. SLAČEK, Nina (oseba, ki intervjuva), ROBNIK ŠIKONJA, Marko (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), ULE, Andrej (intervjuvanec), KRAŠOVEC, Primož (intervjuvanec). Je ChatGPT človeka odvrgel na smetišče zgodovine?. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2023. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (51 min, 48 sek)). Intelekta. https://prvi.rtvslo.si/podkast/intelekta/49/174953024. [COBISS.SI-ID 151131907]

522. RATEJ, Maja (oseba, ki intervjuva), GRILC, Jan (oseba, ki intervjuva), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), POKLAR ULRIH, Nataša (intervjuvanec), HITI, Bojan (intervjuvanec), MIŠKOVA, Tanja (intervjuvanec). Marec v znanosti : izmuzljiva umetna inteligenca, izplen konference o vodi in streznitveni poskusi. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2023. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (27 min, 07 sek)). Frekvenca X. https://val202.rtvslo.si/podkast/frekvenca-x/31057643/174946887. [COBISS.SI-ID 151130883]

523. POLIČAR, Pavlin Gregor, STANIMIROVIĆ, Dalibor, ZUPAN, Blaž. Nation-wide ePrescription data reveals landscape of physicians and their drug prescribing patterns in Slovenia. V: JUAREZ, Jose M. (ur.), et al. Artificial intelligence in medicine : 21st International Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2023, Portorož, Slovenija, June 12–15, 2023 : proceedings. Cham: Springer, cop. 2023. Str. 283-292, ilustr. Lecture notes in computer science (Internet), SL7, Lecture notes in artificial intelligence, 13897. ISBN 978-3-031-34344-5. ISSN 1611-3349. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-34344-5_34, DOI: 10.1007/978-3-031-34344-5_34. [COBISS.SI-ID 160120835]

524. FILIPOVIČ, Rok. Poenostavitev dreves hierarhičnega gručenja : diplomsko delo : interdisciplinarni univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in matematika. Ljubljana: [R. Filipovič], 2023. 48 str., ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 169193731]

525. SLAČEK, Nina (oseba, ki intervjuva), DEMŠAR, Janez (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec). Program Orange, orodje za demokratizacijo umetne inteligence. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2023. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (35 min, 48 sek)). Podobe znanja. https://ars.rtvslo.si/podkast/podobe-znanja/526/174939905. [COBISS.SI-ID 151128323]

526. ŠPENDL, Martin, KOKOŠAR, Jaka, PRAZNIK, Ela, AUSEC, Luka, ZUPAN, Blaž. Ranking of survival-related gene sets through integration of single-sample gene set enrichment and survival analysis. V: JUAREZ, Jose M. (ur.), et al. Artificial intelligence in medicine : 21st International Conference on Artificial Intelligence in Medicine, AIME 2023, Portorož, Slovenija, June 12–15, 2023 : proceedings. Cham: Springer, cop. 2023. Str. 328-337, graf. prikazi. Lecture notes in computer science (Internet), SL7, Lecture notes in artificial intelligence, 13897. ISBN 978-3-031-34344-5. ISSN 1611-3349. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-34344-5_39, DOI: 10.1007/978-3-031-34344-5_39. [COBISS.SI-ID 156018179]

527. POLIČAR, Pavlin Gregor, ZUPAN, Blaž. Refining temporal visualizations using the directional coherence loss. V: BIFET, Albert (ur.). Discovery science : 26th international conference, DS 2023, Porto, Portugal, October 9-11, 2023 : proceedings. Cham: Springer, cop. 2023. Str. 204-215, ilustr. Lecture notes in computer science (Internet), Lecture notes in artificial intelligence, 14276. ISBN 978-3-031-45275-8. ISSN 1611-3349. https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-45275-8_14, DOI: 10.1007/978-3-031-45275-8_14. [COBISS.SI-ID 168771587]

528. DAMJAN, Matija (intervjuvanec), BURNIK, Jelena (intervjuvanec), ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), TURK, Marjan (intervjuvanec), HENIGMAN, Urška (voditelj oddaje). Regulacija spleta pet let po razvpiti uredbi GDPR. Ljubljana: Radiotelevizija Slovenija javni zavod, 2023. 1 spletni vir (1 zvočna datoteka (54 min, 19 sek)). Studio ob 17h. https://prvi.rtvslo.si/podkast/studio-ob-1700/87/174962312. [COBISS.SI-ID 160060163]

529. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), BRODNIK, Andrej (intervjuvanec), MATKOVIČ, Matej (intervjuvanec), RUGELJ, Jože (intervjuvanec), ČOTAR KONRAD, Sonja (intervjuvanec), PESEK, Igor (intervjuvanec), RYBAR, Michal (intervjuvanec). Šolski sistem pušča otroke na področju računalniške in digitalne pismenosti daleč zadaj : oddaja Vroči mikrofon, Radio Slovenija, Val 202, 4. oktober 2023. Ljubljana: RTV Slovenija, Radio Slovenija, 2023. Vroči mikrofon. https://val202.rtvslo.si/podkast/vroci-mikrofon/584/174991304. [COBISS.SI-ID 168125187]

530. ZUPAN, Blaž (intervjuvanec), RAVNIK, Miha (intervjuvanec), BAUER, Andrej (intervjuvanec), VINTAR, Špela (intervjuvanec), DAMIJAN, Jože (intervjuvanec). Umetna inteligenca med nami. Tromba : agencija za promocijo znanosti, kreativnosti in inovativnosti. 5. apr. 2023. ISSN 2350-5869. http://www.tromba.si/umetna-inteligenca-med-nami/. [COBISS.SI-ID 148048131]

531. BURGER, Evgenija. Analiza inverznega problema pri določanju parametrov kardiovaskularnega sistema iz sintetičnih arterijskih pulznih valov : magistrsko delo. Ljubljana: [E. Burger], 2025. X, 42 str., ilustr. https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?id=198851&lang=slv, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 223876611]

532. TORI, Andraž (diskutant), DAMIJAN, Jože (diskutant), ZUPAN, Blaž (diskutant), DŽEROSKI, Sašo (diskutant), STANKOVIĆ, Peter (diskutant). Disruptivnost novih tehnologij v kontekstu ekonomskega in družbenega razvoja : okrogla miza v okviru 32. Dnevov Jožefa Stefana, Ljubljana, 18. - 23. 3. 2023. [COBISS.SI-ID 190007555]

533. DEMŠAR, Janez, ZUPAN, Blaž. Hands-on training about data clustering with orange data mining toolbox. PLoS computational biology. [Print ed.]. Dec. 2024, vol. 20, no. 12, str. 1-9, ilustr. ISSN 1553-734X. https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1012574, DOI: 10.1371/journal.pcbi.1012574. [COBISS.SI-ID 223380995]

534. POLIČAR, Pavlin Gregor, STRAŽAR, Martin, ZUPAN, Blaž. OpenTSNE : a modular Python library for t-SNE dimensionality reduction and embedding. Journal of statistical software. May 2024, vol. 109, iss. 3, str. 1-30, ilustr. ISSN 1548-7660. https://www.jstatsoft.org/article/view/v109i03, DOI: 10.18637/jss.v109.i03. [COBISS.SI-ID 194832899]

535. MERVIČ, Žan. Razvoj gradnikov za analizo pristranosti v programu Orange : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [Ž. Mervič], 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (61 str.)), ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 211187971]

536. ŠPENDL, Martin. Self-supervised learning of Cox regression for latent gene set representation : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [M. Špendl], 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (VI, 66 str.)), ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 220611331]

537. POLIČAR, Pavlin Gregor, ŠPENDL, Martin, CURK, Tomaž, ZUPAN, Blaž. Teaching bioinformatics through the analysis of SARS-CoV-2 : project-based training for computer science students. V: PONTY, Yann (ur.), MILENKOVIĆ, Tijana (ur.). The 32nd Annual Intelligent Systems for Molecular Biology Conference : ISMB 2024 proceedings : July 12-16, 2024, Montreal, Canada. Oxford: Oxford University Press, 2024. Vol. 40, iss. supl. 1, str. 20-29, ilustr. Bioinformatics (Oxford. Print), Vol. 40, supl. 1. ISSN 1367-4803. https://academic.oup.com/bioinformatics/article/40/Supplement_1/i20/7700875, DOI: 10.1093/bioinformatics/btae208. [COBISS.SI-ID 201127683]

538. MOHORČIČ, Domen. Transfer learning for phenotype prediction from small gene expression data sets : master's thesis : the 2nd cycle master's study programme Computer and Information Science. Ljubljana: [D. Mohorčič], 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (VI, 59 str.)), ilustr. Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 210383875]

539. BMC cancer. ZUPAN, Blaž (urednik 2010-). London: BioMed Central. ISSN 1471-2407. http://www.biomedcentral.com/1471-2407. [COBISS.SI-ID 2434324]

540. Current bioinformatics. ZUPAN, Blaž (član uredniškega odbora 2007-). Hilversum: Bentham Science Publishers, 2006-. ISSN 1574-8936. [COBISS.SI-ID 8501332]

541. IEEE transactions on information technology in biomedicine. ZUPAN, Blaž (urednik 2007-). [Print ed.]. New York (NY): Institute of Electrical and Electronics Engineers, 1997-2012. ISSN 1089-7771. [COBISS.SI-ID 17916677]

542. KERN NANUT, Eva, BEVČIČ, Mateja, JEDRINOVIĆ, Sanja, NEMANIČ, Tadeja, ŠKRABA, Eva, FERK SAVEC, Vesna, KLEMEN, Taja, MLINAREC, Katarina, ŽEROVNIK, Alenka, JOŠT, Matej, KROPIVŠEK, Jože, ČEPIN, Peter, AŽMAN MOMIRSKI, Lučka, BERČIČ, Tomaž, MAHOVIČ, Andrej, VALINGER SLUGA, Martin, PODREKA, Mitja, RETELJ, Andreja, GOBEC, Martina, URBANČIČ, Dunja, PODLIPNIK, Črtomir, ZUPAN, Blaž, KAJTNA, Tanja, PEVCIN, Primož, PODBEVŠEK, Tanja, TEKAVČIČ VEBER, Maruša, ZAJC, Katarina, ŽEPIČ, Vid, MATIĆ, Lucija. Izdelava mikro MOOC-ov na UL : rezultati raziskovalnega dela na projektu v okviru RSF A.II.2. 1. elektronska izd. Ljubljana: Univerza v Ljubljani, Center UL za uporabo IKT v pedagoškem procesu, 2025. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (41 str.)), ilustr. https://www.uni-lj.si/assets/Center-Digitalna-UL/Pristopi/Mikro-MOOCi/Izdelava-mikro-MOOC-ov-na-UL.pdf, https://www.uni-lj.si/studij/center-digitalna-ul/gradiva/ucni-pristopi-metode-in-oblike-dela/izdelava-mikro-mooc-ov-na-ul-rezultati-raziskovalnega-dela. [COBISS.SI-ID 233242115]

543. Knowledge and information systems. ZUPAN, Blaž (član uredniškega odbora 2015-). [Print ed.]. Guildford: Springer, 1999-. ISSN 0219-1377. http://link.springer.com/journal/10115. [COBISS.SI-ID 14645287]

544. DEMŠAR, Janez, PRETNAR ŽAGAR, Ajda, FLOGIE, Andrej, VIČIČ KRABONJA, Maja, ZUPAN, Blaž. Pouk s ščepcem umetne inteligence. Revija inovativna pedagogika. 2025, letn. 1, št. 3, str. 1-6, ilustr. ISSN 3024-031X. https://i-pedagogika.si/index.php/ip/article/view/77, DOI: 10.63069/x37qzd63. [COBISS.SI-ID 231598083]

545. MILAVEC, Jaka. Priporočilni modeli za izbor všečnih kolesarskih tur : diplomsko delo : univerzitetni študijski program prve stopnje Računalništvo in informatika. Ljubljana: [J. Milavec], 2025. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (38 str.)). Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL. [COBISS.SI-ID 231424515]

546. POLIČAR, Pavlin Gregor, ZUPAN, Blaž. Uncovering temporal patterns in visualizations of high‑dimensional data. Machine learning. [Print ed.]. Feb. 2025, vol. 114, iss. 2, article no. 35, str. 1-27, ilustr. ISSN 0885-6125. https://link.springer.com/article/10.1007/s10994-025-06734-z, Repozitorij Univerze v Ljubljani – RUL, DOI: 10.1007/s10994-025-06734-z. [COBISS.SI-ID 224462339]

Blaž Zupan

Osebna bibliografija za obdobje 1983-2025

1983

1986

1988

1990

1991

1993

1994

1995

1996

1997

1998

1999

2000

2001

2002

2003

2004

2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

2017

2018

2019

2020

2021

2022

2023

2024

2025